在Pymol中获得所有的二面角

Question

我想在Pymol中得到蛋白质的所有二面角( phi，psi，chi1，chi2，chi3，chi4)，但我只能设法找到一个能显示phi和psi的函数。

例如：

 PyMOL>phi_psi 1a11
 SER-2:    (   67.5,  172.8 )
 GLU-3:    (  -59.6,  -19.4 )
 LYS-4:    (  -66.4,  -61.7 )
 MET-5:    (  -64.1,  -17.9 )
 SER-6:    (  -78.3,  -33.7 )
 THR-7:    (  -84.0,  -18.1 )
 ALA-8:    (  -85.7,  -40.8 )
 ILE-9:    (  -75.1,  -30.8 )
 SER-10:   (  -77.6,  -47.0 )
 VAL-11:   (  -61.3,  -27.4 )
 LEU-12:   (  -60.7,  -47.5 )
 LEU-13:   (  -71.1,  -38.6 )
 ALA-14:   (  -46.2,  -50.7 )
 GLN-15:   (  -69.1,  -47.4 )
 ALA-16:   (  -41.9,  -52.6 )
 VAL-17:   (  -82.6,  -23.7 )
 PHE-18:   (  -53.4,  -63.4 )
 LEU-19:   (  -61.2,  -30.4 )
 LEU-20:   (  -61.1,  -32.3 )
 LEU-21:   (  -80.6,  -60.1 )
 THR-22:   (  -45.9,  -34.4 )
 SER-23:   (  -74.5,  -47.8 )
 GLN-24:   (  -83.5,   11.0 )

它缺少手性角。有人知道如何得到所有的二面角吗？

非常感谢！

Answer 1

你可以用get_dihedral得到任意的二面角。创建四个选择，每个选择都有一个原子，然后像这样使用它：

get_dihedral s1, s2, s3, s4

它以cmd.get_dihedral()的形式向Python API公开。我建议编写一个Python脚本，将此函数与cmd.iterate()一起使用来循环遍历残差。创建一个字典，这样你就可以在每个残基上查找定义X角的原子四元组的列表。

Answer 2

你可以很容易地在R中做到这一点。这是包含如何计算主链和侧链扭转/二面角的信息的链接：http://thegrantlab.org/bio3d/html/torsion.pdb.html

但是首先你必须安装R：http://thegrantlab.org/bio3d/download的Bio3D包

安装程序包后，通过在R控制台提示符下键入library(bio3d)来加载它。

>library(bio3d)

这个R脚本回答了你的问题：

#返回当前工作目录的文件路径。

getwd()   

#将工作目录设置为您想要的位置。

setwd("home/R/Rscripts") 

#从蛋白质数据库获取pdb文件并保存到dataframe 'pb‘

pb <- read.pdb("insert PDB ID")  

#仅修剪到蛋白质

pb.prot <- trim.pdb(pb, "protein") 

#计算蛋白质的扭转角并保存到dataframe 'tor‘

tor <- torsion.pdb(pb.prot)  

#获取'tor‘的行数和列数

dim(tor$tbl) 

#通过从PDB条目中获取的链、残基ID和残基编号来标识每一行

res_label <- paste(pb.prot$atom$chain[pb.prot$calpha], pb.prot$atom$resid[pb.prot$calpha], pb.prot$atom$resno[pb.prot$calpha], sep="-") 

rownames(tor$tbl) <- res_label

#创建扭转角度表

torsion <- tor$tbl  

#例如，要查看VAL的角度，链A的残差为223

tor$tbl["A-VAL-223",]

#将表写出到文件中

write.table(torsion, file = "torsion_angles.txt", quote = F, sep = "\t")    

保存在工作目录中的输出文件将包含一个表，其中包含chain-resID-resNo及其对应的phi、psi、chi1、chi2、chi3、chi4和chi5值。祝你好运！