如何运行使用类型III错误并查看成对比较的双向方差分析？

Question

我有一个数据集，我想用它来比较物种和栖息地对家域大小的影响-同时使用类型III错误和物种和栖息地之间的成对比较。

以下是数据的一个子集：

species<- c("a","b","c","c","b","c","b","b","a","b","c","c","a","a","b","b","a","a","b","c")
    habitat<-  c("x","x","x","y","y","y","x","x","y","z","y","y","z","z","x","x","y","y","z","z")
    homerange<-c(6,5,7,8,9,4,3,5,6,9,3,6,6,7,8,9,5,6,7,8)
    data1<-data.frame(cbind(species, habitat, homerange))
    data1$homerange<-as.numeric(as.character(data1$homerange))    

目前我正在拆分这三个物种的数据，然后为每个物种运行单独的方差分析，但我相信用一个方差分析同时询问物种和栖息地会更有意义。下面是我对一个物种进行方差分析的一个例子：

data.species.a<-subset(data1, species=="a")
fit<-aov(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
summary(fit)
TukeyHSD(fit)

aov()似乎使用了I类错误。。。我认为这是不合适的；另外，我认为Tukey的测试对于成对比较来说可能太保守了。有没有人能帮我找到一种方法，让我用方差分析同时考虑物种和栖息地对家乡范围的影响，同时考虑到III型错误，还可以对物种和栖息地进行不那么保守的成对比较？

Answer 1

你可以在包'car‘中设置Anova来报告第三类平方和，在包'agricolae’中有一个HSD.test，它应该能够将该模型对象作为输入。我不认为您可以在数据不平衡的情况下合法地使用aov()，所以我使用lm() fit。

fit<-lm(homerange ~ habitat, data=data.species.a)
require(car)
 Anova(fit, type="III")
require(agricolae)
comparison <- HSD.test(fit, "habitat", group=TRUE)

请注意，R基础包(read this )的作者对第三类平方和的SAS默认值不屑一顾(有时甚至不屑一顾)(有关详细信息，请参阅read this)。在“汽车”包中介绍该方法主要是为了进行比较，而不是关于统计正确性的建议。

在非常谨慎地接受SAS标准的原因中添加引用：Frank Harrell's comments re: loss of power和Bill Venables' later comments in the same thread on r-help