用matplotlib绘制‘'circos’风格的图？

Question

有没有人知道有没有办法用matplotlib的python包或者其他的python库来绘制circos-style图？它们不需要看起来像示例那样漂亮。

Answer 1

据我所知，这方面没有直接的功能。如果要创建此功能，我将使用polar plots作为起点，然后创建一个transformation，将沿圆轴的数据位置转换为极坐标。

Answer 2

Yann的想法是great.And more，circos是用PERL语言开发的，带有GD和其他模块，然后输出great.And(或png)。如果您想创建新的控制盘，Python也可以做到这一点:)

据我所知，如果你想通过matplotlib来实现circos风格的图像(圆形风格)，你最好直接编写原始的python代码：

1. 学习基本的SVG语法
2. 使用python来生成基本的布局和设计你的图像elements
3. computing并转换你的数据坐标；你最好在极坐标中思考(我做了同样的事情，但是没有打开source.)
4. output

如果你愿意，加入circos的谷歌群讨论：http://groups.google.com/group/circos-data-visualization

Answer 3

Biopython的模块GenomeDiagram似乎也有类似的功能，尽管它是为绘制基因组数据而设计的，但不是像circos那样的任何数据，并且输出不会那么好。