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在R错误中有strsplit的for循环
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Stack Overflow用户
提问于 2014-12-02 16:48:34
回答 1查看 265关注 0票数 0

我想在这篇文章的前言中说,我是R和生物信息学编码的新手,我真的很感谢来自这个知识丰富的社区的一些意见。我对下面发布的代码的目标是生成饼图,显示BLAST结果中每个蛋白质的氨基酸丰度。我从UniProt上传了一个csv文件,将其转换为矩阵,并写出了下面的代码。我一直收到这样的错误:在AAsi = table(strsplit(BLAST_AA_seqsi,"",useBytes = TRUE))中:要替换的项数不是替换长度的倍数。列8是包含氨基酸序列的输出列。提前感谢!

代码语言:javascript
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mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)

AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
  print(i)
  BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
  AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
  pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
  }
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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2014-12-02 17:01:48

代码语言:javascript
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lal<-c()
lal[1]=table(strsplit("", "", useBytes = T))

空字符串是问题所在(BLAST_AA_seqsi为空字符串)

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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/27245246

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