- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏文献分享及代码学习
空间转录组揭示玉米胚乳发育过程中细胞异质性的研究
玉米籽粒的发育过程可以分为以下阶段：双受精和细胞分裂分化阶段（1~10 DAP）、储存物质积累阶段（10~35 DAP）、成熟阶段（35~56 DAP）。胚乳在玉米籽粒发育中起着重要的作用。 这项研究发现了与胚乳细胞分化相关的调控模块，并确定了与胚乳细胞分化相关的转录因子。这项研究的结果对于理解玉米胚胎发育的分子机制具有重要意义。 因此这篇文章是关于玉米胚乳发育过程中细胞异质性的研究。研究使用了空间转录组学技术，通过对玉米内部不同组织的转录组进行测序和定位，揭示了玉米胚乳发育过程中细胞的空间分布和基因表达模式。 ，为了研究整个胚乳的发育周期，作者对10-24 DAP的玉米籽粒进行半薄切片观察，发现可以基本确定外种皮、胚乳鞘层（endosperm-AL）、胚乳、基底胚乳转运层（endosperm-BETL）等部分 它是空间转录组学研究中确定的几个胚乳区域之一。玻璃质胚乳以其半透明的外观为特征，用于储存发育中的胚胎所需的营养物质。
94410编辑于 2024-03-30 - 来自专栏机器学习AI算法工程
paddle玉米异常果穗智能筛分
异常果穗包括以下几种，如下图所示： 机械损伤果穗：大型机械设备收获果穗较为新鲜，新鲜果穗含水量较大（30%左右），易造成果穗表皮损伤，露出白色胚乳；受伤胚乳易霉变，对玉米发芽率影响较大，影响产量。 败育果穗：由于品种缺陷等原因导致玉米果穗顶部未发育或发育不全，表现为上部无籽粒或籽粒干瘪，严重秃尖可占果穗的1/2以上。
31010编辑于 2024-01-11 - 来自专栏脑机接口
大脑发育图揭示脑发育的“黄金”期|研究速递
因此，6岁之前被认为是脑发育的“黄金”期，是感知觉经验和智力发育的核心阶段。多种遗传、环境因素引起的脑发育异常（如自闭症），多于此年龄阶段累积并呈现症状。 长久以来，受到临床检查手段、家长与儿童配合度、神经影像模型构建方法等限制，人脑发育期的影像图谱研究多集中在6岁以后的年龄段，严重制约了人们对脑发育关键期的机制理解，也阻碍了基于影像技术对脑发育疾病的早期诊断体系的进展 因此，脑发育领域中始终缺乏“生长曲线”这一“度量衡”的构建，使得我们无法对儿童的脑发育状态实施“脑龄”、“脑发育得分“等精准评估。 大脑皮层厚度在发育期的动态变化 图2.不同脑区厚度与体积随年龄变化规律 进一步，研究团队致力于构建儿童脑生长曲线，以实施“个体化脑检查”与“脑发育得分”的评估。 团队构建了总共90个脑形态特征的生长曲线模型，用于评估儿童的每个脑结构在同龄、同性别群体中的相对位置，即“脑发育得分”，从而显示某些脑结构的发育异常。
1.6K30编辑于 2022-09-22 - 来自专栏生信喵实验柴
构建系统发育树
例如某地新发疫情，可以对样本快速测序，构建全基因组序列，然后对其进行系统发育分析，快速定位到系统发育树中，可以快速鉴定新发菌株的亲缘关系，对于疫情防控溯源具有重要的指导作用。 比对之后就可以根据两两样品之间序列的差别构建距离矩阵，然后进行聚类，构建系统发育树。本节中我们将比较新冠病毒各个突变株以及 SARS 等已有序列，构建系统发育树，比较各个基因组之间的亲缘关系。 二、多序列比对 构建系统发育树的基础是多序列比对。 多序列比对的结果常常用于系统发育分析。 图形化的版本使用起来更方便，里面集成了多序列比对，计算距离矩阵以及构建系统发育树等功能。使用 mega 比对之后直接就可以用于构建系统发育树了。
4.6K31编辑于 2022-04-07 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
构建系统发育树简述
要点 系统发育树代表了关于一组生物之间的进化关系的假设。 可以使用物种或其他群体的形态学（体型）、生化、行为或分子特征来构建系统发育树。 基因或蛋白质的序列可以在物种之间进行比较，并用于构建系统发育树。密切相关的物种通常几乎没有序列差异，而不太相关的物种往往序列差异较大。 2. 引言 地球上所有的生物都可以追溯到一个共同的祖先。 在本文[1]中，我们将研究用于构建系统发育树或代表一组生物的进化历史和关系的树的基本方法和逻辑。 3. 概述 在系统发育树中，感兴趣的物种显示在树枝的顶端。 基本原理 我们如何构建系统发育树？基本原则是达尔文的“descent with modification”思想。 作为一个例子，让我们考虑下面的系统发育树（它显示了一组类鼠物种的进化历史）。我们看到了在该群体进化史的不同时期出现的三个新特征：毛茸茸的尾巴、大耳朵和胡须。
94810编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信菜鸟团
phangorn 构建系统发育树
最近小编在探索系统发育树的构建过程，今天也给大家介绍一个R包phanorn 。 小编之前对树的构建知之甚少，如果你对系统发育树有更好的理解欢迎给我留言，有理解不对的地方也请批评指正~ phanorn 是一个用 R 语言进行系统发育重建和分析的软件包。 此外，phangorn 提供了多种功能，用于比较树、系统发育模型或分裂、模拟字符数据和执行一致性分析。 The states are a c g t 构建系统发育树 在读入 alignment 的数据后，我们可以使用多种方法构建系统发育树。 最大简约树 最大简约树是传统构建系统发育树中最常用的方法。简约原则即在其他条件相同的情况下，最好的假设是要求树发生最少进化改变。
2.9K20编辑于 2022-05-24 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
系统发育树初步剖析
什么是系统发育树 如何看系统发育树并确定哪些物种最相关 1. 要点 系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的，而不是确定的事实。 系统发育树可以用各种样式绘制。围绕其分支点旋转一棵树不会改变其携带的信息。 2. 引言 大多数现代分类系统都是基于生物体之间的进化关系——即生物体的系统发育。 基于系统发育的分类系统以反映我们对它们如何从共同祖先进化而来的理解的方式组织物种或其他群体。 在本文中，我们将了解系统发育树，即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以（或不能！） 从系统发育树中推断出什么，以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。 3. 树的剖析 当我们绘制系统发育树时，我们代表了关于一组物种（或其他群体）如何从共同祖先进化而来的最佳假设。 在系统发育树中，感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。
1.3K30编辑于 2023-02-25 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
系统发育树初步剖析
什么是系统发育树 如何看系统发育树并确定哪些物种最相关 1. 要点 系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的，而不是确定的事实。 系统发育树可以用各种样式绘制。围绕其分支点旋转一棵树不会改变其携带的信息。 2. 引言 大多数现代分类系统都是基于生物体之间的进化关系——即生物体的系统发育。 基于系统发育的分类系统以反映我们对它们如何从共同祖先进化而来的理解的方式组织物种或其他群体。 在本文[1]中，我们将了解系统发育树，即表示生物体之间进化关系的图表。我们将确切地看到我们可以（或不能！） 从系统发育树中推断出什么，以及在这些树的背景下物种或多或少相关意味着什么。 3. 树的剖析 当我们绘制系统发育树时，我们代表了关于一组物种（或其他群体）如何从共同祖先进化而来的最佳假设。 在系统发育树中，感兴趣的物种或群体位于被称为树枝的线的顶端。
92020编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
构建系统发育树简述
要点 系统发育树代表了关于一组生物之间的进化关系的假设。 可以使用物种或其他群体的形态学（体型）、生化、行为或分子特征来构建系统发育树。 基因或蛋白质的序列可以在物种之间进行比较，并用于构建系统发育树。密切相关的物种通常几乎没有序列差异，而不太相关的物种往往序列差异较大。 2. 引言 地球上所有的生物都可以追溯到一个共同的祖先。 在本文中，我们将研究用于构建系统发育树或代表一组生物的进化历史和关系的树的基本方法和逻辑。 3. 概述 在系统发育树中，感兴趣的物种显示在树枝的顶端。 基本原理 我们如何构建系统发育树？基本原则是达尔文的“descent with modification”思想。 作为一个例子，让我们考虑下面的系统发育树（它显示了一组类鼠物种的进化历史）。我们看到了在该群体进化史的不同时期出现的三个新特征：毛茸茸的尾巴、大耳朵和胡须。
79210编辑于 2023-02-25 - 来自专栏单细胞天地
发育谱系推断及可视化
有了表达矩阵、高变化基因、分群信息和发育时期信息，就能进行谱系推断，有很多方法可以构建发育谱系，比如DiffusionMap、Slingshot ? 从这个结果可以看出：行名是细胞，curve1是第一条推断的发育轨迹，curve2是第二条；每个细胞在不同轨迹中所处的位置不同，并且有的细胞只在第一条轨迹中存在，在第二条中就是NA 再回来看这个发育轨迹图 ， 最初是由E10.5作为起点发育的，然后分化成两个方向 看到P6这个时期是在两条轨迹中都存在的，说明这个时期的细胞存在异质性。 也就是说，虽然都是P6时期取的细胞，但是它们实际的发育方向是不用的 这个算法就是帮助我们认识到不同时期内部的各个细胞，它们依然还存在着差异 ? 小结 构建发育谱系，先走一下DiffusionMap的流程，得到几个重要的DC；接着走一下Slingshot函数，就会得到谱系结果 ---- 3 谱系发育相关基因可视化 最初我们知道细胞有6个时期（就是取样的
2K30发布于 2020-03-30 - 来自专栏生信喵实验柴
利用 iTol 美化系统发育树
二、iTol 可视化系统发育树 1、注册账户，登录 itol 网站； 2、点击进入 My Tree,点击 Upload tree files 或者直接把树文件拖入框中，包括 Newick
7K21编辑于 2022-04-07 - 来自专栏单细胞天地
单细胞测序揭示出小鼠后肢发育过程中的细胞异质性和发育轨迹
为了鉴定肢体发育的细胞轨迹，我们使用单细胞mRNA测序（scRNA-seq）来分析E11.5-E18.5之间发育的小鼠后肢。 这些数据为后肢发育的转录程序提供了资源，支持肌肉骨骼发育的未来研究，和组织再生的假设。 样品 取材 E11.5、E13.5、E15.5、E18.5，后肢发育从起始到大致完成的4个阶段。 ? 细胞轨迹分析 确定发育轨迹，使用p-Creode，https://github.com/KenLauLab/pCreode ?
1K20发布于 2020-03-30 - 来自专栏思影科技
fNIRS在发育科学中的应用
我们探讨了应该如何改进这项技术的应用，这有利于探究具有理论、实践重要意义的发育科学问题。本文发表在WIREs Cognitive Science杂志。 这些信息可为发育理论提供信息，例如深入了解未成熟的大脑的功能组织、推断指导学习的领域特殊性与领域一般性机制。发育研究的最终目标是了解知识、表征能力如何随时间变化，以及变化如何发生。 2.4.实验设计 发育科学研究较多使用block设计。在block设计中，婴儿在设定时段内(通常为5-30秒)接受刺激与基线事件。 4.6.临床应用 临床需要非侵入性的技术来识别有发育障碍风险的婴儿。调查非典型发育婴儿神经激活模式的fNIRS研究有助于婴儿早期风险评估方案的制定，这些发现也可为制定干预策略提供信息。 最近的婴儿研究也发现功能连接，这可能揭示发育皮层网络相关的信息。静息态功能连接的变化(一种自组织过程)有助于解释发育中大脑整合、存储信息的变化。
1.4K20编辑于 2022-02-28 - 来自专栏单细胞天地
单细胞技术研究小鼠胚囊发育
EPS-类囊胚的形态和细胞谱系分配类似于胚囊，并且在植入前和植入后早期发育过程中涵盖了关键的形态发生情况。转移后，一些EPS类囊胚进行了植入，蜕膜化，并在子宫内产生了活的组织。 该结果为研究早期植入前的发育提供了独特且高度可塑性的体外系统，并且通过进一步优化，可以潜在地利用其在体外生成功能齐全的合成胚胎，为器官移植研究提供依据。 ?
1.2K20发布于 2020-07-14 - 来自专栏生信菜鸟团
【flowjo】流式笔记：中性粒细胞发育追踪
我们今天就对中性粒细胞从骨髓发育到释放入血的整个流式检测进行一个梳理吧~ Ng LG, Liu Z, Kwok I, Ginhoux F. Immunity. 2018;48(2):364-379.e8. doi:10.1016/j.immuni.2018.02.002 以上基本上就能够覆盖中性粒细胞发育的完全阶段啦~
1.1K10编辑于 2024-11-27 - 来自专栏单细胞天地
Nature综述|骨骼发育与修复的机制
这些形态发生因子在骨骼发育（成骨）过程中也是必不可少。 成骨细胞谱系由于其对骨骼发育和疾病的影响而引起医学界的极大兴趣。 骨骼发育所必需的转录因子和信号通路在受伤后随着骨骼的再生而被激活。本节讨论在骨骼发育和损伤情况下成骨细胞分化所必需的转录因子和信号通路。 骨骼的胚胎起源 在骨骼发育过程中，成骨细胞来自多个囊胚层。 在肢体发育中，SHH在发育中的肢芽的前后模式中起着重要的形态发生的作用。除了SHH本身，SHH信号传导的转录因子靶标GLI2和GLI3对于正常骨骼发育也是必需的。 FGF信号传导涉及正常发育的关键要素，例如中胚层诱导，神经发育和肢体发育。FGF2在发育中的肢芽中表达，并有助于肢体生长和塑型。人FGF2在小鼠中的过度表达会导致侏儒症，使长骨变短和变平。 除了FGF2，FGF8和FGF10都在肢体发育中起作用。有针对性的Fgf8缺失导致小鼠肢体发育失败，肢体芽大小明显减少，骨骼元件发育不全。
36.5K1520发布于 2020-10-19 - 来自专栏微生态与微进化
iTOL：给系统发育树添枝加叶开花！
iTOL（https://itol.embl.de/）也即Interaction Tree Of Life，是一个集系统发育树在线展示、注释与管理为一体的交互工具。 iTOL的输入文件主要包含两个部分：原始系统发育树文件（能识别Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等格式）以及系统发育树注释文件。 原始系统发育树文件根据DNA序列或者蛋白序列通过建树工具获得，注释文件模板可以从官网下载（https://itol.embl.de/help/templates.zip），如下所示： 下载解压后内容如下所示 heatmap）、饼形图（piechart）、物种分布特征图（binary）、堆叠柱状图（multibar）、颜色分类（color_strip）物种相关性（connections）等 接下来，我逐步介绍原始系统发育树文件的导入与美化 首先，在iTOL主页上方点击Upload，点击“选择文件”按钮选择系统发育树文件，然后点击下方“Upload”按钮开始上传，Tree name填写或者不填都可以，如下所示： 数据上传后，网页会跳转至进化树绘制面板界面
10K20编辑于 2022-05-05 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
利用VCF文件构建系统发育树
导读本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。1. PhylipPHYLIP是用于推断系统发育的免费程序包。2.1.
1.6K11编辑于 2023-01-19 - 来自专栏R语言及实用科研软件
🤩 CytoTRACE2 | 新版CytoTRACE预测发育分化潜能！~
progenitors and precursors; Immature endocrine cells; Alpha,Beta, Delta, 和Epsilon cells; 这些细胞类型中的每一种都处于不同的发育阶段 ，祖细胞和前体具有分化成其他细胞类型的潜能，而成熟细胞则没有进一步发育的潜力。 这里，我们用CytoTRACE 2来预测每个细胞的发育潜能，我们将其称为Potency score，从 0到 1。 可视化Potency score 用UMAP的方式展示Potency score，分数从 0（分化）到 1（全能），展示每个细胞的发育潜能。
1.1K10编辑于 2024-11-23 - 来自专栏单细胞天地
单细胞转录组探索小鼠肝脏发育
肝脏是一种多倍体器官，由具有一个或两个细胞核的肝细胞组成，每个细胞核含有2,4,8或更多单倍体染色体组。
1.3K10发布于 2020-03-27
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号