三兔测序学社

文章/答案/技术大牛

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发表了文章 9天前2026-04-17 16:49:56

免疫组库基础分析14：基于NAIR包的TCR/BCR免疫组库公共簇分析

摘要：适应性免疫受体库测序（AIRR-Seq）是解析免疫应答、疾病标志物筛选的核心技术，TCR/BCR簇的跨样本共享性是关键研究切入点。NAIR（Network...

三兔测序学社 9天前2026-04-17 16:49:56

可视化、数据、算法、网络、基础

发表了文章 9天前2026-04-17 16:49:50

免疫组库基础分析15：利用 NAIR 包探索疾病表型或治疗相关的 TCR/BCR 簇

这一篇介绍了NAIR包最重要的功能，就是寻找找到与疾病状态、治疗响应或临床结局显著相关的一组相似免疫受体序列。这也是编者自己主要用的NAIR包核心代码，就是为了...

三兔测序学社 9天前2026-04-17 16:49:50

可视化、数据、网络、变量、基础

发表了文章 9天前2026-04-17 16:49:44

免疫组库基础分析13：TCR\BCR序列相似性网络分析_NAIR包介绍(2)

节点级属性是指网络图中每个单独节点所具有的特性。根据计算范围的不同，它们分为两类：

三兔测序学社 9天前2026-04-17 16:49:45

算法、图表、网络、对象、基础

发表了文章 9天前2026-04-17 16:49:26

免疫组库分析12：TCR、BCR序列相似性网络分析-NAIR包介绍(1)

软件定义：NAIR是一个序列相似性网络分析R包，用于分析T细胞和B细胞的适应性免疫组库（Adaptive Immune Repertoire）序列。

三兔测序学社 9天前2026-04-17 16:49:26

连接、数据、网络、函数、基础

发表了文章 14天前2026-04-13 11:28:36

超级增强子系列文章13：Deeptools绘制超级增强子区域组蛋白或转录因子富集热图

1.1、图表核心信息这是一张H3K27Ac ChIP-Seq的富集热图与平均信号曲线图，用于比较正常星形胶质细胞（Astrocytes）和转化型星形胶质细胞（...

三兔测序学社 14天前2026-04-13 11:28:36

压缩、可视化、排序、数据、图表

发表了文章 2026-03-272026-03-27 11:39:00

探索荨麻疹：一种新型慢性自发性荨麻疹小鼠模型

这是一篇发表于2026年《Allergy》期刊的学术论文，题为《Murine Model of Chronic Spontaneous Urticaria-Li...

三兔测序学社 2026-03-272026-03-27 11:39:00

数据、网络、模型

关注了用户 2026-03-062026-03-06 10:06:40

优爱蛋白

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发表了文章 2026-02-042026-02-04 10:45:29

探索SLE：基于SLE患者样本开发的血液转录模块基因的富集分析

1. ADEX是一个分析自身免疫疾病的在线分析平台，其中有基因集分析过程中，有选择默认的预设基因集模块，文献来源是Chaussabel et al., Immu...

三兔测序学社 2026-02-042026-02-04 10:45:29

开发、可视化、模块化、数据、芯片

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:33:34

探索ImmGen:6-自定义基因集分析

在DataBrowsers页面，是所有分析模块的汇总界面。在这个页面中，许多模块已经在之前提及。本文主要来探索MyGeneset这个分析模块功能。是免疫基因集的...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:33:35

编码、工具、数据、芯片、数据库

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:33:19

探索ImmGen:5-基因字典

ImmGen最新的功能：genepage：基因字典。在这个页面中，有以下几个模块：

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:33:19

工具、开发、数据、网络、编码

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:32:38

探索ImmGen: 4-小鼠器官免疫细胞基因空间图谱

ImmGenMaps是免疫基因组计划联盟（ImmGen）启动的全新开源项目，旨在利用空间转录组学技术绘制小鼠器官中免疫细胞的综合空间图谱。该项目第一阶段将生成2...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:32:39

工具、开发、数据、开源、数据分析

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:32:12

探索ImmGen: 3-查询小鼠基因表观遗传修饰

在ImmGen 的Chromatin模块，不同组织不同免疫细胞发育阶段或刺激后的开放染色质区域ATAC-seq数据、组蛋白修饰CUT&RUN以及转录因子分析。

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:32:12

cut、dp、可视化、数据

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:31:31

探索ImmGen:2-T细胞综合图谱

immgen T 开源项目”联合41个实验室，绘制了包含62万余个细胞的小鼠T细胞综合图谱，整合多组学数据揭示了8大类及114个亚群，旨在全面解析T细胞在不同组...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:31:31

开源、地图、工具、数据、搜索

发表了文章 2026-01-272026-01-27 13:31:09

探索ImmGen: 1-基因表达查询

Immunological Genome Project”免疫基因组计划（ImmGen）是一个小鼠免疫百科全书平台。其核心目标是通过高通量基因组学技术，深度解析...

三兔测序学社 2026-01-272026-01-27 13:31:10

网络、人工智能、编码、工具、数据

发表了文章 2026-01-132026-01-13 19:44:23

探索SLE：从CDCP网站在线分析SLE与DLE皮肤单细胞数据

CDCP（Cell-omics Data Coordinate Platform，细胞组学数据协调平台）。这是一个非常优秀的国产单细胞数据库（https://d...

三兔测序学社 2026-01-132026-01-13 19:44:23

数据、数据库、网站、cell、可视化

发表了文章 2026-01-132026-01-13 19:43:51

探索SLE：cellxgene数据库在线分析Science期刊发表的系统性红斑狼疮患者外周血单细胞数据集

网址：https://cellxgene.cziscience.com/gene-expression

三兔测序学社 2026-01-132026-01-13 19:43:52

数据库、https、com、expression、数据

发表了文章 2026-01-052026-01-05 10:37:23

ABC Portal :一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库

ABC Portal 是一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库（http://abc.sklehabc.com）‌，旨在为血液学和免疫学研究提供交互式分...

三兔测序学社 2026-01-052026-01-05 10:37:23

工具、可视化、数据、网络、数据库

发表了文章 2026-01-052026-01-05 10:37:10

探索SLE：从ABCportal网站在线分析系统性红斑狼疮患者外周血单细胞数据

ABC Portal 是一个专注于血液和免疫细胞的‌单细胞转录组数据库（http://abc.sklehabc.com）‌，旨在为血液学和免疫学研究提供交互式分...

三兔测序学社 2026-01-052026-01-05 10:37:11

数据库、网站、可视化、数据、网络

发表了文章 2025-12-292025-12-29 12:57:08

超级增强子系列10: bedtools筛选Lost/Gained超级增强子

在进行不同组别超级增强子区域的比较，通常会进行交集分析，并根据结果将超级增强子分为Maintained (维持，交集部分），Lost(在实验组丢失），Lost(...

三兔测序学社 2025-12-292025-12-29 12:57:08

工具、可视化、软件、数据、服务器

发表了文章 2025-12-292025-12-29 12:57:03

超级增强子系列9: ggseqlogo进行Motif文件可视化

在MEME等在线motif发现工具中，输出的motif通常以比特（bits）形式表示信息含量如图1所示，反映的是每个位置相对于背景的保守性，而非碱基出现的...

三兔测序学社 2025-12-292025-12-29 12:57:03

file、工具、可视化、数据、数据库

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