如何解决Circos SVG文本放置不正确的问题？

Question

我有以下Circos图表，我将其呈现为SVG文件，然后将其转换为PNG，以便于说明：

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环绕外圈的文本标签从12点到9点方向正确，向外定向，远离灰色弧线。

在9和12之间，文本标签向内排列，与灰色弧线重叠。这是意想不到的。

这里有一个特写，来澄清这个问题：

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如果我从Circos而不是SVG输出PNG，则会正确绘制标签，但随后将无法在Adobe Illustrator或Inkscape中标记矢量格式的SVG图形。所以我需要SVG输出。

下面是与添加标签相关的circos.conf文件的一个片段：

<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>

...

<plots>
<plot>
type                           = text
color                          = black
file                           = factorList.txt
r0                             = 1r
r1                             = 1r+200p
label_size                     = 12p
label_font                     = condensedbold
padding                        = 0p
rpadding                       = 0p
label_snuggle                  = yes
max_snuggle_distance           = 1r
snuggle_sampling               = 2
snuggle_tolerance              = 0.25r
snuggle_link_overlap_test      = yes 
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine                 = yes
</plot>
</plots>

我不确定我可以应用什么其他选项来尝试解决这个问题。我的问题是:我应该在这个或其他配置文件中尝试什么，以修复SVG输出？谢谢你的建议。

Answer 1

也许你可以试试这个选项：

label_rotate = no

我认为上面的布局是由依附选项引起的，还要检查你的conf文件，并确保plot(type=text)的所有"r0“和"r1”都大于1r。

Here is the circos lessonss example