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荧光探针分子与蛋白质的作用
通过分子对接和分子动力学模拟，验证探针分子与蛋白的作用形式和结合位置，解释荧光发光的机理。
45730发布于 2018-07-03 - 来自专栏DrugOne
Nature | 全新设计的跨膜荧光激活蛋白
这些 tmFAPs 能够特异性激活目标荧光配体 (HBC599)，显示出 中纳摩尔亲和力，并且 亮度和量子产率 显著高于 增强型绿色荧光蛋白 (EGFP)。 研究目标 通过结合深度学习 (AlphaFold 2, ColabDesign) 和能量优化 (Rosetta)，设计具有 高活性和高特异性 的 荧光激活跨膜蛋白 (tmFAP)； 验证设计蛋白在 细菌和真核细胞膜中 的 荧光激活功能和结构稳定性； 证明 人工化学物质 (HBC599) 与跨膜蛋白在膜环境中 的 非共价相互作用 可以被 精准设计。 研究方法 本研究采用 两步设计协议： 水溶性荧光激活蛋白 (wFAP) 的设计 利用 四螺旋束 (four-helix bundle) 背骨，构建 中心口袋，以 氰基苯乙腈 (HBC599) 作为目标荧光配体 实验验证与结构解析 荧光激活实验 体外荧光激活实验：在 E. coli 和 CHO 细胞 中表达后显示出 强烈的荧光激活； 配体结合亲和力 (Kd) 测定：通过 荧光滴定实验 计算 HBC599 的 Kd
27710编辑于 2025-02-20 - 来自专栏生命科学
细胞转染、重组蛋白、荧光素酶检测试剂盒实验 | MedChemExpress
载体构建过程中，合适的标签蛋白可直接影响后续蛋白的表达与纯化，本心法主要针对 Flag 标签蛋白！ 知己知彼，才能百战百胜。 要想成功的将 Flag 标签蛋白纯化下来，肯定需要了解Flag 标签蛋白是什么啦 Flag 标签蛋白为编码 8 个氨基酸的亲水性多肽 (DYKDDDDK)，可通过基因工程技术加到目的蛋白末端。 形成的融合蛋白可以直接进行 Flag 亲和层析，也可以被抗 Flag 的抗体识别，也可使用肠激酶将 Flag 标签切除后得到特异性目的蛋白，因此 Flag 标签蛋白已广泛用于蛋白表达、纯化及功能研究等相关领域 本心法中的 是由高质量的鼠源 lgG2b 单克隆抗体与琼脂糖 Sepharose 4B 共价偶联而得，具有较高的 Flag 标签蛋白结合容量，可用于细菌和哺乳动物细胞裂解物以及体外表达系统中 Flag 标签蛋白的免疫沉淀、蛋白纯化实验。
47410编辑于 2023-03-03 - 来自专栏聊点学术
如何降低荧光实验的自发荧光？
但是接触过的人都明白，免疫荧光标记存在一个很大的问题，即自发荧光。这将极大地降低实验图片的可用性和美观性。 自发荧光类似于传统IHC的背景性染色。如下图中的大片绿色荧光，几乎都是自发性荧光。 ? 紫外和紫光区域激发的有色氨酸类、吲哚胺类、纤维蛋白原、二聚体、胶原等，蓝光区域激发主要是NADH、脂褐素、吲哚胺类、二聚体、核黄素等等。 3 — 自发荧光消除原则 3.1 标本固定 标本常规采用中性的多聚甲醛固定，而醛类固定剂会与胺和蛋白反应生成荧光产物，是造成自发荧光的重要因素之一。戊二醛的影响则是更大的。 若血清质量不好，里面可能含有纤维蛋白原(正常血清是不含有纤维蛋白原的)，一旦沾到组织上，基本洗不掉了，也会增强自发荧光信号。此外，低质量的血清还包含有很多其它杂质。 因为低质量的荧光二抗中往往残留较多的未标记游离荧光素，游离的荧光素未与蛋白质结合，形成了聚合物和衍化物，它们的自发荧光也是很强的。有人曾建议采用层析或者透析的方式去除，但是其实操性往往不甚理想。
2.7K60发布于 2020-07-22 - 来自专栏生命科学
MCE丨重组蛋白常见的融合标签
Q：什么是融合标签？A：融合标签是指利用 DNA 体外重组技术，在目的蛋白 N 端或 C 端进行融合表达的特定蛋白、多肽或寡肽标签。Q：融合标签有什么作用？ Q：融合标签的分子量和功能有关吗？A：蛋白融合标签的分子量越大，对蛋白质本身的功能影响越大，所以大分子融合标签一般只用于检测或蛋白纯化等。 A：融合标签较小，免疫原性也很弱，一般不需要切除，对蛋白质的后续应用和研究不会产生影响。但是有些大标签是需要切除的，例如：Dsb 蛋白、FkpA 蛋白、GST 蛋白、SUMO 标签等。 为了便于将重组蛋白的融合标签去除，在设计构建载体时需要在标签蛋白和目的蛋白之间加上蛋白酶识别位点，常用的蛋白酶位点有：HRV 3C 蛋白酶切位点、TEV 蛋白酶切位点、肠激酶切位点、SUMO 蛋白酶切位点等 Q：融合标签加在 N 端或 C 端，有什么区别？A：蛋白融合标签对于 N 端或 C 端的选择性对重组蛋白的结构与特性会造成一定的影响。
49710编辑于 2023-03-22 【辰辉创聚生物】重组蛋白常用标签技术解析：科研级蛋白表达与纯化中的关键工具
一、重组蛋白标签的基本概念重组蛋白标签是通过分子克隆手段，与目标蛋白在N端或C端融合表达的短肽序列或功能性蛋白结构域。 His标签分子量小，对蛋白结构干扰较低，广泛用于重组蛋白标签体系中，并可配合抗His抗体进行检测。2. GST标签GST标签来源于谷胱甘肽转移酶，是一种约26 kDa的融合蛋白标签。 SUMO标签具有专一性蛋白酶识别位点，切割后不残留额外氨基酸。该标签在真核蛋白原核表达研究中应用广泛。7. Trx标签Trx（硫氧还蛋白）标签分子量较小，可改善目标蛋白在还原性环境中的稳定性。 Trx标签常与His标签组合使用，形成双标签系统，以满足不同纯化和检测需求。五、荧光与示踪标签8. 荧光蛋白标签荧光蛋白标签（如GFP及其衍生物）可实现对重组蛋白表达、定位及动态变化的实时监测。 在细胞水平研究中，荧光蛋白标签是重要的功能性工具，同时也可结合抗体或亲和体系用于纯化和定量分析。六、标签的技术应用要点在科研实践中，标签的选择需结合实验目的、表达体系及下游应用方式进行综合考量。
26610编辑于 2025-12-29Alexa Fluor 647-Labeled Her2 His Tag 蛋白：精准检测与前沿研究的重要工具
2.高效亲和纯化标签：C端或N端融合的多组氨酸标签（HisTag），便于通过金属螯合层析（如镍柱）进行一步法高效纯化，确保获得高纯度、高回收率的蛋白制品。 3.高性能荧光标记：共价连接的AlexaFluor647染料是一种经典的远红色荧光染料，具有激发/发射波长（~650/670nm）长、光稳定性强、量子产率高、且不易与其他常用荧光通道（如FITC、PE） 2.免疫荧光与共聚焦显微成像-细胞与组织原位定位：用于细胞爬片或组织切片的免疫荧光染色，直观显示Her2在细胞膜上的分布密度、极性及内化情况。 四、总结与展望AlexaFluor647-LabeledHer2HisTag蛋白集成了高纯度抗原、便利的纯化标签和高性能荧光报告基团，是进行Her2定量检测、机制研究和药物开发的高效、可靠的标准化工具。 未来，此类标准化的荧光标记蛋白工具，结合自动化分析平台与人工智能图像分析算法，将在推动肿瘤精准分型、指导个体化治疗及加速新型靶向药物研发中发挥越来越关键的作用。
10810编辑于 2026-02-06【辰辉创聚生物】高亲和力尼帕病毒抗体技术解析及在科研中的关键应用指南
F糖蛋白抗体：识别融合中间体结构，有助于研究病毒膜融合动力学。N核蛋白抗体：作为病毒感染标记，可用于免疫印迹或免疫荧光分析。 免疫荧光（IF）与免疫组织化学（IHC）在细胞或组织水平检测病毒蛋白定位时，尼帕病毒抗体可与荧光标记的二抗结合，实现高分辨率的抗体荧光成像。这对于研究病毒感染途径、细胞内定位至关重要。4. 流式细胞术（Flow Cytometry）尼帕病毒抗体结合荧光标签，可用于流式细胞术中对传染细胞群体的分析。通过抗体-抗原相互作用，实现对细胞表面或胞内病毒蛋白的定量分析。 标签融合重组蛋白：与标签特异性抗体配合提高灵敏度，如通过FLAG、His标签进行捕获-检测组合。 六、常见尼帕病毒抗体技术应用场景以下是科研中常见的尼帕病毒抗体应用方向：病毒蛋白定位：通过免疫荧光及共聚焦成像观察病毒蛋白在细胞内的分布。
10810编辑于 2026-02-04- 来自专栏纳米药物前沿
厦门大学杨朝勇宋彦龄Angew：偶联适体蛋白标记和代谢聚糖标记实现外泌体蛋白特异性糖基化的原位可视化和生物学功能研究
外泌体糖蛋白在许多生理和病理功能中发挥着重要作用。然而，现有的研究外泌体蛋白糖基化的方法往往十分繁琐，且会影响外泌体的完整性。 在此，厦门大学杨朝勇、宋彦龄报道了偶联适体蛋白标记和代谢聚糖标记实现外泌体蛋白特异性糖基化的原位可视化和生物学功能研究。 作者开发了一种基于蛋白质特异性适体标签和代谢聚糖标签的双重标记策略，用于可视化外泌体上特定蛋白质的糖基化。 使用结合在exoPD-L1上的荧光PD-L1适配体和通过代谢聚糖标记引入的聚糖上的荧光标记之间分子内荧光共振能量转移(FRET)，原位成像了外泌体PD-L1 (exoPD-L1)的糖基化。 本文开发了一种高效的、非破坏性的方法来研究外泌体蛋白特异性糖基化的存在和功能，为外泌体糖蛋白质组学的研究提供了有力的工具。 Lin Zhu, et al.
1.1K20编辑于 2022-08-15 一种基于双功能核仁素蛋白的“信号增强”型荧光纳米探针用于单细胞成像研究
BiotinylatedNucleolin/NCLHis&AviTag蛋白是一种理想的研究工具，其设计融合了三种关键标签/修饰：1.双亲和标签：His标签（多组氨酸）便于通过金属螯合层析进行高纯度、高回收率的蛋白纯化 ；Avi标签则允许在体外进行位点特异性的生物素化。 2.高效生物素化：预生物素化的蛋白可通过其生物素（Biotin）与链霉亲和素（Streptavidin）之间高达皮摩尔级的超强非共价结合，实现与各类载体（如纳米颗粒、荧光染料、磁珠）的快速、稳固且取向可控的偶联 三、智能"信号增强"型荧光纳米探针的设计与性能基于上述工具与策略，研究团队成功构建了一种用于原位监测核仁素的智能荧光纳米探针。 其核心创新在于“信号增强”机制：当探针未结合靶标时，荧光分子因受AuNPs表面能量转移效应而处于淬灭状态（“关闭”）；一旦AS1411与细胞表面或内部的核仁素结合，探针构象发生改变或与靶标蛋白的距离拉近
9710编辑于 2026-01-29- 来自专栏DrugOne
NeurIPS TAPE | 用于评估蛋白质表示学习性能的多任务平台
1、摘要 蛋白质表示学习是机器学习研究的一个日益热门的领域。由于获取监督蛋白质标签的成本较高，但目前的文献在数据集和标准化评价技术方面比较零散，因此半监督学习作为蛋白质表示学习中的一种重要范式。 长范围指的是相隔24个氨基酸以上 4.3远程同源检测（进化理解任务） 远程同源检测（如图3）是一个序列分类任务，每个输入蛋白质X被映射到一个标签y∈{1。. 表6：远程同源检测结果 4.4荧光景观预测（蛋白质工程任务） 荧光景观预测（如图4）是一个回归任务，其中每个输入蛋白x映射到一个标签y∈R，对应于x的对数荧光强度，荧光预测任务测试了模型区分非常相似的输入的能力 图4：荧光景观检测 ? 表7：荧光景观预测结果，ρ代表Sparman ρ. 4.5稳定性预测（蛋白质工程任务） 稳定性预测（见图5）是一个回归任务，其中每个输入蛋白x被映射到一个标签y∈R,测量在最极端的情况下，蛋白x将其折叠保持在浓度阈值以上
1.4K30发布于 2021-01-28 - 来自专栏生信菜鸟团
空间组学 | 以蛋白质的视角看中心法则的信息流动 | 评论文章
；DESI：解吸电喷雾电离；ATAC：可切割转座酶可及染色质的检测；CUT & Tag：目标下切割和标签化。 然而，这两种技术由于荧光团的光谱重叠以及无法在不损害信噪比的情况下完全分解荧光信号，只能检测少数几个蛋白质标记。 最早克服光谱障碍的方法之一是飞行时间细胞术（CyTOF），它使用一系列稀土金属聚合物复合物作为标签来标记数十种不同的抗体，并通过电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）读取它们的信号。 金属质量标签也被用来标记DNA寡核苷酸进行原位杂交以成像mRNA，这一技术进一步展示了蛋白质和RNA的共定位，成为首个空间多组学成像技术。 近年来，包括索引共检（CODEX）、循环免疫荧光（CyCIF）和CosMx空间分子成像仪在内的循环荧光成像方法也达到了相同的多重检测能力，并且同样展示了蛋白质和RNA的共定位。
31710编辑于 2025-01-10 - 来自专栏大数据文摘
用训练BERT的方法解码蛋白质，我们能读懂生物界的语言吗？
通过自我监督学习蛋白质语言 大型语料库...难以获得标签...序列标签...听起来很熟悉吗？ 没错，生物序列的所有这些特性都表明与NLP有直接的类比。 NLP 最近的一大突破是使用自我监督的预训练，这是一种从未标记的数据中获得标签的方法。 来看个例子，我们可以随机屏蔽了一个部分。被屏蔽的序列是我们神经网络模型的输入。 使用变压器进行屏蔽语言建模。 作为一个案例，我们将设计一种更亮的荧光蛋白。绿色荧光蛋白（GFP）由于其独特的化学组分而在可见光谱中显现出荧光。这使得绿色荧光蛋白（GFP）乃至其他荧光蛋白在作为体外传感器时特别有效。 改变其氨基酸组成（即，改变氨基酸序列中的一个字母）（注：即替换蛋白质中的一个氨基酸）会改变蛋白质的荧光性质。大多数的修饰都会破坏荧光，而且和原序列差距越大，就越不可能维持原蛋白功能。 左图为杆状蛋白结构，右图为接触图的可视化。氨基酸间距离小于8Å被认为是在接触。 接触预测即对每一对氨基酸贴上一个0/1的标签，其中1表示这对氨基酸在蛋白质的3D结构中是接近的(< 8Å)。
1.8K40发布于 2019-12-04 - 来自专栏智能生信
人类蛋白质图谱弱监督单细胞分类竞赛分析
Analysis of the Human Protein Atlas Weakly Supervised Single-Cell Classification competition 论文摘要 荧光成像的空间蛋白质组学已迅速成为研究人员必不可少的发现工具 ，目前仍缺乏快速且可扩展的方法来对此类图像中的单细胞蛋白质分布进行分类和嵌入。 本文展示了在 Kaggle 平台上托管的人类蛋白质图谱——单细胞分类竞赛结果的设计和分析。 这个比赛开发受过有限注释训练的机器学习模型来标记荧光图像中的单细胞蛋白质模式。 这场比赛的挑战包括类别不平衡、弱标签和多标签分类，促使参赛者在他们的解决方案中应用广泛的方法。 获奖模型是第一个可以注释单细胞位置、提取单细胞特征和捕获细胞动力学的亚细胞组学工具。
32310编辑于 2022-12-29 - 来自专栏聊点学术
【原理篇】免疫荧光染色的平均荧光强度
一般来讲，荧光标记染色的目的有3个：①多种蛋白标记后，分析蛋白在空间上的分布特征；②免疫荧光标记后进行蛋白半定量分析，分析蛋白半定量表达量；③标记细胞核，以便分析细胞核数量，如凋亡细胞计数等。 ? 上方所述的第1条和第3条是荧光标记染色的最佳应用场景，个人并不推荐将荧光标记应用于第2条。原因在以前就讲过→【回顾：免疫荧光分析误区，别踩雷了！】 如果一定要在荧光图像上进行蛋白半定量分析呢？ ---- 1、灰度的概念应用 与WB蛋白条带分析原理一致，免疫荧光分析也是围绕灰度进行分析。不同的荧光强度本质上可以理解成灰度值的差异，因为在分析时，我们是在同一通道下进行比较的。 积分灰度值即图像上目标区域所有像素点的灰度值之和，可以代表目标区域所包含蛋白的总相对表达量。 平均灰度值即目标区域积分灰度值除以目标区域面积，可以代表目标区域的平均蛋白表达量。 常做蛋白条带分析的人肯定清楚，分析之前，先对原始图像去色，然后再转换成8bit 黑白图。荧光图像的灰度分析，也是这么个道理。 4、测量 测量是很简单的。
5K20发布于 2020-11-25 - 来自专栏生信菜鸟团
CosMx空转数据分析导读
+ 多轮循环杂交 单分子分辨率，亚细胞分辨率，~<100nm 500-6000 genes (分辨率和通量仅供参考，技术迭代太快了) 这些平台的共同特点： 用原位荧光成像来定位 RNA 分子（或蛋白 (2) 多轮循环成像 使用 27 轮荧光成像，每轮注入不同 Reporter 探针（带荧光标签）与目标读出区结合； 通过轮次 + 荧光颜色形成“条形码”序列； 逐轮拍照、解码 → 获取每个点代表的基因/ 蛋白信息。 (3) 数据获取 不依赖扩增，采用直接成像，荧光点体积小、背景低、串扰少； 可同时记录： 每个分子的空间坐标 所属靶标信息（RNA 或蛋白） 三、技术优势 方面 说明 ✅ 高分辨率 < 100 nm 亚细胞级定位 ），适应 RNA 降解的样本 ✅ 空间可拓展 小体积荧光点有利于未来实现全转录组成像 四、蛋白检测能力 CosMx 不仅检测 RNA，还支持蛋白质空间表达分析： 通过带有寡核苷酸标签的抗体识别蛋白；
1.2K10编辑于 2025-06-15 - 来自专栏生命科学
MST 技术解锁难纯化蛋白的亲和力分析！
在蛋白功能研究中，亲和力测定是揭示分子互作机制的关键环节。然而，传统方法通常依赖高纯度蛋白，而许多蛋白如膜蛋白、低溶解度蛋白等的研究就受到了限制。 该技术利用荧光标记，精确捕捉分子在热泳动效应下的运动变化，从而实现对结合亲和力的高灵敏度定量分析。MST 技术通过红外激光在样品溶液中建立局部温度场实现分子相互作用分析。 实验时，将一个分子（如蛋白）用荧光染料标记或融合 GFP 标签，与待测分子按浓度梯度置于毛细管中。 当激光聚焦加热时，会在照射区域形成温度梯度分布，分子由高温区域向低温区域定向迁移，其迁移的程度与质量、带电性及分子间相互作用密切相关，通过检测荧光标记的分子或天然荧光分子的荧光信号，可以获得分子间结合的亲和力常数 作者构建了 ASIC1a（酸敏感离子通道 1a 亚型）与 GFP（绿色荧光蛋白）的融合质粒，并将其转染至 HEK293T 细胞中。
94210编辑于 2025-04-22 - 来自专栏HyperAI超神经
无实验数据指导蛋白质定向进化，上海交大洪亮课题组发表微环境感知图神经网络 ProtLGN
为了进一步利用生物学的先验信息来提高模型的泛化性和表达能力，研究人员还采取了 3 个额外的措施： * 对输入的氨基酸类型进行加噪，模仿自然界中的随机突变； * 在氨基酸节点预测的损失函数打分机制中，引入标签平滑来鼓励同类氨基酸之间的置换 ，其中包括 VHH 抗体、多种荧光蛋白（如绿色、蓝色和橙色荧光蛋白）、以及核酸内切酶 (KmAgo) 等，涵盖了热稳定性、结合亲和力、荧光亮度和单链 DNA 切割活性等蛋白质工程中常见的功能改造目标。 PROTLGN 与荧光蛋白：预测模型的迁移能力 研究人员采用 PROTLGN 模型，对绿色荧光蛋白 (GFP) 进行了精细调整，以开发出专门针对荧光强度优化的评分函数。 荧光蛋白实验结果 * 左侧展示蛋白质结构，红色球体突出显示了发生突变的氨基酸残基 * 右侧展示荧光强度数据，不同突变体与 WT 进行对比 图 a 评估了从少量标记的绿色荧光蛋白 (GFP) 变体中学习到的特定功能适应度评分函数的实用性 在实验的最后阶段，研究人员使用了部分可用的实验标签来增强模型的微调，进一步提高了预测的准确性，结果显示 PROTLGN 在性能上明显优于其他方法，尤其是在处理高阶突变体时。
54310编辑于 2024-06-04 【辰辉创聚生物】重组蛋白表达与纯化|蛋白表达不同标签的优势及用途
在重组蛋白表达与纯化的日常工作中，“加标签”几乎已经成为标准步骤。其主要目的是确保蛋白能够顺利表达、容易检测并高效纯化。然而，标签的选择对于重组蛋白的成功表达至关重要。 MBP标签MBP标签（Maltose-Binding Protein Tag）是一种由42 kDa的麦芽糖结合蛋白组成的标签，广泛应用于蛋白纯化和蛋白-蛋白相互作用研究。 HA标签HA标签是由9个氨基酸（YPYDVPDYA）组成的小型标签，广泛应用于蛋白纯化、免疫检测和蛋白-蛋白相互作用研究。 SUMO标签可以通过SUMO蛋白酶（如SENP）去除，恢复目标蛋白的天然结构和功能。该标签特别适用于需要正确折叠的复杂蛋白，广泛用于蛋白纯化、蛋白折叠研究及蛋白-蛋白相互作用分析。 SUMO标签通过促进目标蛋白的正确折叠和提高溶解度，减少了包涵体的形成，特别适用于复杂或大分子的蛋白。选择合适的蛋白标签需要根据实验需求来决定。
48400编辑于 2025-08-13KRAS G12C/cRAF结合检测：靶向药物筛选与机制研究新工具
1.检测原理：该试剂盒通常采用基于时间分辨荧光共振能量转移或AlphaLISA技术的均相检测模式。 将纯化的重组人KRASG12C蛋白（携带特定标签）与cRAF蛋白（携带互补标签）混合，二者在无抑制剂存在时发生特异性结合，形成蛋白-蛋白复合物。 当加入分别识别不同标签的供体微珠与受体微珠后，供体珠与受体珠相互靠近，激发荧光共振能量转移信号，产生可检测的光信号。该信号强度与KRASG12C-cRAF复合物的形成量成正比。 当体系中存在能够阻断二者相互作用的抑制剂（如共价结合G12C半胱氨酸的小分子）时，蛋白复合物形成减少，荧光信号随之降低。 其均相检测模式避免了传统方法中因洗涤步骤导致的低亲和力相互作用丢失，更真实地反映蛋白-蛋白相互作用的平衡状态。
12010编辑于 2026-02-27
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