Python包: Bioservices，使用UniChem()命令时出错

Question

我遵循了网页上的教程：http://pythonhosted.org/bioservices/compound_tutorial.html

在我执行以下命令之前，一切都运行正常：

uni = UniChem()

然后我收到了错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "P:\Anaconda\lib\site-packages\bioservices\unichem.py", line 84, in __init__
    maxid_service = int(self.get_all_src_ids()[-1]['src_id'])
TypeError: list indices must be integers, not str

作为最小的工作示例：

from bioservices import *
uni = UniChem()

然后我收到了这个错误。我理解这个错误(在很大程度上)，但我不知道如何修复它。所以我的问题是，我如何修复这个函数或解决它？

总体目标是将1000个药物名称的列表(希望在不久的将来会有更多)映射到Chembl ID。

Answer 1

您看到的错误可能与以下事实有关:当您尝试连接到UniChem服务时，它正在进行维护，或者它花费了太多的时间进行初始化。结果是服务没有启动，因此出现了错误消息。

我刚刚尝试过(bioservices 1.2.6)

from bioservices import *
uni = UniChem()

而且它起作用了。以下请求也起作用：

>>> mapping = uni.get_mapping("kegg_ligand", "chembl")
'CHEMBL278315'