空间转录组目前之现状与临床运用

这一篇我们来分享一下关于目前空转的现状和临床运用的相关内容，目前来讲单细胞的时代仍然在继续，但是利润上大幅缩水，预计2024年单细胞的价格还会继续下降，其实这对于研究者和公司都不算好消息，因为降价意味着发文门槛会变高 其实早已有了答案，前面一直提到说单细胞空间和临床的结合部在宏基因组和VDJ，那么破局之路一方面需要新产品的出现，另一个方面就是走向临床。 回到临床，空间在临床的运用早已成型，不过还没有落地，目前临床上的肿瘤治疗还是靶向药物和免疫药物两大分支，其中免疫药物是未来的方向，空转的实际运用也在于此。 、药物、临床几期、来源、证据等内容，为生信解读人员提供最全的指导信息。 而空间在免疫疗法的运用，将是今后研究的重点。生活很好，有你更好

《Nature》发表：AI运用在医疗临床决策支持的系统评估

这篇今天3月发表在《Nature》文献，针对临床决策支持任务的 ChatGPT、Google 搜索和 Llama 2 的系统分析 文献地址：https://www.nature.com/articles /s41467-024-46411-8 Abstract 作者评估了GPT-3.5和GPT-4在临床上的准确性，为110个医疗病例提供初步诊断、检查步骤和治疗建议。

事件相关电位（ERP）在临床心理学中的运用

美国佛罗里达州立大学生物医学科学系在Annual review of clinical psychology杂志发表文章，综述了事件相关电位（ERP）在临床心理学中的运用。 为了更全面地说明ERPs的潜在临床应用，该研究关注一个示例：与焦虑症相关的错误相关大脑活动。 6）ERPs可以用于区分临床群体和预测精神疾病的发病。 ERP可以帮助描述临床和非临床的轨迹，甚至在风险增加的个体中也是如此。除此之外，ERPs还可以用来更好地理解谁在面对生活压力事件时，症状会增加。 见解和问题：ERPs可以很容易地整合到传统的治疗研究中，因为它们既可以作为临床变化的有关的检验，也可以作为临床变化的预测因子。

临床模型 | 大型语言模型编码临床知识 | Nature

Main Para_01 医学是一项充满人性的努力，语言使得临床医生、研究人员和患者之间能够进行关键的互动。 然而，当今用于医学和医疗保健的人工智能（AI）模型在很大程度上未能充分运用语言。 我们的评估涵盖了答案是否与科学和临床共识一致、可能造成伤害的概率及其程度、阅读理解能力、相关临床知识的回忆、通过合理推理对知识的运用、回答的完整性、潜在偏见、相关性和帮助性（详见方法部分，‘人类评估框架 三组答案由另一组临床医生根据扩展数据表 2 中呈现的标准进行评估，且未透露答案来源。 每条答案由一位临床医生进行评估。 为了减少不同临床医生之间的差异对研究结果普适性的影响，我们的专家组由九位临床医生组成（分别来自美国、英国和印度）。 进一步的研究可以扩大参与提示构建和示例答案选择的临床医生范围，从而探索参与此活动的临床医生类型在多个维度上的变化如何影响大型语言模型的行为（例如临床医生的人口统计学特征、地理位置、专业领域、生活经历等其他因素

临床样本检测

国际顶级学术期刊 Nature Biotechnology 以《纳米孔上的临床宏基因组学》（Clinical metagenomics on a nanopore）为封面，刊登了英国东安格利亚大学 Justin 据悉，为了能够准确、快速地识别细菌病原体，研究团队开发了一种能够从临床样本中去除多达 99.99％的宿主核酸的流程，并在便携式 MinION 测序仪上开展了实时的检测和分析。 该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。 文章地址： https://www.nature.com/articles/s41587-019-0156-5 1.2 文章详细解读 宏基因组公众号文章《NBT 封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

多组学临床运用--解析胃癌新辅助免疫化疗异质性反应的遗传与免疫驱动因素

敏感患者并开发新的联合策略来克服耐药胃癌肿瘤微环境的异质性导致治疗反应差异现有研究局限性：多聚焦于单一组学、单臂研究或仅关注治疗前样本，限制了对治疗过程中基因组和免疫动态变化的理解数据队列共纳入110例局部晚期胃或胃食管交界处癌患者（NEOSUMMIT-01随机II期临床试验 1.73e-06）Cluster 11富集肠型细胞标志（APOA1、MEP1B），与胆固醇转运、脂蛋白颗粒组织、肠道吸收相关定义为APOA1+肿瘤细胞在多个公共GC数据集中验证APOA1+肿瘤细胞普遍存在临床相关性 单独治疗可能足够MOS2免疫荒漠型药物代谢通路活化（AKR家族蛋白高表达）联合AKR蛋白抑制剂增强化疗免疫增强效应MOS3APOA1富集型APOA1高表达，NR5A2活化靶向NR5A2为潜在治疗策略MOS亚型与临床预后相关

运用移动BI提升企业运用效率

现代社会早已全面进入移动互联网时代，在今天，只要有手机就可以处理工作生活方方面面的事情。很多以前必须坐在电脑前才能处理的工作都搬到了手机上。无论何时何地都能及时地掌握工作动态，处理相关工作，极大地提升了工作效率。移动BI正是顺应时代发展而生的移动办公工具，在商业环境瞬息万变的今天，能够及时掌握公司海量的数据情况，显得尤为重要。

玩转TCGA临床信息

对作者是如何从307个early-stage cervical cancer (CESC)病人中根据临床信息挑选出145个病人的过程有些疑惑。下面是原作者筛选样本的标准。 ? 首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。 ? 选择miRNA样本，点击307这个超链接。 ? 任意选择一个样本，点击进入。 ? 点击Download下载，里面就包含所有样本的临床信息 ? 解压到当前文件夹 ? 更多临床信息解读可以参考肿瘤TNM分期。 ? ? 这就和原文中的表1中的数字相同了。 ? 接着我们检查一下相应的Tumor Grade样本数是否正确。

临床预测模型—基于dcurves包的临床决策曲线(DCA)绘制学习

净收益考虑了模型在某个阈值下的灵敏度（True Positives）与特异性（False Positives），提供了一种可以用于临床实际决策的量化指标。

【数据结构运用】常规 Trie 运用及其优化

设计一个算法：接收一个字符流，并检查这些字符的后缀是否是字符串数组 words 中的一个字符串。

各种临床试验终点

临床试验终点（End Point）服务于不同的研究目的。在传统的药物的研发中，早期的临床试验目的是评价安全性以及药物的生物活性，如肿瘤缩小。 后期的有效性研究通常评价药物是否能提供临床获益，例如生存期延长或症状改善等。 让我们一起来看看常用的临床试验终点都有什么区别以及优缺点。 药物上市申请时如果采用基于肿瘤测量的临床试验终点作为有效性的唯一证据，那么通常应提供来自第二个试验得到的确凿证据。 PFS 的改善包括了「未恶化」和「未死亡」，即间接和直接地反映了临床获益，它取决于新治疗与现治疗的疗效/风险。 因此，在临床试验设计中，「肿瘤进展」的标准必须要进行明确的定义，还包括 PFS 的评估、观察、分析方法，随访和影像学评价必须是均衡的，最好有一个由影像学专家和临床专家组成的处于盲态的独立裁定小组进行。

TCGAbiolinks获取癌症临床信息

今天我们来用R获取感兴 趣的癌症的临床信息，其中就可以找到我们上次讲到的TNM分期信息。 #加载TCGAbiolinks包 library(TCGAbiolinks) #下载TCGA-CHOL这个项目相关的临床信息，这个项目是胆管癌 clinical <- GDCquery_clinic(project = "TCGA-CHOL", type = "clinical") #将下载到的临床信息写入到clinical.csv文件中 write.csv(file="clinical.csv",clinical ) > dim(clinical) [1] 51 158 一共得到51个样本的临床信息，一共有158条临床信息，他们分别是 > names(clinical) [1] "submitter_id

Oxford Nanopore 的临床应用

chronic myeloid leukaemia [CML])：BCR-ABL1 fusion

谷歌自曝医疗AI临床结果不佳：实验室丰满，临床骨感

实验室数据不断刷新记录的Google Health，最近公布了一项临床诊断试验结果。 不理想。 ? 不仅诊断结果不一致，而且实际操作方法和在实验室里压根不一样。 没想到，落到临床试验，却失败了。 这大概就是理想与现实的差距吧。理想有多丰满，现实就有多骨感。 像极了我们在大学实验室里做实验的样子。 ? 为了验证算法的性能，他们还使用了2个独立的临床试验数据集，包括1.2万幅图片，审核结果由专家来判决。 临床试验很“骨感” 这个项目主要是在泰国展开，与泰国公共卫生部门合作，在泰国巴吞他尼省和清迈省的11所诊所安装了这个深度学习系统。 同时，也给谷歌这种勇于“正视淋漓的临床结果”的态度，点个赞。 毕竟这个行业里，报喜的多，吹哨的少。 也提醒我们，医疗AI，没那么简单。

肿瘤基因检测与临床

提到基因检测，前几年，临床医生在向患者推荐时还心存疑虑，而近两年，基因检测已成为癌症诊疗的标准动作，基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。 利用各种方法，把这些变异的基因找出来，仔细分析，可以协助临床诊断、指导治疗选择、辅助监测疾病复发和耐药、预估生存期等。

remoting项目运用

上次写了remoting 的简单运用，在项目中我们服务端与客户端肯定不会去直接调用一个类，一般都是通过接口。

WebSocket的运用

DOCTYPE html> <html> <head lang="en"> <meta charset="UTF-8"> <title>WebSocket运用</title> </head

临床样本组学研究Day6 : 临床样本的代谢组学研究

数据呈现：Be和Pro可以很好地区分HCC 与肝炎和肝硬化，其联合诊断的灵敏度和特异性要远优于目前临床使用的肝癌诊断指标AFP，尤其在AFP表达阴性的HCC患者中，诊断准确性为92%，具有很好的临床应用前景 启示：无论在做代谢组学还是蛋白质组学，当筛选到差异代谢物/蛋白质时，一定要和传统临床指标/传统危险因素进行校正。

BigDecimal的运用

1.BigDecimal加减乘除 //加法 BigDecimal result1 = num1.add(num2); BigDecimal result12 = num12.add(num22); //减法 BigDecimal result2 = num1.subtract(num2); BigDecimal result22 = num12.subtract(num22); //乘法 BigDecimal result3 = num1.multiply(num2); BigDecimal res

java数组运用