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在sc.metabolism.seurat包里找不到要改的函数？
r 语言、addition、deprecated、函数、语法
求助，运行sc.metabolism.Seurat的时候弹出报错：但是在sc.metabolism.Seurat包</e
浏览 414提问于2024-03-09
我正在尝试下载R中的包"Seurat“，该包已安装，现在它在我的包列表中。packages are inError: package or namespace load failed for ‘Seurat<
浏览 1487修改于2020-05-04得票数 0
我已经在我的Mac (Catelina)上安装了一个软件包Seurat，但是当调用这个库时，R会崩溃，并收到以下消息：
OMP:错误#15:初始化libomp.dylib，但发现libomp.dylib
浏览 7提问于2020-07-23得票数 2
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我是R的新手，并试图安装Seurat来分析我的基因组单细胞数据。但是，我想使用Seurat ()，但是在安装软件包时遇到了困难。我的行动顺序如下：
install.packages("devtools")
install_githu
浏览 3修改于2019-11-29得票数 1
包的rocker/tidyverse容器。总之，“一个或多个包的安装失败，可能是‘Cairo’，‘mutoss’，‘ggrastr’，‘metap’”。RUN apt install -y libssl-devRUN apt install -y libssl1.0.2i
浏览 29提问于2022-02-13得票数 0
我正在尝试下载R中的软件包"Seurat“，这个包已经安装，现在它在我的软件包列表中。packages are in但是，当我试图调用它(库(Seurat))时，我会得到以下错误：Error: package or namespace load failed for ‘Seurat
浏览 11提问于2020-05-03得票数 3
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我尝试将Seurat包安装在Rstudio中，安装在markdown文件中，显然我需要在CentOS上本地安装libicui18n才能正常工作：我没有root权限。
浏览 0提问于2018-04-25得票数 0
我使用的包是ggplot2。当未加载Seurat库时，它会生成像这样的好图输出：
然后，当导入Seurat库时，图形会恢复到这种丑陋状态：
Imports: methods, ROCR已尝试的解决办法：
尝试过的"detach("package:Seurat"，unload = TRUE)“//在关闭和重新加载RStudio时没有恢复绘图，也不允许上游代码块提供ggplot2正常图形
浏览 2修改于2019-12-02得票数 2
/rinterface/init.py:146: RRuntimeWarning: Error：“Seurat”的包或命名空间加载失败：.onLoad在loadNamespace()中失败，用于“hdf5r启动R和运行library('Seurat')工作得很好。如果我只是打开spyder并运行importr('Seurat')，它也可以正常工作，但是当运行在终端：python seurat_clustering.py中时，它会失败，出现上面的错
浏览 2修改于2019-02-04得票数 0
我正在尝试从Seurat的聚类功能产生的聚类中创建一个层次聚类树。我正在尝试找出如何使用其他函数来绘制已由Seurat生成的聚类，但我不知道如何或哪个R包最有效。有人对我有什么建议吗？
浏览 2提问于2020-06-05得票数 0
我已经处理了一个带有scRNAseq包(朱庇特笔记本)的Seurat CellTypist对象，以注释免疫细胞类型。我成功地将预测的单元格标签导出为CSV。我已将其读入R中，并希望将结果合并为Seurat对象元数据中的Idents列。它们与原始Seurat对象共享完全相同的行标签，该对象是单元格标识符条形码。csv的标题也被正确地跨过，作为他们自己的标识列。这两个对象( Seurat对象和csv)也具有相同的长度。
浏览 26修改于2022-08-08得票数 1
我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的Seurat对象，以确认元数据已添加到正确的槽和列中。> Cells <- WhichCells(seurat_object)
然后，我使用数字1-3创建了一个从形态上确定的细胞类型的列表。
浏览 6修改于2021-03-04得票数 4
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：其中meta_data = 'DF.classifications_0.25_0.03_252'和是一个字符类。但是，当我尝试执行以下任何一项操作时：
seurat_object <- subset(seur
浏览 7修改于2022-03-20得票数 0
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我构建了一个基于r基映像的奇点容器，并安装了像Seurat这样的自定义库。singularity exec container.sif $(Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')")错误：“LoadVizgen”不是从“名称空间:Seurat”导出的对象
当我打开singularity shell container.sif和打开R时，我可以加载Seurat库以及函数LoadVizgen。我的.libPaths()第一条路径是"
浏览 6修改于2022-03-16得票数 0
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我正在尝试用Seurat包中的'DoHeatmap‘函数绘制很多图。我写了一个循环，应该在每次迭代中插入新参数，但据我所知，我遇到了作用域错误。下面是一个简单的可重现的例子。library(Seurat)
DoHeatmap(object
浏览 11修改于2020-01-16得票数 0
我首先使用.h5ad函数将.h5Seurat文件转换为library(SeuratDisk)文件。我的尝试的代码可以在这里找到：> library(SeuratDisk)
Warning<- LoadH5Seurat("train.h5Seurat")
Validating h5Seurat<
浏览 15提问于2022-10-27得票数 1
使用木星1.0.0、Python3.7.4、R3.5.1、irkernel 1.0.2和rpy2 3.1.0运行conda环境，并通过R安装了R包Seurat。当我使用R内核创建一个木星笔记本时，我可以用library(Seurat)加载Seurat。Radata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')
但是，当我试图使用rpy2加载Seurat
浏览 44修改于2019-11-29得票数 3
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我正在使用新的Seurat 3软件包来分析单细胞测序数据。我已经合并了18个Seurat对象，并将单独的标识符保存在meta.data中。
浏览 3修改于2020-09-26得票数 2
类似的想法在R-seurat包中实现。在函数FeaturePlot中，它有一个名为order的参数。此参数的如下：“确定是否按表达式的顺序绘制单元格的布尔值。当order = FALSE
浏览 27修改于2021-05-14得票数 0
我用Seurat软件包分析了六个单细胞RNA-seq数据集。这6个数据集是通过每一个不同的10倍运行获得的，然后结合批处理效应-通过Seurat函数"FindIntegrationAnchors“进行校正。
浏览 15修改于2020-07-16得票数 0
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