从perl和ruby脚本创建applescript？

Question

我从http://ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/Database/nph-select.cgi#mainform下载了蛋白质序列，文件名为FASTA.FA。对于文件中的每个蛋白质，它都包含一个描述行，然后蛋白质序列在每70个字符后以新行分隔。

示例：

AAB26739 AAB26739流感病毒1973年// NA DVPCIGIEMVHDGGKETWHSAATAIYCLMGSGQLLWDIVTGVAMAL

CAA47401 B/Yamagata/16/88 1988

我有一个ruby脚本，可以将其转换成更适合Excel的文件，其中第一行得到一个细胞，整个蛋白质序列得到另一个细胞(perl在两个细胞之间做一个制表符，Excel将用制表符分隔的内容放在一个新的单元格中)。

这是我的脚本：

ruby -e 'first_line = true; while line = STDIN.gets; line.chomp!; 
if line =~ /^>/; puts unless first_line; print line[1..-1]; print "\t"; 
else; print line; end; first_line = false; end; puts' < ~/Downloads/FASTA.fa > ~/Downloads/Sequences.xls

在我下载文件的网站上，您可以更改第一行的格式，我在每个描述之间包含一个"+“，然后我有一个将+转换为tab的perl脚本(有些描述中有一个空格，所以我不能使用空格作为分隔符)。

perl -p -i -e "s/\+/\t/g" ~/Downloads/Sequences.xls

这两个hack成功地为我创建了一个很好的excel文件，我已经从这两个脚本中创建了一个Automator程序，它位于我的dock中。

然而，现在我的团队希望我用它来创建一个applescript。如果我理解正确的话，这并不像输入"do shell script“然后粘贴脚本那么简单，而是必须格式化实际的脚本，使applescript能够理解它。有没有人能帮我做这个？

谢谢!

Answer 1

我建议您应该将ruby脚本转换为合适的.rb文件，然后使用Ruby进行制表符替换(或者使用Spreadsheet gem，如果您想要更美观的Excel输出，尽管这可能需要在其他人的计算机上进行一些设置)。或者使用Perl来完成所有这些工作。只是为了省去你为这种琐碎的搜索/替换工作创建两个运行时的麻烦。就这一点而言，我相信你可以用sed完成所有的工作。

无论如何，一旦你有了脚本作为一个文件，你可以在AppleScript编辑器中创建一个新的脚本，并将其保存为一个脚本包。然后，您可以将脚本“包含在”AppleScript中。这样一来，你就知道脚本在哪里了，如果需要的话，它们就更容易编辑了。然后，您可以使用do shell script使用适当的参数调用该脚本。简化示例：

-- get script path
set rb to POSIX path of (path to me) & "Contents/Resources/Scripts/convert.rb"

-- run script
do shell script "ruby '" & rb & "' < inputfile.fa > outputfile.xls"

如果你愿意，你甚至可以进行一些拖放转换，而不是硬编码到~/Downloads/FASTA.fa的路径(如果有人忘记移动/删除旧的下载，它会一直转换那个下载，并重写相同的xls，因为新的下载将是"FASTA-1.fa“或其他东西，所以请尽可能避免硬编码的路径)