myloasm -长读长的高分辨率宏基因组组装工具原创

诶，大家好，我是李老师，前两天录制了一篇关于哈佛医学院李恒教授团队开发的呃，新的算法脉络ASM啊，利用长度长测序数据进行红金组组装啊，那么有些小朋友呃，有些伙伴呢？嗯。大家好，我是李老师，前两天录制了一篇关于哈佛医学院李恒教授团队开发的关于红金组组装的新的算法麦lo as SM, 那么有些小伙伴私信问呃，能不能出一期关于软件安装使用的教程，那么今天呢，给大家简单的录制一下啊，关于它的安装和基础的使用方法啊呃，那么首先呢，我们来到啊melo as SM的giitar，网官方网站啊，那么我们可以看到啊最新的版本是两天前啊发布的啊V0.5.1啊。

啊，那么这个呢，就是它的get up read me文档啊，我们点击啊这里啊，Documentation is hosted at这个。这个链接啊，那么我们点击一下呢，就可以跳转到了melo asm的它的官方使用说明文档啊。啊，那么我们可以看到它的支持的这个，呃，数据呢，啊就是。呃，准确度大于97%的，呃，OT的这个数据，纳米孔的测序数据，还有呢，就是拍be hifi的数据啊。啊，那么点击这里呢，我们可以查看它的一个安装方式，那么安装方式呢？啊有三种啊，常规的这个三种，一个呢就是使用BI奥康达去安装啊，再一个呢，就是我们直接下载啊去运行它的这个二进制文件啊还有一种呢，就是从这个呃源代码中去build的这个呃二进制的这个呃可执行文件啊啊那么我们还是推荐使用这个康达安装是吧，或者说这个曼巴安装啊，一行命令啊，康达或曼巴in install-C，然后康达，然后这个呃，Melo SM, 还有呢，它还有一个后边呃质控的一个呃可视化的一个工具啊就是melo。

Tools啊，所以说我们就依次安装，把这两个软件都安装完啊，那么当然了，如果不想用康德安装的话，我们还可以采用这个直接下载其二进制的这个文件进行运行啊，我们还是下载啊。

啊w get进行下载是吧？啊然后呢，就是啊，把它的这个添加这个可执行的权限，然后呢，我们就可以去执行这个二进制的文件了啊。呃，关于它的这个使用，我们就可以查看quick usage啊，如果你的数据呢，是来自ont平台的啊，那么你就直接去调用啊，Melo as SM, 然后呢，加上你的这个序列文件啊，就是fast q的文件啊，那么这里呢啊，如果说你提供多个fastq的文件呢，它是会把这个啊，这些这个序列呢，都整合成一个文件是吧啊。然后呢，这个就是杠O，就是它的输出啊路径啊，然后你指定一下就可以了，然后杠T50啊，这个还是它的这个，呃，指定的这个线程数啊，根据自己的这个计算资源去指定就可以了啊。

啊，然后呢，这里也是说了这个，呃，因为它会利用到这个剪辑的质量，所以说呢，还是提供fastq文件啊啊。当然你在使用前的你的这个fast q文件是需要自己进行一些这个质控的啊，包括剪辑质量啊，包括啊这个瑞长度是吧，首先进行查看，然后并且进行一个过滤啊。呃，然后如果你的这个呃序列呢，是来自派克be啊平台的啊，那么也是这个是吧，提供发Q文件，然后杠O指定输出啊这个路径啊，输出文件的路径，然后杠T指定线程，然后呢，还要加一个杠杠HiFi啊指定这个数据呢，是HiFi类型的是吧。嗯。

那么其他的都是呃呃，一模一样的啊，一模一样的。啊，那么呃。如果说你这个做完这个上面的组装分析以后呢，啊，那么他还提供了刚才我们说到了melllo tools啊，对这个结果呢，进行一些这个质控啊，然后包括一些可视化，呃，那么呃，它的命令呢，就是melo tools啊，Report, 然后呢，呃，直接指定这个输出的文件夹就行，然后这里呢，我们的这个路径呢，是要呃进入到刚才我们的这个输出文件的这个路径啊下面以后呢，然后我们直接啊melllo啊，Tools report杠杠，Output, 然后呢，再给一个文件夹，再给一个文件夹的名称就可以了啊就可以了，然后我们所获得的这个最后的这个可视化报告呢，就是在我们这个指定的这个呃路径下啊。

剩下的没有什么太呃需要这个强调的啊呃，关于输出的这个。呃，文件啊，输出的文件呢，是有两个主要的文件，一个呢就是assembly_primary点fast这个呢，就是我们的这个组装后的这个啊结果文件啊，也是我们的这个主要的文件，那么所有的这个contact啊，它都会在这个呃文件当中，那么还有一个呢，就是我们的这个组装图的这个啊文件啊可以用来啊可视化啊，那比如说在这个啊bondage这个软件当中呢，就是可以进行这个组装图的一个呃可视化啊啊那么它这个呢，有详细的对两个文件进行这个呃说明啊就是比如说这个hier。啊，这个fast fast, 每个fast，这个呃，记录的这个hier，呃，它代表了什么意思，包括这个这个序列的长度啊，包括它的这个深度啊等等是吧，大家可以进行一个呃详细的阅读啊，包括它的这些，这个呃，Estimate depth of coverage的这个含义啊。

呃，然后呢，这个还有一个就是关于他的这个，呃，啊。呃，组装图的这个文件的一个，呃，详细的一个解释，大家也可以去啊看一下啊。啊，那么呃，如果你使用melo tools对这个呃组装结果进行一个质控或者是一个可视化，那么我们也可以去呃看一下相应的这个呃展示对吧？然后这样的话，你可以对你组装的结果进行一个质控，包括它的这个CG含量啊，CG的偏移啊，然后这个覆盖度啊，还有一些这个read overlap的啊，重叠的这些信息啊，大家就是可以详细的去看，使用方法也非常简单，对吧？这里就不再啊赘述了，然后呢，它也会生成一个这个HTML的可视化。

啊，报告啊，啊，关于他的一些这个，呃，这个con的一些这个。呃，这个概括啊，大家可以去点进去看一看啊。好下面，呃，这个上面呢，就是我们我们今天想分享的内容啊，大家如果有什么使用上的问题，也可以这个在下面留言。那我们下期见。