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MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）
mimic数据库中有非常多的指标是需要根据时间计算出来， 跟时间有关的指标都需要通过官方的时间函数进行计算得出MIMIC数据库常用的几个时间计算函数如下 一、DATETIME_DIFF函数1.1 实例： '# 连接到MIMIC-IV数据库conn = psycopg2.connect(dbname='mimiciv', user='postgres', password='mimic', query_schema = 'SET search_path to ' + schema_name + ';'# # # 设置查询语句# # # 我们选择从mimiciv_hosp.admissions表中提取 二、DATETIME_SUB函数2.1 实例：提取患者入ICU24小时内的实验室指标注意：入ICU前6个小时跟入ICU后24小时内采集的指标都属于24小时内的指标。 DATETIME_SUB函数把入ICU时间减去6个小时使用DATETIME_ADD函数把入ICU时间加上24个小时得出了一个时间范围，最后再通过这个时间范围，判断实验室指标的采集时间是不是在这个时间范围内就能提取出入
1.6K00编辑于 2023-12-12 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标
我们在进行数据分析时，很多时候需要提取出患某种疾病的患者的实验室指标，比如患者的血气，血常规等指标。小编今天以提取患“肺栓塞”患者的实验室指标为例子，教大家如何提取mimiciv数据库的实验室指标。 01提取指标小编本次要提取的指标是患有“肺栓塞”的患者的以下实验室指标：“血红蛋白”，“D二聚体”，“葡萄糖”。 提取的最终结果如下：02操作步骤第一步，因为mimic中的疾病数据是根据icd编码查找的，所以我们需要先找出“肺栓塞”对应的icd编码，从下表可以看出肺栓塞的icd编码大部分都是以“415“开头的第二步 查找实验室指标的信息，并根据患者分组03合并结果小编现在已经分别查询出来了患了“肺栓塞”的病人，以及对应的实验室指标，最后需要把这些SQL语句合并后，才能输出在一张表格，其中使用了with子查询，分别把诊断数据跟实验室指标数据作为子查询
1.4K70编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标
在上一篇数据库提取教程中，小编教大家提取了“肺栓塞”患者的实验室指标，具体步骤可以参考MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标。 在本期数据库提取教程，小编依旧以“肺栓塞”患者为例，教大家如何提取患者的人口统计学指标。 在mimiciv数据库中，患者的人口统计学信息主要分为两部分。 第一部分为患者的“语言”，“种族”，“婚姻状态”这几种信息，这些信息直接记录在了hosp模块的admissions表中，大家直接提取即可。 第二部分为患者的“年龄”，“身高”，“体重”这几个信息，这几个信息都不可以直接从表中直接提取，而是要经过计算才能获取患者正确的指标。 -- MIMIC中测量身高有两种单位，分别是英寸跟厘米，两种都要统计，最终单位统一转成厘米base_ht AS ( SELECT c.subject_id -- 单位统一转成厘米
1.3K20编辑于 2023-11-17 - 来自专栏csdn_blog
MIMIC III数据集详细介绍
ＭＩＭＩＣ数据集包括ＭＩＭＩＣ－ＩＩ数据集和ＭＩＭＩＣ－ＩＩＩ数据集，ＭＩＭＩＣ－ＩＩ数据集的数据是２００１—２００８年间贝斯以色列迪康医学中心（ＢＩＤＭＣ）重症监护室中病人的医疗数据，ＭＩＭ－ＩＣ－ＩＩＩ 数据集的数据是２００１年６月—２０１２年１０月重症监护室病人数据。 数据集ＭＩＭＩＣ数据库从发布到现在，随着更多数据变得可用，数据导入和提取方法的改进，以及数据库维护人员一直根据社区提供的数据库内容的反馈定期更新数据集，因此ＭＩＭＩＣ数据集有多个版本，目前最新的版本是２０１６ null - HADM_ID INT not null - SEQ_NUM INT 操作顺序 ICD9_CODE VARCHAR(10) ICD-9 编码 参考文章 官方文档：https://mimic.mit.edu /about/mimic/ 信息资源管理学报 的一篇文章： ＭＩＭＩＣ－ＩＩＩ电子病历数据集及其挖掘研究 陈 静１ 李保萍２ （１．华中师范大学信息管理学院，武汉，４３００７９； ２．武汉大学信息管理学院
4.3K20编辑于 2021-12-07 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV-ED数据集介绍
MIMIC-IV-ED 旨在通过提供一个大型的数据库来支持急诊护理中的数据分析，该数据库位于马萨诸塞州波士顿的一个三级学术医疗中心。 Methods 数据是以扩展标记语言(XML)从贝斯以色列女执事医疗中心(BIDMC) ED 中提取出来的，然后从 XML 转换成一个非规范化的关系数据库，旨在简化分析。 虽然 MIMIC-IV-ED 的核心目标是为研究目的提供真实世界的临床数据，因此限制了在数据发布之前进行的预处理的数量，但在转换过程中需要一些数据清理步骤。在使用表特定的主键插入时，观察数据被删除。 我们进一步在基于云的数据库服务(包括 Google BigQuery)中提供 MIMIC-IV-ED，允许有资质的调查人员立即使用该数据集。 Data Linkage MIMIC-IV-ED 可以作为一个独立的研究数据库使用，但也可以链接到 MIMIC-IV 和 MIMIC-CXR [1,3]。
1.2K10编辑于 2024-01-15 - 来自专栏yuezhimi
ceph-mimic版
Infernalis November 2015 - June 2016 Jewel 10.2.9 2016年4月 Kraken 11.2.1 2017年10月 Luminous 12.2.12 2017年10月 mimic 13.2.7 2018年5月 nautilus 14.2.5 2019年2月 mimic新版本特性 Bluestore ceph-osd的新后端存储BlueStore已经稳定，是新创建的OSD yum.repos.d/ceph.repo [Ceph] name=Ceph packages for $basearch baseurl=http://mirrors.aliyun.com/ceph/rpm-mimic gpgcheck=0 priority=1 [Ceph-noarch] name=Ceph noarch packages baseurl=http://mirrors.aliyun.com/ceph/rpm-mimic mimic版 (nautilus版) dashboard 安装。
1.1K21发布于 2020-09-30 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV 数据查询加速教程
MIMIC-IV查询加速保姆级教程为什么查询会这么慢？ 这个过程时间比较长，2分钟左右，耐心等待我们现在看看文章开头的SQL查询速度， 9秒就完成了查询PostgreSQL 索引索引是加速搜索引擎检索数据的一种特殊表查询。 简单地说，索引是一个指向表中数据的指针。一个数据库中的索引与一本书的索引目录是非常相似的。拿汉语字典的目录页（索引）打比方，我们可以按拼音、笔画、偏旁部首等排序的目录（索引）快速查找到需要的字。 索引有助于加快 SELECT 查询和 WHERE 子句，但它会减慢使用 UPDATE 和 INSERT 语句时的数据输入。索引可以创建或删除，但不会影响数据。 唯一索引使用唯一索引不仅是为了性能，同时也为了数据的完整性。唯一索引不允许任何重复的值插入到表中。
79810编辑于 2023-11-28 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（下)
安装前准备 执行安装前需要准备以下文件： 1，mimic数据导入脚本。 2，mimiciv数据文件。 mimic数据导入脚本可以在官方的github网址上下载，网址为： https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main。 mimiciv数据文件需要在官网申请权限才可以下载使用，不知道怎么申请的同学，可以参考小编以前的文章： MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上） MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（下） 安装脚本介绍 ，通过7z加载mimiciv数据，其中mimic_data_dir为mimiciv数据存放路径 # 设置mimic数据存放路径 \set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data /mimic-iv-2.2' # 加载数据 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sq 数据导入过程会比较漫长
2.1K31编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（上）
安装前准备 安装mimic数据库前，我们需要先准备以下工具： 1，postgres数据库安装包； 2，7z安装包； 3，mimiciv数据安装脚本； 4，mimiciv数据集； 为了方便同学们学习，小编已经把上述需要的软件已经整理好了 ，关注“科研收录”公众号，后台回复"mimic安装"就可以获取下载地址。 安装Postgres数据库 mimic官方推荐使用postgres数据库进行数据分析。 安装7z解压缩软件 因为mimiciv数据非常大，压缩包就有8G，导入完数据后将近100G，不能直接将数据导入数据库，需要使用到7z解压缩工具进行数据解压导入。 双击7z安装文件 选择7z安装目录（记住这个目录，后面设置环境变量要用） 点击"Install"，很快就安装完毕 02 设置环境变量 安装完7z之后，还需要设置7z的环境变量，才可以使用7z进行mimic
1.6K41编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库，常用查询指令SQL基础(一)
SELECT 语句 SELECT 语句用于从数据库中选取数据。 结果被存储在一个结果表中，称为结果集。 SQL SELECT 语法 SELECT column1, column2, ... （去重） 我们平时在操作数据时，有可能出现一种情况，在一个表中有多个重复的记录，当提取这样的记录时，DISTINCT 关键字就显得特别有意义，它只获取唯一一次记录，而不是获取重复记录。 ，就可以在 SELECT 语句中添加 WHERE 子句，从而过滤掉我们不需要数据。 语法 以下是 SELECT 语句中使用 WHERE 子句从数据库中读取数据的通用语法： SELECT column1, column2, columnN FROM table_name WHERE [condition1 示例 BETWEEN BETWEEN 操作符选取介于两个值之间的数据范围内的值。这些值可以是数值、文本或者日期。
98940编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（上）
安装前准备 安装mimic数据库前，我们需要先准备以下工具： 1，postgres数据库安装包； 2，7z安装包； 3，mimiciv数据安装脚本； 4，mimiciv数据集； 为了方便同学们学习，小编已经把上述需要的软件已经整理好了 ，关注“科研收录”公众号，后台回复"mimic安装"就可以获取下载地址。 安装Postgres数据库 mimic官方推荐使用postgres数据库进行数据分析。 安装7z解压缩软件 因为mimiciv数据非常大，压缩包就有8G，导入完数据后将近100G，不能直接将数据导入数据库，需要使用到7z解压缩工具进行数据解压导入。 双击7z安装文件 选择7z安装目录（记住这个目录，后面设置环境变量要用） 点击"Install"，很快就安装完毕 02 设置环境变量 安装完7z之后，还需要设置7z的环境变量，才可以使用7z进行mimic
94560编辑于 2023-07-21 - 来自专栏从百草园到三味书屋
公开重症监护数据库MIMIC代码仓库介绍
； 该文介绍MIMIC代码仓库，介绍与重症相关概念的导出以及相关假设条件等； 公开数据已经逐渐有了，公开相应的数据代码同样重要。 代码仓库详情 Concepts 从电子病历中提取重要概念的代码。 with in-hospital mortality for hemodynamically stable patients with respiratory failure aline.ipynb提取数据 补充 代码库地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code 之前以MIMIC-III为主，现在mimic-iii和mimic-iv合并在一起了 mimic数据库为了让研究者访问更加方便 ，很大一个改变是部署在云上比如google的云平台，云平台上需要big query语法来访问，所以现在代码库关于数据提取的代码更新以big query为主，需要通过脚本转化为适合postgres语法 Open
2.1K10编辑于 2023-03-09 - 来自专栏往期博文
【数据挖掘】任务2：医学数据库MIMIC-III数据处理
plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei'] # 解决中文字体下坐标轴负数的负号显示问题 plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False 数据提取 提取LABEVENTS表格中PO2和PCO2数据 # 根据采集时间来读取数据 df = pd.read_csv('mini_label_events.csv', index_col='CHARTTIME 23765 193447.0 2200-05-09 02:24:00 4673 38.0 44.0 70646 NaN 2201-01-25 12:23:00 4673 rows × 5 columns 提取 rows × 5 columns 最小采集时间的间隔 # 根据病人ID和不同住院时间的ID进行分组 group = a1.groupby(["SUBJECT_ID", "HADM_ID1"]) # 提取采集时间大于 tem_list = [] for key, item in group['采集时间']: if item.count() > 1: tem_list.append(item) # 提取各组的所有采集时间间隔
2.4K20编辑于 2022-09-01 - 来自专栏Seebug漏洞平台
MIMIC Defense CTF 2019 final writeup
如果用户名被直接拼接到了数据库名字中，将.转化为_， ./dbs/mimic_{username}.db 直接访问相应的路径，就可以下载到自己的 db 文件，直接本地打开就可以看到其中的数据。 数据库里很明显由 filename 做主键，后面的数据是序列化之后的字符串，主要有两个点，一个是 file_type ，这代表文件上传之后，服务端会检查文件的类型，然后做相应的操作，其次还会保存相应的文件路径 抛开这边的数据库以后，我们再从黑盒这边继续分析。 当你上传文件的时候，文件名是 md5(全文件名)+最后一个.后的后缀拼接。 对于后缀的检查，如果点后为 ph 跟任何字符都会转为 mimic 。 于是只能思考别的利用方式，这时候我们会想到数据被储存在sqlite中。 如果我们可以把 sqlite 文件中数据修改，然后将文件上传到服务端，我们不就能实现任意文件读取吗。
1.2K20发布于 2019-06-02 - 来自专栏cuijianzhe
表格数据提取
code += all_char[num] res = ''.join(code) return res def get_carNum(): ''' 提取并添加站点名称 func in case_list: url_img = get_url(func) Download(url_img, car_name) ---- 标题：表格数据提取
2K10编辑于 2022-06-14 - 来自专栏python3
JSON数据提取
JSON在数据交换中起到了一个载体的作用，承载着相互传递的数据。JSON适用于进行数据交互的场景，比如网站前台与后台之间的数据交互。 json模块是Python自带的模块，Python3 中可以使用 json 模块来对 JSON 数据进行编解码： json.dumps(): 对数据进行编码。 json.loads(): 对数据进行解码。 ? Python 数据类型编码为 JSON数据类型： Python JSON dict object list, tuple array str string int, float, int- & float-derived Enums number True true False false None null JSON数据类型 解码为 Python 数据类型： JSON Python object dict array
2.8K10发布于 2020-01-19 - 来自专栏Dimples开发记
数据提取-PyQuery
# 1. pyquery # 1.1 介绍 如果你对CSS选择器与Jquery有有所了解，那么还有个解析库可以适合你--Jquery 官网 (opens new window)https://pythonhosted.org/pyquery/ # 1.2 安装 pip install pyquery # 1.3 使用方式 # 1.3.1 初始化方式 字符串 from pyquery import PyQuery as pq doc = pq(str) print(doc(tagna
1K30编辑于 2022-12-21 - 来自专栏Dimples开发记
数据提取-XPath
官网 (opens new window) http://lxml.de/index.html
1.9K20编辑于 2022-12-21 - 来自专栏Dimples开发记
数据提取-JsonPath
JSON与JsonPATH JSON(JavaScript Object Notation) 是一种轻量级的数据交换格式，它使得人们很容易的进行阅读和编写。同时也方便了机器进行解析和生成。 适用于进行数据交互的场景，比如网站前台与后台之间的数据交互。 JSON和XML的比较可谓不相上下。 Python 中自带了JSON模块，直接import json就可以使用了。 JSON json简单说就是javascript中的对象和数组，所以这两种结构就是对象和数组两种结构，通过这两种结构可以表示各种复杂的结构 对象：对象在js中表示为{ }括起来的内容，数据结构为 { key key为对象的属性，value为对应的属性值，所以很容易理解，取值方法为 对象.key 获取属性值，这个属性值的类型可以是数字、字符串、数组、对象这几种 数组：数组在js中是中括号[ ]括起来的内容，数据结构为 Python中的json模块 json模块提供了四个功能：dumps、dump、loads、load，用于字符串 和 python数据类型间进行转换 # 3.1 json.loads() 把Json格式字符串解码转换成
1.6K20编辑于 2022-12-21 - 来自专栏mimic数据库
Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化
之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据： 这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析， 所以我们这里讲解下： 如何用python语言连接我们装好的数据库 ，并做简单的数据可视化（图表展示） 本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本 ， 不同之处在于两点 数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式 ， 我们这里连接数据 数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新 数据来源：PostgreSQL数据库 前置条件， 学会安装python环境、anconda代码包集成环境 # # 设置查询语句# # 我们选择从mimiciv_hosp.admissions表中提取hadm_id等于10006的行。 三、 小结 在这篇项目中，我们使用python连接数据库方式来获取MIMIC数据库的数据，给出了一些SQL查询的应用例子，以及数据集的探索尝试； 然后基于获取到的数据集，我们利用pandas函数来对数据集进行操作
1K10编辑于 2023-12-12
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