绘制新陈代谢网络？

Question

我需要画一张E.coli核心新陈代谢的地图。与图中的每个反应相关联，我有一个数字来表示通过这个反应的通量。我希望地图通过地图中每个反应的颜色来反映这些通量。

我试过使用像Mathematica和Cytoscape这样的工具，但很难得到一个很好的代谢网络布局。我看过E.coli新陈代谢的地图，它们在纸上看起来非常漂亮。我需要的是一张这样的地图，但我可以在其中定义反应的颜色。

有一些可用的工具，例如metdraw.com。但是当我上传我的E.coli SBML模型时，绘图布局简直是一团糟。曾经有一个网络IPython笔记本，你可以用它来建立一些预先建立的模型，在那里你只需要输入反应通量。但现在它消失了：http://nbviewer.ipython.org/github/opencobra/cobrapy/blob/master/documentation_builder/visbio.ipynb

请参见下图中的示例。忘掉黄色的边界框来界定隔间吧。我可以省下这些。

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Answer 1

对你发布的断开链接的一些跟踪将我带到了Escher，这似乎就是visbio现在所说的：

https://github.com/zakandrewking/escher

例如，请参阅：

https://cobrapy.readthedocs.org/en/latest/escher.html

Escher是Cobrapy的一部分：

http://opencobra.github.io/cobrapy/

一个模拟生物网络的软件套件。