无法使用catdcd工具连接VMD中的dcd文件

Question

我有一组dcd文件，我想将它们连接成一个(长) dcd文件。我在VMD Tkconsole (VMD版本: 1.9.2)中放入以下代码：

catdcd -o output.dcd -i indexFile.ind input1.dcd input2.dcd input3.dcd 

我有以下错误：

wrong # args: should be "catdcdList dcdFileNames outFile indexFile stride"

所以我写道：

catdcdList -d input1.dcd input2.dcd input3.dcd -o output.dcd -i indexFile.ind -s 1

即使对catdcdList命令进行了识别(以绿色显示)，我仍然收到完全相同的错误消息。我尝试了对我的请求进行一些小的更改，但我一直收到上面的错误消息。official catdcd webpage中的第二个示例也不起作用。

Answer 1

我在我的ubuntu 15.10笔记本电脑上使用catdcd时也遇到了同样的问题。

为了让它正常工作，我将catdcd目录添加到我的路径中。

如何做到这一点(注意，我的说明将catdcd永久添加到PATH中)：

1)转到/home/user目录。使用ls -a命令，您应该会看到一个名为.bashrc的文件(不要忘记"."；它很重要，表示该文件是隐藏文件)。

2)使用gedit (或类似的文本编辑器)打开.bashrc。如果需要，可以备份.bashrc (例如cp .bashrc ./.bashrc_bkup )。

3)在.bashrc的末尾，添加以下内容：

导出PATH="/usr/local/lib/vmd/plugins/LINUXAMD64/bin/catdcd5.1:$PATH“

此目录是在配置VMD 1.9.2时安装的默认目录。请注意，您可能安装了不同版本的catdcd (例如来自VMD网站的catdcd4.0 )。在任何情况下，您都需要找到与您计算机上的catdcd文件相对应的目录。

4)重新关闭并打开终端。键入$PATH命令以确保此目录现在存在。

5)您应该能够在终端中键入"catdcd“(无需打开vmd)，并且它现在应该能够识别该命令。您还应该能够在tkconsole中使用catdcd，但我发现在终端中使用它更容易。