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有机小分子生物活性数据(Pubchem)
PubChem，即有机小分子生物活性数据，是一种化学模组的数据库，由美国国家健康研究院（ US National Institutes of Health，NIH）支持，美国国家生物技术信息中心负责维护
2.7K50发布于 2019-08-22 - 来自专栏生命科学
具有生物活性的天然产物——雷公藤 | MedChemExpress
雷公藤为卫矛科雷公藤属植物，是我国一种资源比较丰富的传统中草药，迄今为止，已有超过 500 多种化合物从雷公藤中分离出来，包括萜类、生物碱类、黄酮类、木脂素类等。 抗风湿性关节炎药物 (DMARDs)，如甲氨蝶呤 (MTX) ，可以调节 RA 失调的免疫功能，作为风湿性关节炎治疗的传统生物制剂。 Tripterin 是一种蛋白酶体抑制剂，有效且优先抑制 20S 蛋白酶体的胰凝乳蛋白酶样活性，IC50 为 2.5 μM。 Wilforlide A 一种生物活性三萜，具有抗炎和免疫抑制作用。 Demethylzeylasteral 从雷公藤中分离出的一种三萜烯化合物，具有抗炎、免疫抑制和抗肿瘤活性。 Tripterifordin 在 H9 淋巴细胞中表现出显着的抗 HIV 复制活性，EC50 值为 3100 nM。
57010编辑于 2023-03-07 - 来自专栏单细胞天地
生物活性材料诱导软组织修复过程的免疫微环境探究
摘要： 许多研究表明：生物材料的结构特性可以影响细胞迁移状态与材料周围免疫反应。 该研究使用静电纺丝技术制备了具有不同表面形貌（随机、网格、取样）的生物材料，利用全层伤口模型探究其对伤口愈合的影响及免疫系统的调控作用。 研究中使用单细胞分析方法得到的信息可以为未来免疫调节性生物材料的设计提供参考，以改善伤口愈合和组织修复。 InterPro分析也表明在取向组中有丰富的TAP (P = 0.00205)，证实了取向样本中T细胞活性的升高。 ? 进一步利用Cellchat进行免疫细胞与角质形成细胞、成纤维细胞间互作分析。 未来仍需要进一步探究T细胞调节毛囊新生的具体机制，以及支架结构对伤口愈合过程的机械和生物影响。 ? ?
92431发布于 2021-07-02 - 来自专栏灵墨AI探索室
提升软件测试效率与灵活性：探索Mock测试的重要性
Mock测试是测试过程中的一种方法，用于替代那些难以构造或获取的对象，通过创建虚拟对象来进行测试。所谓难以构造的对象如何理解呢？ 这些情况下，Mock测试能够帮助我们模拟这些复杂或不易获取的对象，从而进行有效的测试。 Mock可以有效地分解单元测试中与其他类或接口之间的耦合关系，使得测试更加独立和灵活。 通过使用Mock对象，你能够模拟这些依赖，创建一个受控的测试环境，并在此基础上验证被测试对象所调用的依赖的行为。 通过引入spring-boot-starter-test，开发者能够轻松地编写和运行单元测试、集成测试以及端到端测试。这不仅提高了测试的效率和可靠性，还确保了应用程序在不同测试层面上的稳定性和一致性。 这种方法非常适合进行单元测试，因为它提高了测试的速度和可靠性。 总结 Mock测试作为软件开发中的重要工具，不仅能够解决难以构造或获取的对象问题，还能有效提升测试的灵活性和效率。
62030编辑于 2024-09-19 - 来自专栏DrugOne
. | 结合分子结构与生物活性的生成化学语言模型
通过对生成分子及其衍生物的活性测试验证了模型的有效性。 简介 计算方法已成为药物研究中先导化合物发现的重要方法，通过虚拟化合物数据库探索未开发化学空间，从而扩大潜在候选药物的多样性。 分子活性预测 为探索预训练策略对预测的影响，在预训练的CLM和E-CLM模型中添加由三个神经元组成的前馈层进行生物活性预测，生物活性被分为三个等级：无活性（pIC50≤ 4.0，34个分子）、中等活性（ 深度集成学习 为增加生物活性预测的置信度，使用深度集成学习将多个预测模型结合多数投票方法，在生物活性预测任务中训练了100个不同的E-CLM分类器。 图2 CLM预测结果 图3 E-CLM预测结果 已上市生成分子的活性验证 为了提升测试的效率，选用CLM生成的分子中已上市分子作为活性验证的样本，其置信度从80/100~24/100不等。 图4 已上市药物置信度及其活性 合成分子的活性测试 模型合成了置信度靠前的化合物17，20（99/100置信度）及其衍生物18，19，21，22。
64840编辑于 2023-03-09 - 来自专栏DrugOne
. | 深度机器学习：未表征化合物的生物活性描述符
文中作者提出了一组可以推断任何化合物的生物活性特征的深度神经网络，使用深度机器学习计算模型对分子的生物活性信息进行了大规模预测分析。 同时还披露了一个高效开源工具——CC signaturizers，可以预测任何分子的生物活性空间，并有望成为审查预期的化合物生物活性谱的参考工具。 ? 生物活性特征的预测 生物活性特征的推断可被视为一个度量学习问题。 (signature–activity relationship，SigAR)模型，并训练机器学习分类器从活性(1)和非活性(0)化合物的CC signatures 中学习辨别特征，目的是为新的(未测试的 图4.MoleculeNet基准测试，将CC Signature的预测能力与基于MFp的经典方法进行比较 3 总结展望 研究人员展示了所提出的CC signaturizers在大规模的分子生物活性预测分析的应用
1K60发布于 2021-07-28 - 来自专栏DrugOne
. | 能否快速学习使用Transformer模型“翻译”生物活性分子？
通过训练Transformer模型使用来自公共ChEMBL数据集的相似生物活性分子对，作者使其能够学习有关分子的药物化学上有意义且与上下文相关的转化，包括那些在训练集中不存在的转化方式。 图 1 小分子药物发现的一个关键组成部分是扩大活性化合物的范围，即设计、合成和测试对某个蛋白靶点具有活性的候选化合物，当已经知道一些对该靶点具有活性的化合物（"hits"）时。 由于多种原因，扩大活性化合物的范围一直是一项艰巨的任务，包括化学上有意义的生物活性分子的可能修改方式呈现组合爆炸、需要确保新化合物的合成可及性，这通常将可能的修改限制为R基的轻微变化，以及分子结构与药物优化相关的多个性质之间的复杂关系 -Cl、-OH、-CH3基团等方面与测试子集中的高活性分子略有不同）。 Transformer模型在生成依赖上下文的合理化学修饰生物活性分子方面超越了MMP。
55540编辑于 2023-09-19 - 来自专栏纳米药物前沿
喻学锋AFM：磷酸钙矿化黑磷具有增强的功能和抗癌生物活性
由于其固有的抗癌活性，可生物降解的无机纳米材料为癌症治疗开辟了新的前景。黑磷纳米片（BPs）具有独特的生物活性，最近已被确认为有前途的癌症治疗剂，但由于表面功能化的困难而使其应用受到阻碍。 中国科学院深圳先进技术研究院喻学锋、Wenhua Zhou报道了原位磷酸钙（CaP）矿化策略以增强BPs的抗癌活性。 与BPs相比，CaBPs表现出增强的和选择性的抗癌生物活性，这归因于癌细胞中改善的pH响应降解行为和细胞内Ca2 +超载。 原位CaP矿化是实现BPs表面功能化以改善抗癌生物活性和荧光成像的一种理想方法。CaP矿化不会影响BPs的固有特性和形态，同时会增加荧光团的负载能力，从而促进生物成像和示踪。 具有优异且靶向的抗癌生物活性的CaBPs在癌症治疗中很有前途，原位CaP矿化提供了一种新颖且用途广泛的方法来改善纳米治疗材料的治疗性能。
71820发布于 2021-02-04 - 来自专栏玖叁叁
kubernetes存活性探针
一、Kubernetes存活性探针的概述在Kubernetes中，存活性探针（Liveness Probe）是一个容器级别的健康检查机制，它用于确定容器是否处于活动状态。 这使得存活性探针成为确保容器运行的重要工具，帮助用户保持应用程序的高可用性。 Kubernetes支持以下三种类型的存活性探针：HTTP 存活性探针 HTTP 存活性探针通过向容器发送HTTP GET请求并检查其响应代码来确定容器是否处于活动状态。 TCP 存活性探针 TCP 存活性探针通过检查容器的TCP套接字来确定容器是否处于活动状态。如果容器中的应用程序正在使用TCP套接字并接受传入的连接请求，则Kubernetes将认为该容器是活动的。 Exec 存活性探针 Exec 存活性探针通过在容器中运行命令并检查其退出代码来确定容器是否处于活动状态。
1.2K21编辑于 2023-04-29 - 来自专栏DrugAI
. | 万亿级长读测序揭示土壤宏基因组中的生物活性分子
通过生物信息学预测与化学合成相结合，研究人员将非核糖体肽生物合成基因簇直接转化为生物活性分子，并发现了具有罕见作用机制的抗生素，这些分子对多重耐药病原体表现出活性。 研究人员在本研究中构建了完整的实验与计算管道，利用纳米孔测序结合改良提取方法，在土壤样本中获得了前所未有的基因组连续性，并成功将其中的基因簇转化为新型生物活性分子。 定向装配与合成生物活性分子 研究人员通过隐马尔可夫模型搜索，筛选出含有 NRPS 基因片段的读段，并定向装配出 338 条大规模基因簇。 活性筛选发现其中 5 个分子具有显著抗菌活性，最终重点鉴定了两种新型抗生素： Erutacidin：一种结合心磷脂的广谱抗生素，对多重耐药金黄色葡萄球菌和鲍曼不动杆菌有效。 讨论 研究人员展示了在土壤宏基因组中实现高质量长读长装配的可能性，并将其与合成化学相结合，成功从未培养微生物群体中发现新型生物活性分子。这一策略突破了短读长技术的限制，极大拓展了天然产物的发现空间。
16020编辑于 2026-01-06 - 来自专栏Super 前端
JavaScript灵活性
一提及JavaScript，大家都会想到其基于对象、简单、跨平台，然而其灵活性也值得大家津津乐道的！
45531发布于 2019-08-15 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
PROGENy ||推断通路活性
常可以通过基因的表达来推断某个信号通路的活性。然而，只考虑基因表达对通路的作用往往忽略了翻译后修饰的作用，并且下游信号代表非常特定的实验条件。 PROGENy可以从基因表达数据中推断14种信号通路（雄激素，雌激素，EGFR，低氧，JAK-STAT，MAPK，NFkB，PI3K，p53，TGFb，TNFa，Trail，VEGF和WNT）的通路活性 例如：在pbmc单细胞数据中识别通路活性。 ?
1.9K40发布于 2020-11-03 - 来自专栏人工智能快报
欧盟生物识别评估与测试项目正式对外开源
2016年3月，由欧洲委员会资助的生物识别评估和测试项目BEAT推出了一个可供下载的开源平台。 BEAT的目的是建立一个用于评估生物识别技术的标准框架，并力求确保学术界和私营部门都可以使用这些标准，而这一努力的一个重要组成部分，是发展一个数字化的开源平台。 BEAT项目最明确的目标是帮助制定一个欧洲认证体系，但在它面世的时候，生物识别技术正在扩散到整个欧洲和世界其他国家，并有可能为实现公民团体、企业网络和公共政策规划者之间的讨论提供有力帮助。
66280发布于 2018-03-13 - 来自专栏智药邦
JCIM｜用机器学习预测分子活性，应充分考虑活性悬崖问题
分子性质预测的核心原则之一是相似性原则，但是分子对之间存在活性悬崖的情况（即分子结构相似但是活性却相差巨大的情况）。 作者对来自30个大分子靶标的精选生物活性数据进行了总共24种机器和深度学习方法的基准测试，以评估它们在活性悬崖化合物上的表现。 为此，本研究的方法、指标和结果已封装到名为Molecular ACE (Activity Cliff Estimation) 的开放访问基准测试平台中，molecular ACE旨在引导社区解决活性悬崖造成的分子机器学习模型的紧迫 总分子数，测试集分子数，活性悬崖总比例%cliff，活性悬崖测试比例%clifftest。 2.2 活性悬崖 对于每个大分子靶标，通过考虑分子对的结构相似性和效力差异来确定活性悬崖。 然而，迄今为止，在生物活性预测的机器学习中包含结构信息的益处尚未达成共识，这可能是由现有数据库中存在偏差导致的。
1.9K20编辑于 2023-02-14 - 来自专栏玖叁叁
kubernetes存活性探针使用
在Kubernetes中使用存活性探针非常简单。只需在容器规格中添加livenessProbe字段，然后指定探针的类型、检查频率、超时时间等参数即可。 以下是一个使用HTTP存活性探针的示例：apiVersion: v1kind: Podmetadata: name: my-podspec: containers: - name: my-container initialDelaySeconds: 5 periodSeconds: 10在上面的示例中，我们在容器规格中添加了一个名为my-container的容器，并指定了一个HTTP存活性探针 除了HTTP存活性探针外，我们还可以使用TCP存活性探针和Exec存活性探针。 以下是一个使用TCP存活性探针的示例：apiVersion: v1kind: Podmetadata: name: my-podspec: containers: - name: my-container
66441编辑于 2023-04-29 - 来自专栏杨不易呀
JSX-灵活性
JSX 灵活性JSX 使我们在 JS 中拥有了直接编写 XML 代码的能力所以在 JS 中能干的事, 在 JSX 中都能干例如有如下这么一个需求：通过按钮控制界面上 p 标签的显示和隐藏：<!
30300编辑于 2023-09-29 - 来自专栏DrugOne
. | 使用生物感受器对蛋白激酶活性进行高分辨率成像
利用生物感受器对PKA活性进行成像是研究PKA功能活性的一个重要方法，该方法能够获得更多PKA活性调节的细节信息，是研究PKA调控神经系统功能的有力工具。 在该文章中，作者主要是针对第一代蛋白激酶A活性感受器进行优化，并开发出效果更佳的第二代蛋白激酶A活性感受器，命名为ExRai-AKAR2。 ? 作者对PKA活性、ERK活性和Ca2+信号进行同时成像分析，结果表明，上调的Ca2+信号会迅速激活PKA活性，而ERK信号则要在几分钟后才会激活，这提示了细胞内Ca2+-PKA-ERK信号通路的时序性激活 利用该感受器，作者实现了对新生大鼠的心室肌细胞和原代海马神经元的PKA活性成像，并最终实现了对小鼠进行在体的PKA活性成像。 该研究对于深入阐明PKA活性的时空动态性大有帮助，并对开发其它蛋白激酶活性成像感受器也有借鉴意义。
86560发布于 2021-02-02 【辰辉创聚生物】大肠杆菌蛋白表达纯化|原核蛋白表达|蛋白功能活性表达|原核表达系统
重组蛋白是现代生物技术和制药工业的重要研究对象，涉及结构生物学、代谢工程、抗体药物、疫苗研发等多个领域。如何高效获得高纯度且保持生物学功能的重组蛋白，是实验室和产业化生产的共同目标。 然而，该系统在复杂翻译后修饰、蛋白折叠和功能性表达方面仍存在一定挑战，因此如何实现高效的蛋白功能活性表达成为研究焦点。 优化策略：提高蛋白可溶性与功能活性表达高表达量带来的常见问题是目的蛋白易形成包涵体，影响后续功能性回收。文献提出多项优化策略，助力蛋白功能活性表达：1. 随着人工智能、合成生物学及高通量筛选等新技术的引入，大肠杆菌平台的表达效率与蛋白质量将进一步提升。 未来，该体系不仅将在结构解析与机制研究中继续发挥核心作用，还将在生物制药、工业酶制剂和新型蛋白产品开发等领域展现更广阔的应用前景。
47610编辑于 2025-09-01- 来自专栏CreateAMind
活性物质的强化学习
这项研究为RL如何推进对活性物质的理解、操控和控制提供了宝贵的见解，为生物系统、机器人技术和医学科学等领域的未来开发铺平了道路。 I. 同样，受生物启发的机器人群体模仿这些自然系统，使用一系列自主代理集体执行任务。 活性物质的行为本质上是非平衡的，由于持续的能量输入。单个活性粒子经常表现出异常扩散。 这将涉及在实际环境中测试RL驱动的觅食策略，根据实验反馈细化算法，并在不同的生物系统中验证其泛化能力。 C. 除了讨论的工作之外，表I中还总结了几项基于强化学习的活性物质运动策略研究，包括那些专注于多足系统和受生物启发的机器人技术。 通过应用DQN、A2C和PPO等算法，他们对粒子机器人在这些任务中的表现进行了基准测试，强调这些RL方法使粒子机器人能够与外部物体互动并操控它们。
11210编辑于 2026-03-11 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
DoRothEA||推断单细胞的TF活性
image.png DoRothEA regulon可以与几种统计方法结合使用，从而产生一种功能分析工具，以从基因表达数据推断TF活性。 通过不考虑TF本身的基因表达，而是考虑其直接转录靶标的mRNA水平来计算活性。
2K20发布于 2020-11-03
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