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新冠病毒测序
背景 病毒属于无细胞生物，无法独立生存，都是营寄生生活，寄生在宿主细胞内。新冠病毒感染之后，病毒寄生在人体细胞内。目前的技术条件下无法对病毒进行分离培养。 由于新冠病毒为单链 RNA 病毒，在提取过程中得到是 RNA 产物，最终得到的 RNA 样本其实属于一个混合样本，是宿主与病毒的混合样本。 由于人基因组大小约为 30 亿个碱基对，而新冠病毒基因组大小约为 3 万个碱基，二者长度相差 10 万倍，因此，提取到的染色体中人基因组占据绝大部分。 因此对于新冠病毒染色体提取过程中最重要的步骤就是如何对病毒进行富集，目前只能通过 PCR 扩增富集的方法，或者是宏基因组的方法将混合物直接进行测序，在 NCBI 下载新冠病毒测序数据的时候描述部分会有 更多内容可以查看各个平台的相关介绍，一些平台有单独的新冠病毒专题。
1.5K20编辑于 2022-02-11 - 来自专栏生信喵实验柴
新冠病毒快速鉴定
背景 目前新冠病毒的鉴定可以采用抗体抗原反应的快速鉴定，荧光定量 PCR 以及宏基因组测序等方法。这里我们主要介绍宏基因组测序的方法如何来鉴定新冠病毒。 该方法无需扩增，通过测序的方法直接测序新冠病毒序列，可以得到全基因组序列，准确性更高。但该方法受限于成本，目前主要用于科学研究中。 对于宏基因组测序的新冠病毒样本，可以直接进行物种分类鉴定。将测序数据与物种分类数据库直接比对即可。这里选择使用 centrifuge 工具进行物种分类鉴定。 宏基因组测序分析新冠流程图 Centrifuge 是一款快速有效的宏基因组物种组成分类的软件，采用了结合 BWT 变换（Burrows-Wheeler transform，BWT）和 FM 对于新冠病毒鉴定，官方提供了一个 h+v+c 的数据库，该数据库里面包含了人基因组+病毒基因组+106 株SARS-CoV-2 基因组 下载新冠病毒比对数据库： mkdir centrifuge_h
1.7K10编辑于 2022-04-07 - 来自专栏生命科学
MCE | 新冠 德尔塔病毒
Delta 毒株突变 Delta 毒株目前是全球流行的主要新冠病毒变异株。SARS-CoV-2 表面布满凸起的 S 蛋白可分为三部分，顶部的受体结合域 (RBD)、S1 亚基和 S2 亚基。 F490S 突变缺失会帮助病毒获得体液免疫抗性，L452Q 突变会对疫苗诱导血清中和抗体产生抗性。 新冠病毒是怎样在宿主中肆意横行的呢？ ■ 病毒入侵 如果说 S 蛋白是新冠病毒打开宿主细胞“城门”的钥匙，那么 ACE2 受体就是那把锁。S 蛋白一旦与 ACE2 结合，宿主细胞表面的其他蛋白质立刻启动病毒和细胞膜的合并。 新冠毒株就有这样的操作：病毒基因组被释放到宿主细胞质后，会被翻译成病毒复制酶蛋白，这些蛋白最后被切割成单独的非结构蛋白质 (NSPs)。 我国目前受新冠影响较大的省份，感染病例多为 Delta 毒株，下面内容以针对 Delta 展开。 目前报道的确诊病例中，接种过新冠疫苗的不在少数，疫苗的有效性受到高度关注。
55030编辑于 2023-03-10 - 来自专栏尼莫的AI小站
新冠病毒 - 数据采集、模型预测
相关数据采集、预测仓库地址 项目背景 2020年开年爆发的新型冠状病毒，新的一年相信对于大家来说都是地狱模式开局，对于我本人也是如此，打乱了很多计划，有些不知所措，但是灾难面前，唯有同舟共济，对此我个人是乐观的
77231发布于 2020-10-26 - 来自专栏大数据文摘
一周AI最火论文 | 新冠病毒数据开源，Kaggle发布新冠病毒挑战赛
每周更新，做AI科研，每周从这一篇开始就够啦 本周关键词：NLP、3D建模、对象检测 本周最火学术研究 新冠病毒科研资料开源 由企业家保罗·艾伦创办的艾伦研究所（Allen Institute）和世界领先的科研小组合作 ，创建了一个新的、结构化的开放研究数据集（CORD-19），全世界的机器学习社区都可以使用它，来推进新冠病毒（COVID-19）的研究。 该数据集是一个统一的免费资源，包含超过四万四千篇学术文章、超过两万九千篇有关COVID-19和冠状病毒家族的病毒的资料全文，供全球研究团体使用。 参加CORD-19挑战：Kaggle组织了一个关于新冠病毒的开源研究数据集挑战，旨在激励社区使用CORD-19的数据集，以寻找有关CORD-19的新发现。 开发者希望通过与广泛的研究社区共享解决方案，并推进新的用例，新的应用程序和新的研究工作。他们计划将模型扩展到更多类别，并在未来进一步改善我们的设备性能。
77810发布于 2020-04-01 - 来自专栏悦思悦读
感染新冠病毒（COVID-19）看血型？
Group and the COVID-19 Susceptibility》，论述了武汉金银潭医院、南方科技大学、上海交大、武汉中南医院等8家单位的最新研究成果——A、B、AB和O型这几种不同血型与新冠肺炎易感性存在的关联 通俗点讲可以说理解为如果只基于血型这一种因素分析，A型血的人既容易得新冠肺炎，又容易死；而O型血正好相反。 啊哈！那是不是O型血就可以横着走了？赶紧出去浪，口罩也不用带了？？ 表格中有些数据好像之前我们没讲过——下图是论文中Table-1的一部分，作者重组翻译了一下： A型血 B型血 AB型血 O型血 正常武汉市民中的比例 32.16% 24.9% 9.10% 33.84% 金银潭医院收治的1775名新冠肺炎患者中的比例 Relationship between the ABO Blood Group and the COVID-19 Susceptibility”完全经过同行评价被认为在医学上很有价值，也不是说O型血就不会得新冠肺炎了 从论文中数据也可以看出来有四分之一的新冠确诊患者都是O型血的！！ O型血的你，还是该戴口罩戴口罩，好好遵守一切防疫规则，万不可掉以轻心。
1.2K20发布于 2020-03-26 - 来自专栏不能显示专栏创建者
问问Siri你是否感染了新冠病毒
Mello Jr. 2020年3月24日 上午4：00 苹果用户好奇如果他们现在患有新冠肺炎，他们是否能向数字助手Siri寻求建议。 公司于周天推出了自我筛选功能——允许用户询问，“Siri，我是否患有新冠肺炎？” “做出正确诊断的唯一的方法是检测这些症状是否是由新冠病毒引起的，而一个app并不能做到这一点。” 疾病防控中心和微软团队 在周天，疾病防控中心宣布了它的新冠病毒自测，这是由微软的医疗健康自动程序服务提供的。 聊天机器人旨在筛选出那些不确定是否要寻找新冠病毒医疗健康帮助的美国人。 疾病防控中心并没有分享任何提交到新冠病毒自测程序的个人信息给微软，Nextgov报告道，Nextgov是涵盖政府和科技的一个出版物。微软提供自动程序，但疾病防控中心拥有并保持检测工具。
88100发布于 2020-12-10 - 来自专栏陶陶计算机
新冠肺炎病毒（Covid-19）检测系统
一 、背景 新冠肺炎是一种新的呼吸道疾病，它由新型冠状病毒引起，而这种病毒以前从未在人类身上发现 过。新冠肺炎如何传播？ 新冠肺炎很容易通过与新冠肺炎患者的密切接触（距离约 6 英尺或两臂长范围内）在人与人之 间传播。传播途径为感染者呼吸、咳嗽、打喷嚏、说话或唱歌时产生的飞沫。 感染者在出现症状 前最多 48 小时就能传播新冠肺炎病毒。许多感染者没有症状，但却仍能传播新冠肺炎病毒。 二、技术 1.
79030编辑于 2022-05-16 - 来自专栏Pou光明
美国新冠病毒确诊人数统计及预测
之前二月初的时候利用Qt的charts模块、Qt读取excel表格数据，做了两个关于病毒感染人数的统计图。 之前的文章链接： 新冠肺炎数据图表化 数据来源： https://coronavirus.1point3acres.com/ 确诊人数图表： ? 又是我手填的excel表格： ?
1.4K40发布于 2020-04-07 - 来自专栏人工智能小咖
新冠病毒——医院可以根据数据做出更佳选择
为了构建用于理解COVID-19的多样发展的全面模型，我将应用分析时间序列模型来评估新冠病毒住院患者的人数增长。时间序列模型的常见要求是平滑，是用于消除数据噪声的常用技术。 在这个背景下，我们的目标是了解在有数据噪声的基本情况下，是否存在新冠病人住院治疗数量的平稳增长过程。 首先需要获得数据，我们将使用2020年1月1日至2020年2月28日暴发初期的计数数据。 我的目标是利用观测数据对()进行模拟，()为新冠肺炎在第t天的住院数量。理想情况下，我们希望可以对今后第t天的住院人数进行预言。 是否可以使用该模型理解新冠病人的住院率在未来会呈现指数增长？在解释该结果时，需要注意以下几个因素： 1. 新冠病例的数据（确诊病例，住院病例等）具有时间差（这个时间差可能是随机的）。 需要强调的是，尽管这两个模型都有局限性，它们仍能为公众提供深刻的见解。
75200发布于 2020-05-09 - 来自专栏新智元
中国新冠研究登上Science封面，全球首次揭示新冠病毒人体蛋白受体结构
新智元报道 来源：Sciencemag等 编辑：张佳、啸林 【新智元导读】日前，西湖大学周强实验室的一项关于新冠病毒的研究登上了最新一期Science封面，该研究利用冷冻电镜技术成功解析了此次新冠病毒的受体 该成果最终将对研发精准的新冠肺炎诊断、治疗手段起到关键作用。 中国研究又登上了Science杂志封面! 日前，西湖大学周强实验室的一项关于新冠病毒的研究登上了最新一期Science封面。 ? Rosen称该研究在理解新冠病毒如何侵染人体细胞方面取得了重要进展，相关研究成果最终将对研发精准的新冠肺炎诊断、治疗手段起到关键作用。 RBD是新冠病毒S蛋白受体结合结构域，相当于病毒的S蛋白伸出来抓ACE2的那根小手 进一步分析，研究人员可以看到新冠病毒表面的S蛋白到底是由哪些氨基酸与ACE2相互作用。 本研究也为理解新冠病毒侵染细胞提供了很多有趣的线索： 比如，ACE2的二聚体与新冠病毒S蛋白的三聚体是否可以发生更高层级的交联，从而促进病毒与宿主细胞膜的融合或者内吞？
69630发布于 2020-04-01 - 来自专栏镁客网
受新冠病毒疫情影响，MWC 2020宣布取消
策划&撰写：巫盼 2月13日凌晨，GSMA对外宣布，因受新型冠状病毒肺炎疫情影响，原定于本月24日到27日召开的MWC 2020取消。 GSMA CEO约翰·霍夫曼在官网的声明中表示，“考虑到当前巴塞罗那和东道国的安全与健康环境，GSMA取消了巴塞罗那2020世界移动通信大会，由于对全球新型冠状病毒爆发、旅行和其他情况的担忧，使GSMA 另一方面，由于新冠病毒肺炎的影响，许多中国公司选择主动退出或缩减参展规模，比如 vivo、TCL、中兴。
46300发布于 2020-02-21 - 来自专栏用户1880875的专栏
开源软件在应对新冠病毒中的贡献
从今年一月底开始，整个开源社区已经贡献了数以千计关于冠状病毒或新冠病毒的开源软件仓库，其中涉及的内容包括但不限于数据集、模型、可视化、Web 应用、移动应用，且大多数都使用了 JavaScript 和 之前我们分享过一些关于开源硬件创客们在帮助遏制冠状病毒传播方面做的贡献，现在将继续分享四个由开源社区作出的应对冠状病毒和新冠病毒的项目，这体现了开发者们和整个开源社区在当下对整个世界的影响力。 1. Locale.ai：实时新冠病毒可视化 image.png 实时显示世界各地病例数量分布的地图可以让我们直观了解新冠病毒的规模和扩散程度。 Locale.ai 就开发了这样一个开源、可交互的新冠病毒已知病例可视化分布图，这个图会根据最新的可靠数据实时进行更新。 BlankerL：DXY-COVID-19-Crawler image.png DXY-COVID-19-Crawler 建立于今年 1 月份，是开源社区对新冠病毒最早发起响应的项目之一。
70410发布于 2021-09-18 - 来自专栏生信技能树
利益不分国界（新冠病毒检测捞钱乱象）
无意中回顾了一篇海外博客，文章的标题是“如何从COVID-19测试中获利”，讨论了个人和公司如何试图从COVID-19大流行中获利，特别是通过新冠病毒检测。
15920编辑于 2023-09-04 - 来自专栏计算机视觉战队
抗击新冠病毒之佩戴口罩检测技术综述
计算机视觉研究院专栏 作者：Edison_G 新冠病毒自爆发以来持续给世界造成巨大挑战。 为抗击新冠疫情，科技工作者开发了一系列基于人工智能技术的技术并将其应用在真实的场景中比如安全监控、疾病诊断、感染风险评估、新冠病人CT图片损害评估等。 01 摘要 新冠病毒自爆发以来持续给世界造成巨大挑战。 期望我们的研究能够为世界抗击新冠病毒贡献一份力量。 02 影响分析 在新冠疫情期间，很多AI企业开发了针对佩戴口罩检测的技术，帮助检测人是否佩戴口罩和利用视觉技术进行远距离无接触测温。 探索轻量级模型并将其部署到移动设备或边缘设备上 Ø处理多尺寸多分辨率图片 Ø口罩遮挡区域的人脸重建 Ø佩戴口罩人脸识别 Ø佩戴口罩人脸和其他生物特征结合的多模态身份识别 Ø佩戴口罩的人脸关键点校准 佩戴口罩检测的一些应用 最后，向抗击新冠病毒的医疗工作者们致敬
1.1K20编辑于 2022-04-24 - 来自专栏新智元
西湖大学重磅新研究！深入破解新冠病毒如何侵入人体
新智元推荐 来源：西湖大学 编辑：元子 【新智元导读】此前发现新冠病毒受体ACE2全长结构的西湖大学再次取得重大突破！ 北京时间2月21日凌晨，周强研究团队在论文预印本网站BioRxiv再次发文，报道新冠病毒表面S蛋白受体结合结构域与细胞表面受体ACE2全长蛋白的复合物冷冻电镜结构，揭开了新冠病毒入侵人体细胞的神秘面纱。 北京时间2月21日凌晨，周强研究团队在论文预印本网站BioRxiv再次发文，报道新冠病毒表面S蛋白受体结合结构域与细胞表面受体ACE2全长蛋白的复合物冷冻电镜结构，揭开了新冠病毒入侵人体细胞的神秘面纱。 新冠病毒S蛋白的受体结合结构域与SARS病毒的序列也非常像，相似性达到82%。 ? 新冠病毒S蛋白受体结合结构域（RBD）和ACE2的相互作用示意图 进一步分析，研究人员可以看到新冠病毒表面的S蛋白到底是由哪些氨基酸与ACE2相互作用。
59220发布于 2020-03-04 - 来自专栏量子位
新冠肺炎新研究：脸朝下趴着，可改善重度新冠病毒患者肺功能 | 中大&金银潭医院
十三 发自 凹非寺 量子位 报道 | 公众号 QbitAI 一种新姿势，可以改善新冠肺炎患者呼吸困难问题。 最近，一项由东南大学附属中大医院、金银潭医院等国内外众多机构共同研究表明：严重的新冠肺炎患者，脸部朝下趴着(俯卧位)，可以改善他们的肺功能。 ? 他们发现，大多数(67-85%)入住ICU的新冠肺炎患者，都出现了急性呼吸窘迫综合征 (ARDS)。 中大医院副院长、论文作者之一邱海波表示： 这项研究首次对需要机械通气(呼吸机)，并承受正压的严重新冠病毒患者的肺部行为进行了描述。 研究人员提出了一种新的基于力学的指标——Recruitment-toInflation ratio，简称R/I比。 ? 通过这一指数，来衡量肺部对压力的反应。
1K10发布于 2020-03-31 - 来自专栏生信技能树
对新冠病毒核酸序列构建系统进化树
不仅仅是有热点病毒序列，甚至有全部的冠状病毒信息，下面是网页公布的一些信息 新增来源于GenBank,GISAID的11条基因组序列。 (2020.03.06) 对146条人源新冠病毒全基因组序列进行质控分析，发现有1条序列有多个Ns和简并碱基，2条序列有多个Gaps，2条序列的变异数量较多，6条序列的变异有密集分布区。 基于142条高质量人源新冠病毒全基因组序列变异分析，共鉴定224个变异（115个使氨基酸发生变化），根据群体发生率和变异分布进行变异分级（I-III，详见变异注释表）。 基于原始测序数据，对新冠病毒Wuhan-Hu-1毒株进行基因组拼接，序列比较和共线性分析显示两者序列完全一致，进一步确认该毒株基因组序列NC_045512.2的准确性。 机构对这些序列进行了一些探索，绘制了两个典型的图，如下： 病毒基因组单倍型网络 这个图没有看出来是怎么制作的，多序列比对可能不够，看起来应该是固定一个病毒序列为参考基因组，然后所有的其它地方检测到的病毒也进行测序后
2.2K30发布于 2020-03-10 - 来自专栏AI科技大本营的专栏
如何用Jupyter Notebook制作新冠病毒疫情追踪器？
出品 | AI科技大本营（ID:rgznai100） 新冠肺炎已在全球范围内爆发。
95220发布于 2020-03-18 - 来自专栏凹凸玩数据
利用数据接口，用python玩转新冠病毒疫情数据
昨天在在凹凸数据公众号读者群中看到一个分享，标题非常非常感兴趣，于是晚上抽空研究了一下。
1.6K40发布于 2020-02-20
腾讯云开发者
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