blocks|key|5398661|text|RDKit提供了一个函数MolToFASTA(mol)，用于输出输入分子的FASTA序列。应该是这样的：|type|unstyled|depth|inlineStyleRanges|offset|length|style|CODE|entityRanges|data|5398662|from+rdkit.Chem.rdmolfiles+import+MolFromMolFile,+MolToFASTA

mol+=+MolFromMolFile("yourFile.mol")
fa+=+MolToFASTA(mol)
#+write+the+fa+string+to+file|code-block|syntax|javascript|5398663|不幸的是，我找不到一个蛋白质的示例.mol文件来测试它。|5398664|entityMap|0|LINK|mutability|MUTABLE|url|http://www.rdkit.org/docs/index.html|1|http://www.rdkit.org/Python_Docs/rdkit.Chem.rdmolfiles-module.html#MolToFASTA^0|C|F|0|5|0|C|F|1|0|0|0^^$0|@$1|2|3|4|5|6|7|W|8|@$9|X|A|Y|B|C]]|D|@$9|Z|A|10|1|11]|$9|12|A|13|1|14]]|E|$]]|$1|F|3|G|5|H|7|15|8|@]|D|@]|E|$I|J]]|$1|K|3|L|5|6|7|16|8|@]|D|@]|E|$]]|$1|M|3|-4|5|6|7|17|8|@]|D|@]|E|$]]]|N|$O|$5|P|Q|R|E|$S|T]]|U|$5|P|Q|R|E|$S|V]]]]

<a href="http://www.rdkit.org/docs/index.html" rel="nofollow noreferrer">RDKit</a> provides a function <a href="http://www.rdkit.org/Python_Docs/rdkit.Chem.rdmolfiles-module.html#MolToFASTA" rel="nofollow noreferrer"><code>MolToFASTA(mol)</code></a> which outputs the FASTA sequence for the input molecule. Should go something like:

<pre><code>from rdkit.Chem.rdmolfiles import MolFromMolFile, MolToFASTA

mol = MolFromMolFile("yourFile.mol")
fa = MolToFASTA(mol)
# write the fa string to file
</code></pre>

Unfortunately, I wasn't able to find an example .mol file of a protein to test this with.

I am working on bioinformatics project. 

I want to convert MDL file (molfile - .mol) to FASTA file using python. 

Can anyone tell me how can I do the same? 

mol file structure : <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile" rel="nofollow">http://en.wikipedia.org/wiki/Chemical_table_file#Molfile</a> 
fasta file structure : <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format" rel="nofollow">http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format</a>

convert molfile to fasta

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没有提供实际的解决方法或示例。

解答不清晰，无法理解或解决问题。

页面排版不美观，阅读体验差。

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我正在从事生物信息学项目。有人能告诉我怎样才能做到这一点吗？mol文件结构：fasta文件结构：

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