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从RNA结构到实验室研究技术详解
理解其独特的单股负链RNA基因组结构和复制机制，是开发有效研究工具和防控策略的基础。 一、尼帕病毒的RNA基因组结构与复制机制尼帕病毒的遗传物质是一条单股负链RNA（-ssRNA），基因组全长约为18.2kb。 与正链RNA病毒不同，其基因组RNA本身不具备感染性，必须与病毒自身编码的RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）结合形成核糖核蛋白复合体（RNP），才能启动复制与转录。 病毒编码的L蛋白（大聚合酶蛋白） 与P蛋白组成的复合物，首先以基因组负链RNA为模板，合成正链的反基因组RNA（antigenomicRNA），此过程为复制。 新合成的mRNA被宿主核糖体翻译成病毒蛋白，而新合成的反基因组RNA则作为模板，大量产生子代病毒的基因组RNA。
18910编辑于 2026-01-28- 来自专栏用户7627119的专栏
长链非编码RNA
长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)是一类真核生物中长度大于200nt的非编码RNA分子。 Long noncoding RNA in hematopoiesis and immunity.
50420发布于 2020-09-24 柯萨奇病毒及其重组蛋白：结构、生命周期与科研工具解析
一、 柯萨奇病毒的病毒学分类与颗粒结构柯萨奇病毒属于小RNA病毒科（Picornaviridae）肠道病毒属（Enterovirus）。 这四种蛋白由一条约7.4kb的单股正链RNA基因组编码的多聚蛋白前体，经病毒蛋白酶切割而成。VP1、VP2、VP3：构成衣壳的外表面，决定了病毒的血清型和抗原性。 3D蛋白：即RNA依赖性RNA聚合酶（RdRP），负责以病毒正链RNA为模板合成负链RNA，再以负链RNA为模板大量复制子代病毒的正链RNA。它是病毒复制的核心引擎。 RNA聚合酶（3D）：重组的3D蛋白可用于建立体外复制体系，在无细胞环境下详细研究病毒RNA合成的起始、延伸机制，以及评估核苷酸类似物等化合物对其活性的抑制效果，是阐明病毒复制原理和筛选潜在作用靶点的核心手段 非结构蛋白会诱导细胞膜重排，形成富含脂质的“复制细胞器”，为3D聚合酶复制病毒RNA提供物理场所和原料。衣壳组装与病毒释放：新合成的子代RNA与大量合成的结构蛋白在细胞质中包装，组装成成熟的病毒颗粒。
25110编辑于 2025-12-24口蹄疫病毒（FMDV）分子结构与重组蛋白技术原理
口蹄疫病毒（Foot-and-Mouth Disease Virus，FMDV）是一类典型的正链单股RNA病毒，其基因组结构紧凑、蛋白加工高度依赖病毒自身蛋白酶系统。 病毒基因组为一条约8.3 kb的正义单股RNA，5′端共价连接病毒蛋白VPg，3′端带有多聚腺苷酸尾（poly(A)）。 该RNA可直接作为mRNA被宿主核糖体识别并翻译，其开放阅读框（ORF）编码一个大型多聚蛋白（polyprotein）。 2. 3C蛋白酶与3ABC多结构域组合3C蛋白酶是FMDV蛋白加工体系的核心成员，其结构上兼具蛋白酶活性中心和RNA结合区域。 RNA聚合酶3Dpol3D蛋白为RNA依赖的RNA聚合酶，具有典型“右手型”结构，包括指区、掌区和拇指区。该结构高度保守，是研究RNA病毒复制机制、模板识别和核苷酸选择性的经典对象。
26010编辑于 2025-12-25【辰辉创聚生物】人呼吸道合胞病毒（hRSV）重组蛋白技术详解
人呼吸道合胞病毒（human respiratory syncytial virus，hRSV）是一种具有包膜结构的单股负链RNA病毒，隶属于肺病毒科。
20610编辑于 2025-12-16【辰辉创聚生物】一文梳理尼帕病毒的基因组结构与关键蛋白功能
一、尼帕病毒基因组结构特征尼帕病毒为单股负链RNA病毒，基因组全长约18.2 kb，遵循副黏病毒科典型的“3′ leader – N – P – M – F – G – L – 5′ trailer”基因顺序 其主要功能包括：(1) 与病毒基因组RNA特异性结合，形成紧密的核糖核蛋白复合物，保护RNA免受降解；(2) 介导病毒RNA的转录与复制，为病毒聚合酶提供必要的支架结构；(3) 通过C端结构域与磷蛋白相互作用 其主要功能包括：(1) 作为分子伴侣，与新合成的N蛋白结合，防止其非特异性聚集，并引导其正确装配到病毒基因组上；(2) 作为L蛋白的必需辅因子，直接与L蛋白相互作用，组装形成有活性的RNA依赖的RNA聚合酶 大聚合酶蛋白（Large Polymerase Protein, L）L蛋白是病毒最大的结构蛋白，分子量约240 kDa，作为RNA依赖的RNA聚合酶，是病毒基因组转录与复制的核心执行者。 其具有多个保守的功能结构域，包括RNA聚合酶活性中心、加帽酶、甲基转移酶及多聚腺苷酸化活性。L蛋白必须与P蛋白形成复合物才能发挥功能，该复合物以核衣壳为模板，合成病毒mRNA及基因组RNA。
31310编辑于 2026-01-27- 来自专栏DrugOne
盘点COVID-19新冠药物和疫苗研发进展
COVID-19是由严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）引起的一种传染病，这是一种单股正链RNAβ冠状病毒，它是Beta-CoV谱系B（ Sarbecovirus亚属）。 ?
57950发布于 2021-02-01 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
植物长链非编码RNA（lncRNA）数据的处理流程
植物长链非编码RNA的数据分析流程自己之前也找过，只找到了一本参考书是 image.png image.png 这本书的内容还挺全面的，如果需要这本书的电子版的话可以在文末留言。 pipeline-for-lncRNAs 这个github主页还有其他关于转录组数据处理的内容，比如常用的一些R语言的脚本 https://github.com/Dukunbioinfo/R-scripts-for-RNA-seq image.png image.png 一些python脚本 https://github.com/Dukunbioinfo/RNA-seq image.png image.png 还有一个gtf
91620发布于 2021-03-26 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
植物长链非编码RNA（lncRNA）鉴定实例（拟南芥数据）
参考资料 Plant Long Non-Coding RNAs 第十三章 An Easy-to-Follow Pipeline for Long Noncoding RNA Identification non-coding-transcript.txt 到这里已经根据3个标准来筛选lncRNA 转录本在染色体上的位置 uoxi 转录本长度 蛋白编码能力 接下来的内容是 去除可能编码miRNA的转录本 研究非编码RNA
1.2K11发布于 2020-03-19 尼帕病毒病：一种被WHO列为优先病原的高致死性传染病全解析
病原学特征尼帕病毒为有包膜的单股负链RNA病毒，其基因组编码的包膜糖蛋白（G蛋白）和融合蛋白（F蛋白）通过与宿主细胞表面高度保守的受体ephrin-B2/B3结合，介导病毒入侵。 流行病学三元链传染源与自然宿主：狐蝠科果蝠是尼帕病毒的自然贮存宿主。病毒在果蝠种群中持续循环，通过其唾液、尿液污染环境（如水果、椰枣汁）。 实验室与影像学诊断早期诊断依赖于病原学检测：病原学检测：在病程早期（出现症状后48小时内）采集血液、脑脊液、喉拭子或尿液样本，通过逆转录聚合酶链反应检测病毒RNA是确诊的金标准。 四、 防控策略：基于风险的全链条管理鉴于无有效疫苗，防控必须依赖于切断传播链的综合措施。1.
58370编辑于 2026-01-29【辰辉创聚生物】柯萨奇病毒（Coxsackievirus，CV）的分子结构与重组蛋白技术原理解析
一、柯萨奇病毒的分类与基因组分子特征柯萨奇病毒属于小RNA病毒科（Picornaviridae）肠道病毒属，根据生物学和血清学特性分为A组（CVA）和B组（CVB）。 CV的基因组为一条正义单股RNA，全长约7.4kb，5′端连接病毒基因组蛋白VPg，3′端带有poly(A)尾。 该RNA包含一个开放阅读框，编码一条多聚蛋白，随后经病毒自身蛋白酶切割生成多个成熟功能蛋白。在科研模型中，CV因其基因组结构清晰、蛋白加工路径明确，常被用于研究RNA病毒翻译调控与蛋白酶切割机制。 3.RNA依赖的RNA聚合酶3Dpol3D蛋白是CV基因组复制的关键酶分子，其“右手型”三维结构为RNA病毒聚合酶研究中的经典范式。 病毒蛋白通过影响宿主翻译因子构成比例，使细胞翻译系统偏向病毒RNA，这是研究翻译调控的重要分子模型。
24910编辑于 2025-12-23- 来自专栏数据挖掘
数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析
的基因位置为chr9:4,985,272-5,129,948，其启动子序列就为chr9:4983272-4985271负链基因及基因往后2000bp，如JAK1的基因位置为chr1:64,833,229 正链基因是比较好理解的，肯定是启动子序列中右侧更靠近TSS。JAK2为例，4985271更靠近TSS负链基因是较为难理解的，我到现在也比较模糊，竟然也是右侧更靠近TSS。 综上，不管是正链基因还是负链基因，UCSC输出的启动子序列都是右侧序列更靠近TSS。 ，我们可以既勾选“Promoter/Upstream by bases”，和“5' UTR Exons”，这样就很明显的看出，“5' UTR Exons”的区域都是在输出序列的最右侧，即可验证不管是正链基因还是负链基因 启动子不被转录成RNA，但决定了转录的开始转录起始位点（Transcription Start Site, TSS）：RNA聚合酶开始合成RNA的第一个核苷酸。
1.9K11编辑于 2025-10-20 【辰辉创聚生物】深度解析：肠道病毒71型（EV71）重组蛋白——科研的关键工具与抗原标准
一、 肠道病毒71型（EV71）病毒学基础EV71属于小RNA病毒科（Picornaviridae），肠道病毒属（Enterovirus）。其病毒颗粒为无包膜的二十面体结构，直径约30纳米。 基因组为单股正链RNA，编码一个多聚蛋白前体，该前体经酶切后产生四个结构蛋白（VP1、VP2、VP3、VP4）和七个非结构蛋白。
23610编辑于 2025-12-18- 来自专栏DrugIntel
. | 低复杂度重复序列介导的RNA–RNA相互作用: 机制解析与深度学习双链预测框架
DRUGONE RNA–RNA 相互作用在基因调控和 RNA 代谢中发挥核心作用，但其序列层面的决定因素仍不清楚。 研究人员系统分析了多种转录组尺度的 RNA–RNA 相互作用数据，发低复杂度重复序列(low-complexity repeats, LCRs)是驱动 RNA–RNA 相互作用的关键序列特征。 RNA 不仅是遗传信息的载体，还通过 RNA–RNA 相互作用参与转录、剪接、稳定性控制和翻译调控等关键过程。 结果 RNA–RNA 相互作用显著富集低复杂度重复序列 在多种实验数据中，RNA–RNA 相互作用区域显著富集简单重复和低复杂度序列。 含 LCR 的相互作用区域更易结合调控蛋白并发生 RNA 编辑 含 LCR 的 RNA–RNA 相互作用区域更频繁地与调控 RNA 稳定性和翻译的 RNA 结合蛋白重叠，同时也是 RNA 编辑酶偏好的作用位点
17210编辑于 2026-01-27 - 来自专栏生信喵实验柴
走进病毒的世界
1.4 病毒基因组分类 按照构成基因组碱基的不同，病毒分为 DNA 病毒和 RNA 病毒，DNA 病毒又分为单链DNA 病毒和双链 DNA 病毒，单链 RNA 和双链 RNA 病毒。 单双链的不同也决定了病毒基因组的一些显著特点，单链病毒由于没有互补结构，稳定性更差，因此在复制的过程中更容易出错，也就是更容易发生突变。不过这也不是绝对的，在生物研究领域总是会出现例外。 crb/zl/szkb_11803/jszl_2275/202001/t20200121_211326.html 冠状病毒属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属，是一类具有囊膜、基因组为线性单股正链的 病毒在不同宿主之间传播要大量的进行 DNA 或者 RNA 的复制，这个过程中是会发生基因的突变，并且新冠病毒作为单链 RNA 病毒，缺乏基因组内的有效的修复机制，突变率会更高，通过对基因组的测序可以检测到这些突变的位点 例如 RNA 病毒与宿主细胞中表达的 RNA 长度不容易进行区分，不能采用以上方法。
70230编辑于 2022-01-05 . | 低复杂度重复序列介导的RNA–RNA相互作用: 机制解析与深度学习双链预测框架
DRUGONE RNA–RNA 相互作用在基因调控和 RNA 代谢中发挥核心作用，但其序列层面的决定因素仍不清楚。 研究人员系统分析了多种转录组尺度的 RNA–RNA 相互作用数据，发低复杂度重复序列(low-complexity repeats, LCRs)是驱动 RNA–RNA 相互作用的关键序列特征。 RNA 不仅是遗传信息的载体，还通过 RNA–RNA 相互作用参与转录、剪接、稳定性控制和翻译调控等关键过程。 结果 RNA–RNA 相互作用显著富集低复杂度重复序列 在多种实验数据中，RNA–RNA 相互作用区域显著富集简单重复和低复杂度序列。 含 LCR 的相互作用区域更易结合调控蛋白并发生 RNA 编辑 含 LCR 的 RNA–RNA 相互作用区域更频繁地与调控 RNA 稳定性和翻译的 RNA 结合蛋白重叠，同时也是 RNA 编辑酶偏好的作用位点
15310编辑于 2026-01-27- 来自专栏生信修炼手册
microRNA简介
转录本的类型是多种多样的，除了编码蛋白的RNA外，还有很多非编码蛋白的RNA, noncoding RNA, 简称ncRNA。 在ncRNA中，根据长度又分成两类，长链非编码RNA, 指的是长度在200bp以上的非编码RNA, 缩写为lncRNA; 对于长度在50bp以下的RNA, 统称为small RNA。 small RNA包含了很多类型的小RNA, 比如miRNA, siRNA等，其中miRNA是研究的最为官方，最为成熟的小RNA。 miRNA是一类长度在18到36bp的非编码RNA, 关于miRNA长度的范围有很多说法，也有说是20到24bp之间的，大部分miRNA的长度在21或者22bp左右，miRNA的形成过程如下 ? miRNA的功能属于转后后修饰调控，主要通过和mRNA的3’UTR区进行结合，结合区域称之为`seed`，当结合区域的序列完全配对时，诱导mRNA降解， 当只有部分序列配对时，抑制mRNA的翻译，从而发挥一个负调控的机制
1.1K40发布于 2020-05-08 - 来自专栏生信情报站
UCSC 基因组浏览器配置详解
例如，以下是在相关RNA-seq实验的组合中，来自多个细胞系的同一数据的两个视图的并排图像。 ? 右侧（点击查看）是针对相同RNA-seq数据的 group auto-scale 设置，其中所有轨迹相对于具有最高值（IMR9细胞TAP +1的67215）的一个轨迹进行缩放。 这对于表示负链上的转录等非常有用。 比如，下图显示了不同链上两个基因SIRT1和HERC4周围的ENCODE RNA-seq数据，负信号轨迹使用取反值，显示以强调HERC4在负链上表达。 3、将生成的 bigWig 文件放在可web访问的服务器： http://bioinfo.ziptop.top/myBigWig.bw 4、绘制出轨道 [外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传
2.5K30发布于 2021-01-12 - 来自专栏bye漫漫求学路
基于卷积神经网络的序列特异性预测研究--云南大学范航恺硕士论文
感觉这个图画的很乱，个人觉得不需要参考这个图 预处理：输入单链基因序列，将头部留出motif_len-1的位置，推测出另一条链，获得双链数据。 反向传播：修正参数 数据集选取 RNAcompete数据集（训练和预测RNA结合蛋白序列模式） 包含3部分： 1、sequemces.tsv 含有213130条长度为29nt-38nt的RNA序列文件 因为数据是通过生物实验得到，所以没有负样本。 通过双碱基随机打乱算法生成负例样本。 （经验：数据集样本>10000，加入的负样本均为10000例） 原始数据（213130个样本）平均划分为AB两个集合，A训练集，B测试集，再给每个集合加10000个负样本，得到最终的数据集A：116565 模体预测结果 RNAcompete从213130条RNA序列中找出了291个模体模式，可看作把213130条RNA序列分为291个类，每个类中的元素就是含有相应模体片段的RNA序列，最终我们需要把每一个类
80410发布于 2021-03-22 - 来自专栏生命科学
流感表面的蛋白——神经氨酸酶抑制剂 | MedChemExpress
知彼 —— Influenza virus 流感病毒属于正粘病毒科，是一种包膜、分段、单链负链 RNA病毒。 大多数流感病毒像个带刺的小球，以甲型流感病毒为例，它由包膜包裹着内部遗传物质和蛋白 (RNA，聚合酶复合物，核蛋白)，表面“小刺”分别主要是两种糖蛋白，血球凝集素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶 Favipiravir Favipiravir (T-705) 是一种病毒RNA聚合酶 (RNA polymerase) 抑制剂，可转变为其活性形式 Favipiravir-ribofuranosyl- Favipiravir-RTP 抑制流感病毒RNA依赖性的RNA聚合酶 (RdRP) 活性，IC50 为 341 nM。
46720编辑于 2023-03-02
腾讯云开发者
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