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物种分类原理
种是基本的分类单元，它指的是“物种”，而物种的概念目前还是生物学中尚未完全解决的问题。在高等生物中，物种通常被看做是彼此杂交能繁殖的自然居群。 六、宏基因测序物种分类原理 当前使用的宏基因组物种分类方法，主要是使用 NCBI 的物种分类数据库进行分类。 将测序 ID 转换为 NCBI Accession ID，然后将 Accession ID 转换为物种分类 Tax ID。则得到了测序数据的物种分类信息。 物种分类本质上则是根据序列相似性进行三种 ID 相互转换的过程。 biom 主要用来展示不同物种在不同样品中的丰度分布，类似与基因表达矩阵。如果该物种在某个样品中不存在，就是 0，与基因表达矩阵不同的是，不同样品中物种差别可能很大，所以会存在很多 0 的情况。
1.2K31编辑于 2023-02-24 - 来自专栏用户7627119的专栏
miRBase物种名缩写
里面提供了285个物种中已知的所有miRNA信息。还不知道miRNA为何物的同学们，赶紧去恶补一下--》MicroRNA 的结构、生物合成及功能《--。 人这个物种大家研究的比较多，所以可能大家都知道人的miRNA都是以hsa开头的，如hsa-miR-25-3p。如果也做过小鼠，应该也知道小鼠的miRNA都是以mmu开头的，如mmu-mir-100。 因此我们可以在miRbase的下载页面去下载相应物种的miRNA信息。 ? 但是对于那些不常研究的物种，估计很少有人知道他们物种缩写是什么。那有没有这么一张表，能告诉我们所有物种的缩写呢？ 打开是这样的，包括物种缩写，拉丁文全名，界门纲目科属种都能查到，最后还有物种id号。是不是so easy！ ? 2. 对于会R的人，我们也提供R代码来获取这张表。
3.2K40发布于 2020-08-06 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
估计理论物种数
然而由于取样的限制，几乎不可能通过有限的取样力来检测所有的物种，特别是在有许多稀有物种的高多样性的群落中。 因此，对样本中物种的简单计数低估了真实的物种丰富度。 基于物种丰富度估计的渐近方法 这种方法的目的是估计一个物种积累曲线的渐近线。估计的渐近线被用作真实物种丰富度，它可以在群落之间进行比较。 一个直观和基本的概念是，丰富的物种(在样本中肯定会被检测到)几乎不包含任何关于未被检测到的物种丰富度的信息，而稀有的物种(很可能未被发现或不经常被发现)包含几乎所有关于未被发现物种丰富度的信息。 尽管Chao1和iChao1估计是物种丰富度的下界,他们当满足两个条件时通常也满足点估计，即(1)稀有物种的丰度几乎是均匀的, (2) n相对于物种丰富度足够大,这样singletons和未被发现的物种有大约相同的平均丰度 当为为高度异质的群落如细菌或微生物测序数据,另一个选择是k= max (10,n/Sobs) 由于已检测到的稀有物种几乎包含了未检测到的物种的所有信息，ACE方法利用来自稀有物种组的信息来估计未检测到的物种数量
1.8K31发布于 2020-07-14 - 来自专栏6G
MPLS物种的起源！
在90年代中期，当时路由器技术的发展远远滞后于网络的发展速度与规模，主要表现在转发效率低下，无法提供QOS保证。
33010编辑于 2024-12-19 - 来自专栏生信喵实验柴
不同物种拼接练习
《High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell》
43620编辑于 2022-10-25 - 来自专栏生信喵实验柴
metaphlan物种分类鉴定
一、metaphlan简介 MetaPhlAn 是用于二代测序物种分类的工具，只需一条命令即可得到宏基因组物种分类的列表，以及相对丰度信息，使用起来非常方便。 clades，按照物种很累层级进行排列。 第二列是物种对应的相对丰度，不是原始 reads数，所以，每一个层级累积起来总和都为 100%，有些软件输出的是绝对的 reads 数目。 metaphlan 物种分类结果 #循环处理 #一、首先是kneaddata质控 cat /share/home/xiehs/17.meta/data/hmp/metadata.txt | awk '{ /merged_abundance_table.txt #合并后的物种分类表txt就可以直接去R中处理了。 写在最后：有时间我们会努力更新的。
2.9K20编辑于 2023-02-24 - 来自专栏点点GIS
ArcGIS物种适宜区分析
本章节就以某物种A的种植适宜区为例，向大家详细介绍GIS的空间叠加分析。 实验数据： 1.气象数据（中国气象数据中心） 2.DEM（地理空间数据云网站） 3.土壤数据（中国科学院资源环境科学与数据中心） 实验步骤： 某物种A在满足以下环境条件时生长最好，试问该物种A的最佳种植适宜区 笔者对此的理解就是无论温度、海拔，重分类后满足题意的图斑就是Value=2的所有栅格，通过栅格计算器叠加后，仅有2+2+2+2=8，也就是满足题意4个条件该物种的最佳适宜区。
2K10发布于 2021-08-19 - 来自专栏小巫技术博客
外来物种变鹅记
先说说标题 外来物种变鹅记？ 你可能会好奇为什么会说自己是外来物种，其实呢，只要不是以应届生身份进入鹅厂的，我觉得都可以叫外来物种，应届生可以说是纯种企鹅，因为从毕业就进入鹅厂的同学一开始就接受鹅厂的熏陶无参杂任何其他外面的东西。 鹅厂三个月的试用期，我觉得除了考查外来物种是否适合聘请岗位的工作，还有就是让我们重新审视自己的一些价值观和融入团队的过渡期。 这三个月的过渡期是让你褪去以前的影子，以一个全新的物种-企鹅，开启你在鹅厂的新旅途。
45120发布于 2018-07-20 - 来自专栏MixLab科技+设计实验室
数字物种，iNFT = AI + NFT
物种进化，从智人到半机械人，还是从智人到数字人？ 诺亚方舟产品主页 alethea.ai 有趣的是，我们可以创建石头之类的，非数字人虚拟物品……结合了元宇宙之后，万物皆可被创造，数字物种非常像游戏里的各种NPC。 有了灵魂的内核（AI），接下来就是考虑生成的数字物种具备多样性，她们是一个个独立的个体 shadow 多样性 作为下一代互联网的元宇宙中，每一个用户都会有自己的虚拟形象avatar，同时会存在大量的 这些角色不一定是“人”，可能是小狗、野兽、甚至是植物…… 数字物种的数量肯定是庞大的，庞大到我们无法一一手工制作，带来了一个问题：多样性。 小冰岛-AI beings给出了其中一种答案和应用场景。 关于数字物种、iNFT、meta-beings的多样性，还需要有非常多的探索，欢迎参加我们的主题实验⬇️ shadow 主题：元宇宙-跨学科-实验 发起方：Mixlab无界社区 & TEA新媒体社区
1.3K30发布于 2021-10-25 - 来自专栏Y大宽
跨物种比较（同源基因）
不同物种中的同源基因指的是直系同源基因（rotholog genes，例如从一个共同祖先基因因为物种进化来的基因），通常在进化中保留了非常相似的功能。 （大概就是，在人类和实验大鼠和小鼠等模式动物进行跨物种比较，以期找到那些在百万年进化中保守的肿瘤细胞发育基因，提供了一个唯一，有利的工具）。 对人类肿瘤转录组数据进行跨物种比较的最主要的目标是在模型物种中发现和对应的癌症类型中同时失调的基因。这种基因指向肿瘤发展的常见驱动因素或肿瘤维持途径，治疗反应，获得耐药性和/或总体结果。 在整体基因表达模式进行跨物种比较已经成功的应用在肝癌，乳腺癌，肺癌，前列腺癌，等的基因发现上。DLBCL，弥散性大B细胞淋巴瘤。 因为我们推测，如果进化上相关的物种调控元件是保守的话，那么在物种中反应相似表型的基因表达特征也会相应的保守。
5.4K40发布于 2018-09-10 - 来自专栏科技记者
SingleM测试:基于reads和单拷贝标记基因氨基酸序列的物种分析
上个月刚发表在NBT上的软件，看到有几个公众号和博客对这个软件进行了介绍，还是比较好奇这个软件的效果到底如何呀，在小伙伴的怂恿下测试一下下啦！ 软件介绍 现有的许多宏基因组物种注释工具没有考虑未知的物种，昆士兰科技大学（QUT）生物医学科学学院微生物组研究中心，转化研究所开发的SingleM可以通过保守序列窗口策略解决此问题，但环境样本中仅8.0% 的物种来自培养样本，表明基因组数据库仍需扩展。 对标的是MetaPhlAn啦，不过作者也承认，MetaPhlAn在低丰度的物种预测上更准些，当然我们知道基于marker基因的弱点基本就是容易假阴性啦！ │ └── S3.12.ribosomal_L1 # 看下简单帮助 singlem pipe 使用 随便下载了个人类的肠道菌群宏基因组数据，SAMEA111279291，运行测试下
31210编辑于 2025-09-04 - 来自专栏生信技能树
新物种基因组组装
对人和鼠科研项目来说，各种NGS测序数据分析起来都是有成熟的流程和工具，但是并不是使用的物种都是有参考基因组和注释文件的，走流程的前提就需要先测定自己研究的物种的基因组，组装起来。 恰好这个文章比较好的展现了一个新物种参考基因组组装的科研项目思路： We sequenced and assembled the genome of P. westermani, which is among 就是物种基因组大小预估，测序组装，重复序列，蛋白编码基因分析，物种进化分析。 测序数据如下： ? 测序策略 可以看到这个策略里面有pacbio，但是并没有10x和hic哈，属于比较简单的测序。 重复序列鉴定，蛋白编码基因鉴定，已经物种进化关系分析大家就自行查看文献了哈。 最后给大家推荐一个物种测序策略： ? 新物种测序策略 各大科研服务公司都提供这样的服务，费用取决于物种的基因组大小，测序的精细程度，约5-10万左右就可以拿下一个新物种的基因组组装哦！
90010发布于 2020-04-23 - 来自专栏相约机器人
基于声音的鸟类物种检测
经过数周的工作，该小组设法建立了一种解决方案，该解决方案可以在测试样本上以87％的准确度预测正确的鸟的名字。 鸟儿的问题 Birdong的分析和分类是一个非常有趣的问题。 可能会遇到许多问题： 背景噪音-尤其是在使用城市中记录的数据时（例如，城市噪音，教堂，汽车） 多标签分类问题-当同时有很多物种唱歌时 不同类型的鸟歌（如前所述） 物种之间的差异-生活在不同地区或国家的同一物种之间的鸟类鸣叫可能有所不同 数据集问题-由于一个物种比另一个物种更受欢迎，数据可能高度不平衡，存在大量不同物种，并且记录可能具有不同的长度，记录质量（数量，清洁度） 那么过去的问题是如何解决的呢？ 在创建具有高通滤波器的梅尔频谱图之后，从10秒钟的持久音频文件中分离出数据，然后将数据分为训练（90％），验证（10％）和测试集（10％）。 1596, class_weight=class_weights, callbacks[ModelCheck,ReduceLR]) 最终，该解决方案在测试样本上以
2.8K30发布于 2020-01-17 - 来自专栏生信宝典
OrthoMCL鉴定物种同源基因 （安装+使用）
systemctl enable mariadb ==> 开机自启动 mysql_secure_installation ==> 设置 root密码等相关 mysql -uroot -pPASSWD ==> 测试登录 序列名称为空格或下划线分开的两列， 第一列为3到4个字母的物种代码，第二列为蛋白序列的唯一ID。 通常一个基因选择一条代表性蛋白序列。 通常我们需要准备研究物种及其多个近缘或者有代表性物种的蛋白质序列 ，因此可不与orthoMCL数据库中的蛋白质序列合并，直接用我们的goodProteins.fasta作为orthoMCL.fa。 提取在所有物种中 都只有一个拷贝的基因，提交给工具orthoMclPhyloGenetic.py用于做进化分析。 提取特定物种特有的基因簇。 提取多个物种共有相对于其它物种特异的基因簇。 提取某物种特异扩增或缺失的基因家族。
4.6K70发布于 2018-06-26 - 来自专栏生信宝典
gggenes绘制多物种基因结构比较
https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。 使用make_alignment_dummies()跨面对齐基因 通常我们会想要所有物种按某一个指定的基因对齐，比如下面例子中的geneE。
4.9K21发布于 2019-11-07 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
Ecography: 物种分布估计不准的原因
Journal: Ecography First published: 01 June 2019 物种分布模型（Species distribution models, SDMS）广泛用于根据现有数据预测物种的分布 然而SDM结果也受到了不少批评，主要原因有三个： （1）物种共发生信息的偏差； the effects of biases and the quality of occurrence information validation methods used to estimate the accuracy of the obtained results 这些缺点与大多数SDM的两个基本特征有关： 一是缺乏关于物种分布的缺失信息 ，是否想到了微生物研究中的“双零问题” 简言之，即： (1)大多数生物体缺乏可靠的缺失数据； (2)存在-缺失之间的关系是存在一定相关的； (3)如果不事先了解物种的流行情况，就很难找到将SDMs提供的连续输出值转换成二进制的最佳方法 NOO仅依赖于物种存在的部分信息，并可提供物种的可能分布。本文介绍了NOO的主要特点，并将其性能与已存在的、较为复杂的SDM进行了比较。这部分方法不再赘述。
1.2K31发布于 2020-06-01 - 来自专栏生信技能树
物种Beta多样性PCoA分析
PCoA分析含义 物种Beta多样性PCoA分析是一种用于研究不同样本之间物种组成差异的统计方法。以下是对其的详细解释： 1. Beta多样性 Beta多样性是指不同样本或群落之间的物种组成差异，反映了群落结构对环境变化的响应。它主要关注的是样本之间的差异，而不是单个样本内的物种多样性。 2. 结果可视化：以散点图的形式展示样本在低维空间中的分布，点与点之间的距离越近，表示样本的物种组成越相似。 3. 评估环境影响：结合环境变量，可以进一步分析环境因素对物种组成的影响，为生态研究和环境保护提供依据。 总之，物种Beta多样性PCoA分析是一种强大的工具，能够帮助研究人员深入理解不同样本之间的物种组成差异及其生态意义。
1.3K10编辑于 2025-02-05 - 来自专栏单细胞天地
特殊物种cellranger基因组质量评估
可以通过该物种和同源物种cegma的比例，判断保守基因组装情况。 有没有现成的方法来评估呢？ ，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点 基于转录组预测(transcriptome-based prediction)：通过物种的RNA-seq数据辅助注释 Creating a Reference Package with cellranger mkref 关于特殊物种细胞类型的注释 这很大程度上取决于我们的基因组注释情况，如果是斑马鱼这种模式生物，一般的研究者是很多的 R包clusterProfiler的纯无参自定义物种注释的GO、KEGG富集分析及GSEA 同源基因。 用同源基因来将特殊物种的基因与已知基因构建联系，自然界基因并不是每个物种一套特意的基因，有许多是同源的。 基本思路也是构建从已知到未知的证据链。
1.4K10发布于 2020-06-04 - 来自专栏数据挖掘
数据挖掘—植物物种鉴定及引物设计
数据挖掘—植物物种鉴定及引物设计需求：使用PCR的方法鉴定样品中是否含有南瓜的成分方法：为实现对南瓜属（Cucurbita）成分的检出，本研究基于叶绿体 DNA 条形码技术，采用 rbcL 与 matK 只使用PCR的方法无法进行精确到种，如果需要精确的物种鉴定，需参考16s的测序方法（动物一般用COI基因，植物一般用rbcL+matK，及DNA条形码技术）1.目的基因序列获取NCBI中检索Cucurbita
19510编辑于 2025-12-22 - 来自专栏生信技能树
多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较
最近看到了：多个组织的成纤维细胞图谱 的介绍，挺有意思的， 这样的思路完全可以任意扩展开来啊，多个组织的多种细胞亚群都是可以比较，甚至迁移到多个物种啊，如果多物种的单细胞数据集存在的话！ 然后我确实搜索了一下， 这样的研究已经是很多了，比如多个物种的肾脏部位巨噬细胞比较，发表它的文章J Am Soc Nephrol. 2019 May;标题是：《Single-Cell RNA Sequencing 这个研究跨越四个物种，如下所示： GPL18573 Illumina NextSeq 500 (Homo sapiens) GPL19057 Illumina NextSeq 500 (Mus musculus 10X_matrix.txt.gz 4.1 Mb GSM3689777_rat_10X_matrix.txt.gz 5.5 Mb 大家可能是需要首先下载每个文件，独立走单细胞的降维聚类分群流程，因为不同物种的基因名字不一样哦 同样的道理，是不是可以做脑部区域的巨噬细胞（小胶质细胞）的跨物种比较呢？或者，T细胞，B细胞？ 学徒作业：完成 GSE128993. 里面的4个文件各自独立的单细胞流程，降维聚类分群即可！
72350编辑于 2021-12-24
腾讯云开发者
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