Visium HD使用Cellpose进行细胞分割-补充

上节我们介绍了Visium HD使用Cellpose进行细胞分割获取单细胞精度空间数据，后台有许多同学私信我一些问题，有些同学对我将详细代码贴出来很感激，因为这些分析有些公众号是需要付费才能看到，还有几个同学问了我初次尝试过程中也遇到的问题，看来大家对使用Cellpose进行细胞分割很感兴趣，这里我对比较有代表性的几个问题做些补充说明。

一. Cellpose细胞分割，超参数diameter对结果影响很大，有没有好的方法推荐？

cellpose细胞分割中有几个比较重要的参数，官方文档也有详细介绍(https://cellpose.readthedocs.io/en/latest/settings.html)，其中diameter是设置细胞大小的参数，cellpose 需要用户根据自己组织类型及细胞大小做调整（细胞形状及大小不是太特别的基本上不用调整），找到合适自己的值。这里可以使用Cellpose提供的可视化界面进行设置，观察分割结果，找到合适自己组织的参数。

python -m cellpose --Zstack直接可以打开GUI

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导入tif图像，选择模型，调整细胞分割参数

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二. Cellpose分析前对输入tif文件图像处理是做什么？

我们首先对tif图像进行下采样，是为了节省计算资源，因为我的机器只有64G内存，有些项目tif太大运行卡顿，所以做了图像下采样。

三. 细胞分割后发现细胞数目太少，和H&E片子上看到的细胞数不一致怎么办？

可以使用Qupath打开tif图像，使用内置的机器学习模型或者是安装cellpose插件在自己图像上训练细胞分割模型，好处是可以实时看到分割的效果，能够及时调整参数使得分割达到较好的结果，然后将分割好的细胞边界坐标导出，再将2um bin转录本信息分配到细胞中即可。

打开tif文件

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使用机器学习模型分割

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分割结果展示-还可以手动调整，有些错误识别的细胞可以手动删除

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导出geojson（细胞边界坐标，也可以选择只导出细胞核/细胞边界坐标）

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安装cellpose插件，训练/使用已有模型进行细胞分割

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