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新TCGA+文献复现里的几种算法
表达矩阵里有的样本在突变数据maf里不一定有，要把没有突变的病人去掉 得到的小提琴图表示：VHL基因的突变是否影响PBRM1的表达 如果影响则小提琴组会有较大的差别 分组：基因表达量的高级？ 任意基因的相关性 可以将分组（正常样本和肿瘤样本）与基因的相关性联系 几种算法（免疫丰度、免疫细胞亚型 1.免疫亚型鉴定和可视化 https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen 免疫细胞丰度 箱线图：文献代码：https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/bsgk2d/rhrbqu 用ssega方法，结合GBM_ER文献里的mmune 泛癌的亚型如何寻找，新版TCGA文献 ppt里的第23张 4.estimate算法 https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/bsgk2d/yenun9 每个表型相关模块里的那些基因 模块：具有高拓扑重叠相似性的基因合集。共表达模块是根据非相似性矩阵，利用聚类算法获得。基因与他所属的同一模块内的其他基因往往具有更高的共表达特性。
71510编辑于 2024-03-10- 来自专栏全栈程序员必看
文献导入endnote的几种方法(导入参考文献)
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 对于科研学子来说，EndNote（或NoteExpress）是管理文献的利器，能够快速筛选文献与录入参考文献，非常适用于参考文献较多的场合。 需要引用文献的时候就从中选择一个插入到文档中，EndNote 会自动给你编号、在文档末尾建立相应的参考文献列表。 但是各种杂志、单位要求的文献著录格式是不一样的，所以在插入文献到文档之前，我们应该选择合适的文献著录格式。 使用 EndNote 来管理文章中的参考文献引用和编排，省时省力，用过的都知道好。 需要填写的项如下图所示： 那么如何体现Endnote文献管理软件的强大之处呢：如果当你想在原有的参考文献前面在插入一篇文献，如你想在原先第36篇文献前再插入一篇文献，那么Endnote会自动将新插入的文献定义为
10.9K10编辑于 2022-08-01 - 来自专栏生信技能树
Github带有全套代码分享的文献复现2025
我们生信技能树在前面给大家整理过大量的带有全套代码在 github 上分享的文献，还有一个专门的共享表格：自带图表复现代码及数据集的单细胞及多组学文章-V1 https://docs.qq.com/sheet 我们秉承着一切分享学习的态度，即将开启2025年的新专辑《Github带有全套代码分享的文献复现2025》，我们以学习文献中的思路，代码技巧为主，带领大家攻破一篇篇文献，将其运行到自己的科研课题中。 下面第一篇学习的文章非常好，作者的数据，代码整理的非常详细见以前的分享： 代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！ ，你可能需要养成一个好习惯，整理好目录，我的目录如下，希望可以给你参考： 2021-GSE173682-单细胞多组学-卵巢和子宫内膜肿瘤 . ├── 00-文献资料 │ ├── 2021-GSE173682 GSE173682 # 存放 GSE173682 的相关数据 到这里，你需要准备好环境，下载好数据和文献，代码，提前熟悉文献内容！
1.1K01编辑于 2025-02-10 - 来自专栏单细胞天地
CNS图表复现14—检查文献的inferCNV流程
前言 CNS图表复现之旅前面我们已经进行了13讲，你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群，自己去：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）找到我们的拉群小助手哈。 为了解决这个问题，让我们一起看看文献自己的inferCNV流程是如何使用的，以及对应的数据集。 其中文献运行infercnv::run的时候，下面两个参数，都是默认值： HMM参数 when set to True, runs HMM to predict CNV level (default: T，运行该文献他自己的数据集和文献代码后，运行的日志文件如下所示： INFO [2020-10-19 11:17:44] ::process_data:Start INFO [2020-10-19 11 往期回顾 CNS图表复现13—使用inferCNV来区分肿瘤细胞的恶性与否 细胞身份何以在分裂中得以保持？
3.3K21发布于 2020-11-02 - 来自专栏生信菜鸟团
精准的文献复现—seurat对象添加细胞亚群meta信息
❝我又继续探索了一下上上周推文复现的science推文数据集，这周的推文就继续写一下。 Science: 数据集：GSE234933 整个推文中需要注意的地方有三点： 作者给出的数据是多个rds格式文件压缩在一块的，解压后循环读取文件并合并成seurat对象 作者给出的细胞亚群信息可以后续添加到 ###读取数据集给出的细胞亚群信息 cell<-fread(". ，右图是我加入meta信息后重新降维分群得到的，复现可行性很高。」 「这样得出的结果去如果继续复现后续分析就会更方便一点，虽然上次的推文也进行了细胞亚群细分，但是不同的人对亚群细分的认知还是存在差异的。」
6.3K40编辑于 2023-11-03 - 来自专栏生信宝典
解读文献里的那些图——流式细胞术
荧光通道接收到的信号越强，表示细胞上结合的荧光素越多，那么细胞表面表达的该CD分子就越多，因此可根据荧光信号的强弱判断细胞表达该CD分子的相对数量。 总之，荧光通道值反映接收到的荧光信号的强弱，从而反映细胞上结合的荧光素的量，进一步反映细胞上表达该CD分子的量，最后间接反映细胞表达某CD分子这一化学特征。 我们可以简单的理解为曲线上该点对应的y轴值就是x轴代表的通道的荧光信号值对应的细胞数。 2.流式散点图 流式散点图能够同时表示两个通道的信息，更加直观和常用，x轴表示一个通道的值，y轴表示另一个通道的值，图中每一点代表一个细胞，该点所对应的横坐标值就是该点所代表细胞的x轴通道的值，所对应的纵坐标值就是该点所代表细胞的 3.流式等高线图 流式等高线图与流式散点图相似，一张流式等高线图也能同时显示两个通道的信息，所不同的是，流式等高线图借助地理等高线图表示细胞的密集程度，流式等高线图的环线代表的是细胞密度相同的区域，所以
5.1K33发布于 2021-10-11 - 来自专栏半生瓜のblog
几种常见的排序算法
[j]之前，则称这种排序算法是稳定的，否则称为不稳定的。 那就不能直接使用向下调整算法，就得先把不是小堆的子树变成小堆。 倒着从最后一棵非叶子结点的子树开始调。 6的位置已经被确定，它左边的数都比它小，右边的数都比它大，如果它左右两边都是有序的，那么整个数组就有序里。 操作系统中内存的栈和堆与数据结构中的栈和堆要区分开来。 队列也可以实现。 归并排序 基本思想 归并排序是建立在归并操作上的一种有效的排序算法，该算法是采用分治法，的一个非常典型的应用。 归并排序有空间复杂度的消耗，因为它的核心算法需要开辟一个临时数组。它的空间复杂度是O(N),这是它跟其他算法的主要差异。
74320编辑于 2023-05-12 - 来自专栏生信技能树
你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）
强烈要求我们推荐纯粹的R语言的文献图表复现全套代码，其实很容易检索到，2020奶牛7月仅仅是单细胞高分（IF>9）文章就有一百多篇，全部的单细胞相关文章有六七百篇了。 一般来说，公布代码，都是在GitHub，所以只需要关键词合适，搜索十几篇带有配套文章的图表的数据和代码很正常。 我从这些CNS文章里面精挑细选了一个非常值得大家花时间跟下去的，就是新鲜出炉的发表在CELL杂志的：Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed 文章的主线就是分群，然后继续分群。细胞数量也不多，大家的电脑基本上都可以hold住，第一次分群如下： ? 无限量函数学习 我们也可以解析每个代码 每个人写代码的习惯不一样，而且有更好的rmarkdown书写方式，大家都可以运行一遍作者提供的数据和代码，在他们的基础上面进行创作和发挥： --- title:
1.7K32发布于 2020-08-28 - 来自专栏全栈程序员必看
java的几种排序算法(常用排序算法)
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 常见几种java排序算法 1.插入排序 2.分治排序法,快速排序法 3.冒泡排序 low版 4.冒泡排序 bigger版 5.选择排序 6. 每次遍历的过程是这样的，首先从右到左遍历指针j所指向的元素，直到j指向的元素值小于基准元素x时，停止遍历，将其放到i的位置(因为i的值已经拷贝成了基准x腾出了位置) i往右挪一步, i++,接着轮到指针 层层细分 接下来，我们通过示图来展示上述分区算法思路的过程： public class QuickSort { public static void sort(int[] arr ，然后依次和剩余的元素进行比较, 跟列队一样, 从左到右两两相邻的元素比大小, 高的就和低的换一下位置. if(flag){ break; } } } } 5.选择排序 选择排序也是一种简单直观的排序算法
90820编辑于 2022-07-28 - 来自专栏Golang语言社区
Golang实现Fibonacii的几种算法
package fib /** Fibonacii的几种算法实现 */ // 直接循环计算 func Fib(n int) int { f := [3]int{0, 1, 1} if ] } for i := 2; i <= n; i++ { f[i&1] += f[(i+1)&1] } return f[n&1] } //递归算法 { if n < 3 { return 1 } return fib_recursion(n-1) + fib_recursion(n-2) } //尾递归算法 可以明显看出，直接计算，无交换的算法是最快的。
90260发布于 2018-03-20 - 来自专栏Spark学习技巧
几种简单的负载均衡算法
本文讲述的是"将外部发送来的请求均匀分配到对称结构中的某一台服务器上"的各种算法，并以Java代码演示每种算法的具体实现，OK，下面进入正题，在进入正题前，先写一个类来模拟Ip列表： 轮询（Round 基于概率统计的理论，吞吐量越大，随机算法的效果越接近于轮询算法的效果。 源地址哈希算法的代码实现大致如下： 前两部分和轮询法、随机法一样就不说了，差别在于路由选择部分。 源地址哈希算法的缺点在于：除非集群中服务器的非常稳定，基本不会上下线，否则一旦有服务器上线、下线，那么通过源地址哈希算法路由到的服务器是服务器上线、下线前路由到的服务器的概率非常低，如果是session 最小连接数（Least Connections）法 前面几种方法费尽心思来实现服务消费者请求次数分配的均衡，当然这么做是没错的，可以为后端的多台服务器平均分配工作量，最大程度地提高服务器的利用率，但是实际情况是否真的如此
2.1K50发布于 2018-04-17 - 来自专栏用户画像
常见的几种聚类算法
1、K-Means(K均值)聚类 算法步骤： (1)选择一些类，随机初始化它们的中心点。 (2)计算每个数据点到中心点的距离，数据点距离哪个中心点最近就划分到哪一类中。 2、均值漂移聚类 均值漂移聚类是基于滑动窗口的算法，来找到数据点的密集区域。这是一个基于质心的算法，通过将中心点的候选点更新为滑动窗口内点的均值来完成，来定位每个类的中心点。 然后去除相似窗口，最终形成中心点集及相应的分组。 算法步骤： (1)确定滑动窗口半径r，以随机选取的中心点C半径为r的圆形滑动窗口开始滑动。 均值漂移类似一种爬山算法，在每一次迭代中向密度更高的区域移动，直到收敛。 (2)每一次滑动到新的区域，计算滑动窗口内的均值来作为中心点，滑动窗口内的点的数量为窗口内的密度。 在每一次移动中，窗口会想密度更高的区域移动。 (3)移动窗口，计算窗口内的中心点以及窗口内的密度，知道没有方向在窗口内可以容纳更多的点，即一直移动到圆内密度不再增加为止。
86330发布于 2021-05-06 - 来自专栏嵌入式大杂烩
常见的几种AD滤波算法
在进行AD采样时，常常都会对采样数据进行滤波，以达到更好一点的效果。下面分享几种较简单而常用的滤波算法： 限幅滤波法 限幅滤波法又称程序判断滤波法 。 、液位的变化缓慢的被测参数有良好的滤波效果。 缺点： 对于测量速度较慢或要求数据计算速度较快的实时控制不适用，比较浪费 RAM 。 ，可消除由于脉冲干扰所引起的采样值偏差。 End：以上就是本次的分享。滤波算法有很多种，本文分享的是几种较为简单但却实用的。如有错误，欢迎指出！
2.1K21发布于 2019-11-27 - 来自专栏九霄道长
PHP的几种加密算法
MD5加密 md5加密算法在PHP中是最常见的加密算法，这个算法是不可逆的，通常用于加密用户的密码等信息来保证用户的信息安全。 来自 RFC 1321 的解释 - MD5 报文摘要算法：MD5 报文摘要算法将任意长度的信息作为输入值，并将其换算成一个 128 位长度的"指纹信息"或"报文摘要"值来代表这个输入值，并以换算后的值作为结果 > Crypt()加密算法 crypt()加密算法是一种不可逆的加密算法，他有两个参数，一个是需要加密的字符串，另外一个是盐值（或者成为干扰字符串），如果没有指定第二个参数那么将自己随机生成一个干扰字符串并且是以 > sha1加密算法 sha1加密算法和MD5加密算法一样时不可逆的，有两个参数，一个是要加密的字符串，第二个是bool值，如果指定第二个参数为TRUE，则返回二进制格式的字符串，如果不指定则默认为FALSE ,所以如果你想实现真正的加密，并不推荐这个加密算法。
3.2K40发布于 2021-03-02 - 来自专栏程序员云帆哥
Java的几种经典排序算法
对一个排序算法来说，一般从如下3个方面衡量算法的优劣： 时间复杂度：主要是分析关键字的比较次数和记录的移动次数。 空间复杂度：分析排序算法中需要多少辅助内存。 稳定性：若两个记录A和B的关键字值相等，但排序后A、B的先后次序保持不变，则称这种算法是稳定的；反之，就是不稳定的。 ; j--) { //逐个向后移 a[j + 1] = a[j]; } //temp插入位置 a[j + 1] = temp; } 4、快速排序算法 swap(int[] arr, int i, int j) { int temp = arr[i]; arr[i] = arr[j]; arr[j] = temp; } 5、希尔排序算法 while(h > 0) { for(int i = h; i < nElem; i++) { //每个增量间隔内，实现插入排序，两个for循环和插入排序一样，只不过第二个for循环里参数略有调整而已
42140编辑于 2022-05-12 - 来自专栏数据之美
hadoop 里执行 MapReduce 任务的几种常见方式
说明： 测试文件： echo -e "aa\tbb \tcc\nbb\tcc\tdd" > 3.txt hadoop fs -put 3.txt /tmp/3.txt 全文的例子均以该文件做测试用例 ，统计单词出现的次数（WordCount）。 的替代品。 conf.set("mapred.job.queue.name", "regular"); // 之所以此处不直接用 argv[1] 这样的，是为了排除掉运行时的集群属性参数，例如队列参数， 说明：列举了上述几种方法主要是给大家一个不同的思路， 在解决问题的过程中，开发效率、执行效率都是我们需要考虑的，不要太局限某一种方法了。
87880发布于 2018-02-24 - 来自专栏python3
小谈python里 列表 的几种常用用法
在python中列表的常用方法主要包括增加，删除，查看和修改。下面以举例子的方法具体说明，首先我们创建两个列表，列表是用[ ]表示的，里面的元素用逗号隔开。 ，列表中的第一个元素索引为0，第二个元素索引为1，以此类推。 查看 1.通过索引查看列表中对应的元素： 代码 ：print(a[0], b[6]) 结果： hello 1 2.通过切片的方法 [5, 4, 1, 1,78] 3.查找列表中的某一个元素的具体位置： print(a.index(15.6)) 结果为2 表示15.6这个元素在a列表的第三个位置 4.查找元素出现的次数 修改 方法一： a[索引]=要修改的内容 a[0]='hi' print（a） ['hi', 78, 15.6, '你好'] 方法二： a[起始位置：结束位置]=要替换的内容 a[0:3]=(
46320发布于 2020-01-20 - 来自专栏人工智能头条
几种监督式学习算法的比较
日前他撰文谈及了几种监督式学习算法的比较，值得一看。 以下为正文： 我所讲授的 数据科学课程 涵盖了该领域大部分内容，但尤其关注机器学习（machine learning）。 除了讲授模型的评估过程和度量方法以外，很明显，我们还讲算法本身，主要是监督式学习（supervised learning）算法。 在为期11周的课程接近尾声的时候，我们花了几个小时检查所用的课程资料。 我们希望学生能够逐渐理解他们所学的东西。要掌握的技能之一就是在解决机器学习的问题时，有能力在不同的监督式学习算法中做出明智的选择。 我给他们一张空白的表格，列出所讲的监督式学习算法，让学生从几个不同维度对这些算法进行比较。我在网上找到了这样的表格，自己先弄一张再说！下面就是，一起看看： ? 是否存在应该添加到表格中的其他“重要的”对比维度？ 是否还有其他你希望加入到这张表格的算法？（目前，表格中只有我所讲授的算法。）
69620发布于 2018-06-05 - 来自专栏PPV课数据科学社区
几种监督式学习算法的比较
日前他撰文谈及了几种监督式学习算法的比较，值得一看。 以下为正文： 我所讲授的数据科学课程涵盖了该领域大部分内容，但尤其关注机器学习（machine learning）。 除了讲授模型的评估过程和度量方法以外，很明显，我们还讲算法本身，主要是监督式学习（supervised learning）算法。 在为期11周的课程接近尾声的时候，我们花了几个小时检查所用的课程资料。 我们希望学生能够逐渐理解他们所学的东西。要掌握的技能之一就是在解决机器学习的问题时，有能力在不同的监督式学习算法中做出明智的选择。 我给他们一张空白的表格，列出所讲的监督式学习算法，让学生从几个不同维度对这些算法进行比较。我在网上找到了这样的表格，自己先弄一张再说！下面就是，一起看看： ? 是否存在应该添加到表格中的其他“重要的”对比维度？ 是否还有其他你希望加入到这张表格的算法？（目前，表格中只有我所讲授的算法。）
1.1K60发布于 2018-04-24 - 来自专栏信息安全
程序员常用的几种算法
在软件开发中，算法是程序员必备的利器之一。它们是解决问题的方法论，能够在海量数据、复杂逻辑中找到最优解。本文将介绍几种程序员常用的算法，包括排序算法、搜索算法、图算法、动态规划和贪心算法。 1. 排序算法 排序算法是将一组数据按照特定的顺序进行排列的算法。常见的排序算法包括冒泡排序、选择排序、插入排序、快速排序、归并排序等。这些算法各有特点，适用于不同规模和类型的数据。 搜索算法 搜索算法用于在一组数据中查找特定的元素或信息。常见的搜索算法有线性搜索和二分搜索。线性搜索逐个遍历数据，直到找到目标元素；而二分搜索则通过对数据进行分割，快速定位目标元素。 贪心算法 贪心算法是一种在每一步选择中都采取当前状态下最优的选择，从而希望导致全局最优解的算法。它通常比较简单且高效，但不能保证一定能得到最优解。 应用示例： 在一个旅行销售员的路径规划中，可以使用贪心算法来选择每次行程中最近的城市，以期望得到整体最短路径。 以上是程序员常用的几种算法，它们在不同的场景下有着各自的优势和应用。
31210编辑于 2024-10-09
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