三兔测序学社

文章/答案/技术大牛

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发表了文章 2天前2026-07-24 19:59:01

核酸提取：BCP 平替管制氯仿，无需溢价买商用替代剂

一步法 RNA 提取是分子实验室最常用的核酸分离手段，依托硫氰酸胍 - 酚体系（AGPC 法、TRI Reagent、TRIzol 等商用试剂），可同步从组织、...

三兔测序学社 2天前2026-07-24 19:59:01

安全、bcp、基础、同步、性能

发表了文章 4天前2026-07-22 12:21:52

新工具速递｜ChromTag：一站式CUT&Tag/ChIP-seq表观组交互式分析可视化平台

ChIP-seq、CUT&Tag是当前表观遗传、转录调控、疾病机制研究的核心技术。尤其是CUT&Tag，凭借低细胞量、低背景、高分辨率的优势，已经逐步替代传统...

三兔测序学社 4天前2026-07-22 12:21:52

开源、cut、工具、可视化、数据

发表了文章 20天前2026-07-06 16:46:42

2026 慢性自发性荨麻疹前沿速递（第二期）：血清补体标志物、睡眠损害、免疫血栓机制与奥马珠单抗难治性精准治疗

慢性自发性荨麻疹（CSU）是一种常见的慢性炎症性皮肤病，以反复自发的风团、瘙痒为主要表现，严重影响患者生活质量。补体片段C5a及其受体C5aR可介导肥大细胞、嗜...

三兔测序学社 20天前2026-07-06 16:46:42

系统、异常、管理、模型、数据

发表了文章 26天前2026-06-30 14:18:35

IGV 远程加载基因组崩了？离线加载方案 + 官方基因组清单，拿走即用

做 ChIP-seq、ATAC-seq 的同行，大概率都踩过这个坑： IGV 明明平时好好的，选好 hg19/hg38 就能自动加载参考基因组，偏偏赶在要看图、...

三兔测序学社 26天前2026-06-30 14:18:35

发表了文章 2026-06-252026-06-25 16:39:37

什么样的软件才是好软件

最近在负责一个项目，施工方的工程师先给出了两版CAD设计图纸，但结合我们日常工作的实际情况，还有不少可以优化的细节。我想着与其来回跟施工方沟通修改，不如自己在原...

三兔测序学社 2026-06-252026-06-25 16:39:37

开源、工具、基础、软件、设计

发表了文章 2026-06-052026-06-05 20:44:00

2026 慢性自发性荨麻疹前沿速递（第一期）：机制、分型、标志物与新型疗法

近期，一篇发表于《J Allergy Clin Immunol Glob》的最新研究，通过孟德尔随机化与生物信息学分析，精准揭示了免疫细胞、炎症蛋白与慢性荨麻疹...

三兔测序学社 2026-06-052026-06-05 20:44:01

事件、数据、系统、管理、开发

发表了文章 2026-06-052026-06-05 20:42:47

ChIP-seq 数据分析图表汇总-2高级篇

分析内容：将 ChIP-seq 数据与转录组（RNA-seq）数据联合分析，研究表观修饰或转录因子结合强度的改变如何直接影响下游靶基因的表达水平。

三兔测序学社 2026-06-052026-06-05 20:42:47

数据分析、浏览器、排序、数据、图表

发表了文章 2026-05-262026-05-26 20:42:15

ChIP-seq 数据分析图表汇总-1基础篇

分析内容：评估下机原始数据（Raw Reads）中每一个测序循环（每个碱基位置）的测序质量得分（Phred Score），判断是否存在由于仪器或试剂导致的测序衰...

三兔测序学社 2026-05-262026-05-26 20:42:15

数据分析、基础、数据、统计、图表

发表了文章 2026-05-222026-05-22 20:12:58

差异ChIP-seq工具综合评测

ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）是研究蛋白质与DNA相互作用的核心技术，广泛应用于转录因子结合位点鉴定、组蛋白修饰图谱绘制等领域。然而，当研究者需要比较...

三兔测序学社 2026-05-222026-05-22 20:12:58

设计、数据、性能、决策树、工具

发表了文章 2026-05-132026-05-13 17:17:15

ATAC-seq实验方案4：升级版Omni-ATAC流程解读（3）-数据分析

ATAC-seq分析可以分为三个主要步骤：（1）数据处理，（2）峰调用、合并和计数，以及（3）下游分析。

三兔测序学社 2026-05-132026-05-13 17:17:15

工具、浏览器、事件、数据、数据分析

发表了文章 2026-05-132026-05-13 17:16:50

ATAC-seq实验方案3：升级版Omni-ATAC流程解读（2）-实验过程

1.收集50,000个新鲜培养的细胞，放在1.5 mL的LoBind 管中（管壁不容易结合DNA或者蛋白质的EP管）。

三兔测序学社 2026-05-132026-05-13 17:16:51

产品、索引、优化、存储、adapter

发表了文章 2026-05-082026-05-08 10:06:00

【染色质可及性】ATAC-seq实验方案1-经典版文章介绍与解读

Buenrostro JD, Wu B, Chang HY, Greenleaf WJ. ATAC-seq: A Method for Assaying Chr...

三兔测序学社 2026-05-082026-05-08 10:06:00

优化、工作流、设计、数据、效率

发表了文章 2026-05-082026-05-08 10:04:07

ATAC-seq实验方案2：升级版Omni-ATAC流程解读（1）-准备工作

Grandi FC, Modi H, Kampman L, Corces MR. Chromatin accessibility profiling by AT...

三兔测序学社 2026-05-082026-05-08 10:04:07

存储、工作、科技、数据、优化

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:56

免疫组库基础分析14：基于NAIR包的TCR/BCR免疫组库公共簇分析

摘要：适应性免疫受体库测序（AIRR-Seq）是解析免疫应答、疾病标志物筛选的核心技术，TCR/BCR簇的跨样本共享性是关键研究切入点。NAIR（Network...

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:56

可视化、数据、算法、网络、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:50

免疫组库基础分析15：利用 NAIR 包探索疾病表型或治疗相关的 TCR/BCR 簇

这一篇介绍了NAIR包最重要的功能，就是寻找找到与疾病状态、治疗响应或临床结局显著相关的一组相似免疫受体序列。这也是编者自己主要用的NAIR包核心代码，就是为了...

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:50

可视化、数据、网络、变量、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:44

免疫组库基础分析13：TCR\BCR序列相似性网络分析_NAIR包介绍(2)

节点级属性是指网络图中每个单独节点所具有的特性。根据计算范围的不同，它们分为两类：

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:45

算法、图表、网络、对象、基础

发表了文章 2026-04-172026-04-17 16:49:26

免疫组库分析12：TCR、BCR序列相似性网络分析-NAIR包介绍(1)

软件定义：NAIR是一个序列相似性网络分析R包，用于分析T细胞和B细胞的适应性免疫组库（Adaptive Immune Repertoire）序列。

三兔测序学社 2026-04-172026-04-17 16:49:26

连接、数据、网络、函数、基础

发表了文章 2026-04-132026-04-13 11:28:36

超级增强子系列文章13：Deeptools绘制超级增强子区域组蛋白或转录因子富集热图

1.1、图表核心信息这是一张H3K27Ac ChIP-Seq的富集热图与平均信号曲线图，用于比较正常星形胶质细胞（Astrocytes）和转化型星形胶质细胞（...

三兔测序学社 2026-04-132026-04-13 11:28:36

压缩、可视化、排序、数据、图表

发表了文章 2026-03-272026-03-27 11:39:00

探索荨麻疹：一种新型慢性自发性荨麻疹小鼠模型

这是一篇发表于2026年《Allergy》期刊的学术论文，题为《Murine Model of Chronic Spontaneous Urticaria-Li...

三兔测序学社 2026-03-272026-03-27 11:39:00

数据、网络、模型

关注了用户 2026-03-062026-03-06 10:06:40

优爱蛋白

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中南大学 | 助理研究员
个人技术博客:http://santbiolab.com/
生物基因数据可视化
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