Debian Backports上的PyMC + Theano

Question

我尝试在pymc3中运行一个在多级模型中执行点积时利用theano.dot的模型。但是，当我尝试导入theano时，我得到：

python model.py

... // there's a huge output that's looks to be a file

Problem occurred during compilation with the command line below:
g++ -shared -g -O3 -fno-math-errno -Wno-unused-label -Wno-unused-variable -Wno-write-strings -Wl,-rpath,/home/thauck/miniconda/envs/data/lib -D NPY_NO_DEPRECATED_API=NPY_1_7_API_VERSION -m64 -fPIC -I/home/thauck/miniconda/envs/data/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/home/thauck/miniconda/envs/data/include/python2.7 -o /home/thauck/.theano/compiledir_Linux-3.14-0.bpo.2-amd64-x86_64-with-debian-7.6--2.7.8-64/tmpkxtykS/b4f7a60b7c9f9a250601326a9fe2016e.so /home/thauck/.theano/compiledir_Linux-3.14-0.bpo.2-amd64-x86_64-with-debian-7.6--2.7.8-64/tmpkxtykS/mod.cpp -L/home/thauck/miniconda/envs/data/lib -lpython2.7 -lf77blas -lcblas -latlas

/usr/bin/ld: cannot find -lf77blas
/usr/bin/ld: cannot find -lcblas
/usr/bin/ld: cannot find -latlas

我在运行backports-debian-7-wheezy-v20140904。

Conda：

当前conda安装：

             platform : linux-64
        conda version : 3.6.0
  conda-build version : not installed
       python version : 2.7.8.final.0
     requests version : 2.3.0
     root environment : /home/thauck/miniconda  (writable)
  default environment : /home/thauck/miniconda/envs/data
     envs directories : /home/thauck/miniconda/envs
        package cache : /home/thauck/miniconda/pkgs
         channel URLs : http://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64/
                        http://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64/
          config file : None
    is foreign system : False

# conda environments:
#
data                  *  /home/thauck/miniconda/envs/data
root                     /home/thauck/miniconda

sys.version: 2.7.8 |Continuum Analytics, Inc.| (defau...
sys.prefix: /home/thauck/miniconda
sys.executable: /home/thauck/miniconda/bin/python
conda location: /home/thauck/miniconda/lib/python2.7/site-packages/conda
conda-build: None

CIO_TEST: <not set>
CONDA_DEFAULT_ENV: data
CONDA_ENVS_PATH: <not set>
LD_LIBRARY_PATH: <not set>
PATH: /home/thauck/miniconda/envs/data/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/games:/usr/games
PYTHONHOME: <not set>
PYTHONPATH: <not set>

在研究了各种问题之后，我也尝试过：

THEANO_FLAGS=blas.ldflags="-L/usr/lib/ -lblas" python model.py

这个凹陷有问题。

另外，似乎我在/usr/lib中有blas目录。

(data)thauck@ds-th:/usr/lib$ ls | grep blas
libblas.a
libblas.so
libblas.so.3
libblas.so.3gf
libopenblas.so.0
openblas-base

编辑：

这也会破坏pymc3中的MvNormal。

Answer 1

我猜你有一个旧版本的Theano，现在如果我们不能找到或检测到如何再次链接blas，我们有一个后备，不会导致崩溃，但只会导致警告。

将Theano更新到开发版本。

如果是通过conda安装的，请先将其删除，更新如下：

pip install --upgrade --no-deps git+git://github.com/Theano/Theano.git

或

pip install --upgrade --no-deps git+git://github.com/Theano/Theano.git --user

有关如何更新到开发版本的更多信息：

http://deeplearning.net/software/theano/install.html#bleeding-edge-install-instructions