我想在这篇文章的前言中说,我是R和生物信息学编码的新手,我真的很感谢来自这个知识丰富的社区的一些意见。我对下面发布的代码的目标是生成饼图,显示BLAST结果中每个蛋白质的氨基酸丰度。我从UniProt上传了一个csv文件,将其转换为矩阵,并写出了下面的代码。我一直收到这样的错误:在AAsi = table(strsplit(BLAST_AA_seqsi,"",useBytes = TRUE))中:要替换的项数不是替换长度的倍数。列8是包含氨基酸序列的输出列。提前感谢!
mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)
AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
print(i)
BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
}发布于 2014-12-02 17:01:48
lal<-c()
lal[1]=table(strsplit("", "", useBytes = T))空字符串是问题所在(BLAST_AA_seqsi为空字符串)
https://stackoverflow.com/questions/27245246
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