使用perl运行vmd tk控制台

Question

嘿，对于我正在编写的一个程序，它使用pdb (蛋白质数据库)文件，并计算所有原子之间的距离。我有一个代码可以做到这一点，但是我的个人和工作计算机没有足够的计算能力来完全执行程序，而不会使我运行它的程序崩溃(VMD-视觉分子动力学)。不过，我确实可以访问一台超级计算机，但它只能运行perl脚本。代码是为VMD扩展TK控制台编写的。有没有办法可以使用perl来执行我的tk控制台代码？代码如下：

set seg1 [atomselect top "segname LA0 and name CA"]
set seg2 [atomselect top "segname RA0 and name CA"]

set file [open "Contact_map27.dat" w]

set list1 [$seg1 get index]
set list2 [$seg2 get index]

foreach atom1 $list1 {
       foreach atom2 $list2 {
            set index1 [atomselect top "index $atom1"]
            set index2 [atomselect top "index $atom2"]
            set resid1 [[atomselect top "index $atom1"] get resid]
            set resid2 [[atomselect top "index $atom2"] get resid]
            set resnm1 [[atomselect top "index $atom1"] get resname]
            set resnm2 [[atomselect top "index $atom2"] get resname]
 puts $file "$resnm1 $resid1 $resnm2 $resid2 [veclength [vecsub [measure center $index1] [measure center $index2]]]"
            $index1 delete
            $index2 delete
    }
}

close $file

这将对加载到VMD中的pdb文件进行计算。任何帮助或建议都将不胜感激。

Answer 1

因此，您正在尝试对每个轨迹(DCD)文件进行分析？也许这不是最好的想法，而是将每一帧作为PDB，并对每个PDB文件进行分析？它不需要太强大的PC。因此，如果超级计算机可以运行VMD (它必须运行它来进行DCD文件分析)，那么就可以运行TCL脚本。

MD提供了嵌入式脚本语言(Python和Tcl)来实现用户的可扩展性。

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