计算R中的AUC比率

Question

我正在为一组物种生成生态位模型，我想使用AUC作为生态位质量的度量标准。开发Maxent的Steven Phillips在他的Maxent手册中提供了代码，用于计算R中的AUC。然而，我正在阅读报告部分AUC比率的论文，认为这是一个更健壮和概念上合理的指标。我想我知道如何使用ROCR R包计算部分AUC，但是如何计算AUC比率呢？

以下是Phillips的教程脚本：

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

任何建议或建议，我们将不胜感激！谢谢。

Answer 1

在不了解数据集和应用程序细节的情况下，

• Partial AUC：仅在曲线的一部分下的面积。(通常选择它是因为它更健壮或更可取，如you said)
• AUC ratio：一个AUC与另一个AUC的比率。(通常是某种引用)

苏。

• Partial AUC ratio：一个部分AUC与另一个部分AUC的比率。

Answer 2

包ROCR可以使用fpr.stop=参数计算部分AUC值。正如John所说，比率就是这个值除以对参考模型的相同计算。