来自生物服务公司uniprot的PTM数据

Question

我想通过bioservices从Uniprot检索翻译后修改(PTM)数据，我使用以下脚本：

from bioservices import uniprot

u = uniprot.UniProt()

ptm = u.search("P38903", frmt="xls", include=True, columns="features")

并获得以下结果：

u'Features\nChain (1); Compositional bias (5); Modified residue (2); Sequence conflict (3)\n'

我想要的是“修饰残基(2)”的细节，即这些修饰是什么类型的，位置是什么，(可选的)参考。

Answer 1

简短的答案是:你不能用生物服务做到这一点。它不支持信息隐藏的列值feature(MODIFIED RESIDUE)。

但是您可以通过使用Uniprot API来获取信息。以下Python3代码片段为您提供了所需的信息：

import urllib.request
with urllib.request.urlopen('http://www.uniprot.org/uniprot/?query=P38903&format=tab&columns=feature(MODIFIED%20RESIDUE)') as response:
    mod_res = response.read().decode()

residues = mod_res.split('\n')[1].split(';')
for residue in residues:
    print(residue.strip())

输出：

MOD_RES 242磷酸苏氨酸。{ECO:0000244|PubMed:17330950}。

MOD_RES 257 257磷酸。{ECO:0000244|PubMed:18407956}.

Answer 2

如果要获取残留物特征(MODIFIED)列，请按如下方式提供其名称：

from bioservices import UniProt
u = UniProt()
ptm = u.search("P38903",frmt ="xls", include =True, columns="feature(MODIFIED RESIDUE)")

刚刚使用1.7.5版进行了测试

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