Matlab中的Fast DP (Viterbi for profile HMM)

Question

我在Matlab中遇到了viterbi logodds计算的效率问题。

基本上，我的问题是必须有嵌套的循环，这会大大减慢代码的速度。这是最昂贵的部分：

for i=1:input_len
    for j=1:num_states
        v_m=emission_value+max_over_3_elements; %V_M
        v_i=max_over_2_elements; %V_I
        v_d=max_over_2_elements; %V_D
    end
end

我相信我不是第一个将viterbi实现为profile HMM的人，所以也许你会有一些建议。我还研究了Matlab自己的hmmviterbi，但没有发现(也使用了嵌套循环)。我还测试了用一些基本操作替换max，但没有明显的区别(实际上有点慢)。

Answer 1

不幸的是，在Matlab中循环很慢(但在最近的版本中变得更好)-我不认为它可以很容易地向量化/并行化，因为循环中的操作不独立于其他迭代。

这似乎是MEX的一项任务--用C语言编写它应该不会有太多的工作，而且预期的加速比可能会相当大。