如何通过R中的素食包计算空模型下的棋盘分数(C- score )

Question

最近，我想在零模型方法下使用棋盘分数来计算共生分析的pvalue，这篇论文采用了“使用网络分析来探索土壤微生物群落中的共生模式”。

不幸的是，本文没有很好地描述素食包的命令和参数的用法。

我相信在R中一定有一些素食包的专家来做这种基于零模型下棋盘分数的共现分析。

有没有人可以帮助我在R中空模型下计算C-score的脚本或命令和参数？

这个C-score是否会返回一个pvalue矩阵，我可以用它来指示共同出现的情况？

Answer 1

这应该会给出一个C-score的快速估计

library(vegan)
library(bipartite)
C.score(species, normalise=T, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesN
C.score(species, normalise=F, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesS
cscore.speciesN
cscore.speciesS

Answer 2

我想这可能会回答你的问题：

library(vegan)

library(bipartite)

null.model <- oecosimu(species, bipartite::C.score, "swap", burnin=100, thin=10, statistic="evals", nsimul=10000) #where species is you species by sites matrix

print(null.model)