如何创建一个表格作为dunn.test输出(R)？

Question

我正在处理细菌焦磷酸测序数据，我正在与R一起进行统计分析。我有21个样本和7种不同的治疗方法。我将我的数据加载到R phyloseq中，获得：

> psR
phyloseq-class experiment-level object
otu_table()   OTU Table:         [ 7498 taxa and 21 samples ]
sample_data() Sample Data:       [ 21 samples by 8 sample variables ]
tax_table()   Taxonomy Table:    [ 7498 taxa by 6 taxonomic ranks ]
phy_tree()    Phylogenetic Tree: [ 7498 tips and 7497 internal nodes ]

由于我发现处理之间存在统计学上的显著差异(使用adonis函数)，我想知道哪些OTU在不同的处理中具有不同的丰度。为此，我使用了函数dunn.test (合并了Kruskal-Wallis测试)，首先交换OTU表中的行和列，以便应用测试：

swap_otu_table <- t(otu_table(psR))
treatment <- c('A', 'A', 'A', 'B', 'B', 'B', 'C', 'C', 'C', 'D', 'D', 'D', 'E', 'E', 'E', 'F', 'F', 'F', 'G', 'G', 'G')
swap_otu_tableDF <- as.data.frame(swap_otu_table)
ncol(swap_otu_tableDF)
[1] 7498
lapply(swap_otu_tableDF[1:7498], function(x) kruskal.test(x ~ treatment,   data=swap_otu_tableDF))

这个递归函数的输出很难读懂，特别是对于所有7498个OTU。

有没有办法以递归的方式应用Kruskal-Wallis +Dunn检验，给出一个表作为输出，最好是按照重要性的顺序，并且不仅包含OTU码，还包含tax_table(psR)中包含的分类标识？

非常感谢!

Lidia

Answer 1

这真的很古老，但我正在寻找这个答案，并认为我应该张贴，以防其他人在以后偶然发现这个问题。

dunn.test有一个内置选项，可以将输出作为列表。这就是您真正需要的，因为您可以将其转换为data.frame并按列排序。

以下是执行此操作的一些示例代码：

table = dunn.test(X, g, list=TRUE)
table = cbind.data.frame(table$comparisons,table$Z,table$P.adjusted)
table[order(table$`table$P.adjusted`),]

Answer 2

请参阅包。在Kruskal-Wallis测试之后，它有两个不同的选项用于Dunn测试的表格输出。从1.3.0开始，该包还包括将多个比较输出为列表的选项。