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MIMIC数据库安装保姆级教程（上）
安装前准备 安装mimic数据库前，我们需要先准备以下工具： 1，postgres数据库安装包； 2，7z安装包； 3，mimiciv数据安装脚本； 4，mimiciv数据集； 为了方便同学们学习，小编已经把上述需要的软件已经整理好了 ，关注“科研收录”公众号，后台回复"mimic安装"就可以获取下载地址。 安装Postgres数据库 mimic官方推荐使用postgres数据库进行数据分析。 双击7z安装文件 选择7z安装目录（记住这个目录，后面设置环境变量要用） 点击"Install"，很快就安装完毕 02 设置环境变量 安装完7z之后，还需要设置7z的环境变量，才可以使用7z进行mimic 管理postgres服务 postgres数据库安装成功后，默认就会启动，我们也可以手动控制数据库的启动与关闭。
1.6K41编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（下)
mimiciv数据文件需要在官网申请权限才可以下载使用，不知道怎么申请的同学，可以参考小编以前的文章： MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上） MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（下） 安装脚本介绍 01 创建数据库 打开psql 在psql中执行以下代码创建mimiciv数据库 #创建mimic数据库 DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv; CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres; 02 创建表 执行以下语句创建表，注意：windows系统下脚本目录请使用正斜杠 #切换到mimiciv数据库 \c mimiciv #生成表，create.sql ，通过7z加载mimiciv数据，其中mimic_data_dir为mimiciv数据存放路径 # 设置mimic数据存放路径 \set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data /mimic-iv-2.2' # 加载数据 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sq 数据导入过程会比较漫长
2.1K31编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库，常用查询指令SQL基础(一)
SELECT 语句 SELECT 语句用于从数据库中选取数据。 结果被存储在一个结果表中，称为结果集。 SQL SELECT 语法 SELECT column1, column2, ... 语法 以下是 SELECT 语句中使用 WHERE 子句从数据库中读取数据的通用语法： SELECT column1, column2, columnN FROM table_name WHERE [condition1
98840编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（上）
安装前准备 安装mimic数据库前，我们需要先准备以下工具： 1，postgres数据库安装包； 2，7z安装包； 3，mimiciv数据安装脚本； 4，mimiciv数据集； 为了方便同学们学习，小编已经把上述需要的软件已经整理好了 ，关注“科研收录”公众号，后台回复"mimic安装"就可以获取下载地址。 安装Postgres数据库 mimic官方推荐使用postgres数据库进行数据分析。 双击7z安装文件 选择7z安装目录（记住这个目录，后面设置环境变量要用） 点击"Install"，很快就安装完毕 02 设置环境变量 安装完7z之后，还需要设置7z的环境变量，才可以使用7z进行mimic 管理postgres服务 postgres数据库安装成功后，默认就会启动，我们也可以手动控制数据库的启动与关闭。
94360编辑于 2023-07-21 - 来自专栏从百草园到三味书屋
公开重症监护数据库MIMIC代码仓库介绍
； 医疗领域进入数字化革命（本文是2017年接收），引出形成MIMIC-III数据库； EHR二次分析需要临床专家和数据科学家的合作，在EHR数据库上推导或者定义一些概念是需要资源的，对于没有特别强的临床背景或者数据科学技能的人来说巨大障碍 可重复的示例研究或者教程 Community 建立公开讨论便于社区成员贡献 概念concepts 代码库中常用的概念 疾病严重程度评分Severity of illness scores 在回顾性数据库中难以计算 to selecting a study cohort an outline of the data-capture process 社区 让研究人员和数据维护人员、临床人员共同提升代码 结论 公开数据库的案例已经不少 ，为了让研究更加透明，也需要公开相应数据分析和数据处理的代码 补充 代码库地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code 之前以MIMIC-III为主，现在mimic-iii 和mimic-iv合并在一起了 mimic数据库为了让研究者访问更加方便，很大一个改变是部署在云上比如google的云平台，云平台上需要big query语法来访问，所以现在代码库关于数据提取的代码更新以
2.1K10编辑于 2023-03-09 - 来自专栏yuezhimi
ceph-mimic版
Infernalis November 2015 - June 2016 Jewel 10.2.9 2016年4月 Kraken 11.2.1 2017年10月 Luminous 12.2.12 2017年10月 mimic 13.2.7 2018年5月 nautilus 14.2.5 2019年2月 mimic新版本特性 Bluestore ceph-osd的新后端存储BlueStore已经稳定，是新创建的OSD yum.repos.d/ceph.repo [Ceph] name=Ceph packages for $basearch baseurl=http://mirrors.aliyun.com/ceph/rpm-mimic gpgcheck=0 priority=1 [Ceph-noarch] name=Ceph noarch packages baseurl=http://mirrors.aliyun.com/ceph/rpm-mimic mimic版 (nautilus版) dashboard 安装。
1.1K21发布于 2020-09-30 - 来自专栏mimic数据库
Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化
之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据： 这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析， 所以我们这里讲解下： 如何用python语言连接我们装好的数据库 ， 我们这里连接数据 数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新 数据来源：PostgreSQL数据库 前置条件， 学会安装python环境、anconda代码包集成环境 、ide编辑器（本期文章） 一、 连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包 主要三种方式 Pycharm编辑器 嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境 也可用命令行工具 "# 密码,用你自己创建的密码query_schema = 'set search_path to '+schema_name+';' 连接PostgreSQL的mimic数据库 pg_conn = psycopg2 三、 小结 在这篇项目中，我们使用python连接数据库方式来获取MIMIC数据库的数据，给出了一些SQL查询的应用例子，以及数据集的探索尝试； 然后基于获取到的数据集，我们利用pandas函数来对数据集进行操作
1K10编辑于 2023-12-12 - 来自专栏往期博文
【数据挖掘】任务2：医学数据库MIMIC-III数据处理
这是因为在病人的电子图上显示实验室值是可取的，因此这些值是从存储实验室值的数据库复制到存储chartevent的数据库中。
2.4K20编辑于 2022-09-01 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明
一、MIMIC IV数据库简介 MIMIC数据库就是一个可为临床研究者提供临床数据的利器。 另外，MIMIC是一个公开数据库，所有患者的信息都经过脱敏处理，发文不需要临床伦理审查。 以下各类疾病都有涉及： 二、数据库样本量 MIMIC 数据库目前已经产生了MIMIC Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ三个版本 MIMIC数据库包含了BIDMC所有内外科ICU患者的数据，数据团队为保护患者隐私，对患者信息进行去标识化处理 MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些改进，包括数据更新和部分表格重构，收集了 2008至2019年BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。 ): 所有文本报告，出院、超声、心电、影像等报告 五、官网及数据库下载网址 官方介绍见 MIMIC官方网站 : https://mimic.mit.edu/ MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV
10.3K70编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化
之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据： 这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析， 所以我们这里讲解下： 如何用python语言连接我们装好的数据库 ， 我们这里连接数据 数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新 数据来源：PostgreSQL数据库 前置条件， 学会安装python环境、anconda代码包集成环境 、ide编辑器（本期文章） 一、 连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包 主要三种方式 Pycharm编辑器 嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境 也可用命令行工具 "# 密码,用你自己创建的密码query_schema = 'set search_path to '+schema_name+';' 连接PostgreSQL的mimic数据库 pg_conn = psycopg2 三、 小结 在这篇项目中，我们使用python连接数据库方式来获取MIMIC数据库的数据，给出了一些SQL查询的应用例子，以及数据集的探索尝试； 然后基于获取到的数据集，我们利用pandas函数来对数据集进行操作
81710编辑于 2023-12-12 - 来自专栏Seebug漏洞平台
MIMIC Defense CTF 2019 final writeup
如果用户名被直接拼接到了数据库名字中，将.转化为_， ./dbs/mimic_{username}.db 直接访问相应的路径，就可以下载到自己的 db 文件，直接本地打开就可以看到其中的数据。 数据库里很明显由 filename 做主键，后面的数据是序列化之后的字符串，主要有两个点，一个是 file_type ，这代表文件上传之后，服务端会检查文件的类型，然后做相应的操作，其次还会保存相应的文件路径 抛开这边的数据库以后，我们再从黑盒这边继续分析。 当你上传文件的时候，文件名是 md5(全文件名)+最后一个.后的后缀拼接。 对于后缀的检查，如果点后为 ph 跟任何字符都会转为 mimic 。
1.2K20发布于 2019-06-02 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标
小编今天以提取患“肺栓塞”患者的实验室指标为例子，教大家如何提取mimiciv数据库的实验室指标。 提取的最终结果如下：02操作步骤第一步，因为mimic中的疾病数据是根据icd编码查找的，所以我们需要先找出“肺栓塞”对应的icd编码，从下表可以看出肺栓塞的icd编码大部分都是以“415“开头的第二步
1.4K70编辑于 2023-07-21 - 来自专栏csdn_blog
MIMIC III数据集详细介绍
概述 多参数智能监测数据库（ＭＩＭＩＣ－ＩＩＩ）是一个免费开放的、公共资源的重症监护室研究数据库。 该数据库于２００６年由美国麻省理工学院计算生理学实验室以及贝斯以色列迪康医学中心（ＢＩＤＭＣ）和飞利浦医疗共同发布，吸引了越来越多的学术界和工业界的研究人员采用该医疗数据库从事医疗研究。 数据集ＭＩＭＩＣ数据库从发布到现在，随着更多数据变得可用，数据导入和提取方法的改进，以及数据库维护人员一直根据社区提供的数据库内容的反馈定期更新数据集，因此ＭＩＭＩＣ数据集有多个版本，目前最新的版本是２０１６ 该表可在线免费获取，也可由数据库的监护人提供 3. /about/mimic/ 信息资源管理学报 的一篇文章： ＭＩＭＩＣ－ＩＩＩ电子病历数据集及其挖掘研究 陈 静１ 李保萍２ （１．华中师范大学信息管理学院，武汉，４３００７９； ２．武汉大学信息管理学院
4.3K20编辑于 2021-12-07 - 来自专栏LoRexxar's Blog
wctf2018 cyber mimic defence Writeup
本身使用战争与分享赛制，却要求了每队必须出一道windows题目，大部分人都选择了内核驱动级别的re和pwn，只有LCBC出的“拟态防御”和智能合约审计可以一做，关于智能合约的部分有机会会再分享，这里只研究一下mimic cyber mimic defence 代码挺简单的，flask完成，主要的功能几乎只有登陆注册，功能核心基本都在user类中，而调用到user类的view只有登陆部分，所以漏洞也就是在这里。 ，然后不同的数据库会对应不同的闭合符号，在每次查询时都会向4个数据库同时查询，然后对比返回结果，只有3种以上相同的结果才会被返回。 我们有两个办法解决这个问题 1、找到至少3种数据库都支持的查询方式 2、只攻击其中1种数据库 这里我们很难找到支持第一种办法的注入方式，因为在不同的数据库中，储存表名列名字段的都是不同位置，我们最多只能使用最普通的 那么我们果断是由第二种方式，既然我们的每次查询都会进数据库，那么我们直接时间盲注就好了，有个问题在于，比如mysql，我们需要处理单双引号闭合方式不同的问题，当闭合方式不同时，我们就没办法获得数据了。
42230编辑于 2023-02-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV表结构详解（一）
之前我们在介绍mimic数据库时候有简单讲过表结构，可以看这篇文章MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明今天我们详细讲解下mimic-iv数据库的主要模块，以及各个模块的内容、模块内数据表各个字段的含义 MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标因文章较长且微信展示表格不太友好，本文提供pdf版本，公众号回复 “表结构详解01”一、 MIMIC数据档案MIMIC-IV 被分成“模块”以反映数据的来源。 这些是事件表，在结构上与 MIMIC-III（图表事件等）相同④ed – 来自急诊科的数据⑤cxr – 从 MIMIC-CXR 查找表和元数据，允许链接到 MIMIC-IV⑥note – 去识别的自由文本临床笔记 在利用 MIMIC-IV数据库进行研究时，往往需要运用sql语言对多个数据库进行连接，连接的基础一般就是这三个字段三、HOSP该模块包含来自医院范围的电子病历的数据。
4.5K10编辑于 2023-11-17 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV-ED数据集介绍
MIMIC-IV-ED v2.2 Abstract MIMIC-IV-ED 是一个大型的免费数据库，记录了2011年至2019年间急诊部门(ED)贝斯以色列女执事医疗中心的入院情况。 MIMIC-IV-ED 旨在通过提供一个大型的数据库来支持急诊护理中的数据分析，该数据库位于马萨诸塞州波士顿的一个三级学术医疗中心。 可以使用任意数量的软件程序(包括关系数据库管理系统)来分析 MIMIC-IV-ED。将 MIMIC-IV-ED 加载到 PostgreSQL 的代码是在一个开放源码库中提供的[8,9]。 我们进一步在基于云的数据库服务(包括 Google BigQuery)中提供 MIMIC-IV-ED，允许有资质的调查人员立即使用该数据集。 Data Linkage MIMIC-IV-ED 可以作为一个独立的研究数据库使用，但也可以链接到 MIMIC-IV 和 MIMIC-CXR [1,3]。
1.2K10编辑于 2024-01-15 - 来自专栏mimic数据库
手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV数据库物化视图
官方的物化视图mimic-iv数据库官方的视图安装脚本可以在官方网站下载，官方地址为：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main/mimic-iv/concepts_postgres ，成功进入postgres数据库。 进入默认数据库后，我们输入命令切换mimic数据库，输入【\c mimiciv】可以看到已经进入了mimiciv数据库，接下来我们继续物化视图，找到刚刚官方提供的两个sql，首先执行第一个sql，postgres-funcitons 输入命令：\i C:/Users/Administrator/Desktop/mimic-code-main/mimic-iv/concepts_postgres/postgres-functions.sql 2.生成物化视图首先，我们切换目录为 C:\Users\Administrator\Desktop\mimic-code-main\mimic-iv\concepts_postgres 执行代码\cd
1.6K10编辑于 2023-11-17 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标
在上一篇数据库提取教程中，小编教大家提取了“肺栓塞”患者的实验室指标，具体步骤可以参考MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标。 在本期数据库提取教程，小编依旧以“肺栓塞”患者为例，教大家如何提取患者的人口统计学指标。 在mimiciv数据库中，患者的人口统计学信息主要分为两部分。 本期小编就教大家如何在mimiciv数据库中获取患者的“年龄”，“身高”，“体重”这几个很重要的指标。 一，获取患者的真实年龄 mimiciv数据库为了保护患者的隐私，并没有直接记录患者的真实年龄，patients表中记录了两个关于年龄的字段： anchor_age：患者相对anchor_year的相对年龄 -- MIMIC中测量身高有两种单位，分别是英寸跟厘米，两种都要统计，最终单位统一转成厘米base_ht AS ( SELECT c.subject_id -- 单位统一转成厘米
1.2K20编辑于 2023-11-17 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV 数据查询加速教程
MIMIC-IV查询加速保姆级教程为什么查询会这么慢？ 一个数据库中的索引与一本书的索引目录是非常相似的。拿汉语字典的目录页（索引）打比方，我们可以按拼音、笔画、偏旁部首等排序的目录（索引）快速查找到需要的字。 基础语法如下：CREATE INDEX index_nameon table_name (conditional_expression);隐式索引隐式索引 是在创建对象时，由数据库服务器自动创建的索引。 | Indexes: "company_pkey" PRIMARY KEY, btree (id) "salary_index" btree (salary)你可以使用 \di 命令列出数据库中所有索引 虽然索引的目的在于提高数据库的性能，但这里有几个情况需要避免使用索引。使用索引时，需要考虑下列准则：索引不应该使用在较小的表上。索引不应该使用在有频繁的大批量的更新或插入操作的表上。
79510编辑于 2023-11-28 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）
mimic数据库中有非常多的指标是需要根据时间计算出来， 跟时间有关的指标都需要通过官方的时间函数进行计算得出MIMIC数据库常用的几个时间计算函数如下 一、DATETIME_DIFF函数1.1 实例： import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport psycopg2schema_name = 'mimic '# 连接到MIMIC-IV数据库conn = psycopg2.connect(dbname='mimiciv', user='postgres', password='mimic', 1.2.2 拓展：等宽直方图直方图（histogram）是数据库中的一种重要的统计信息，可以描述列中的数据分布情况。
1.6K00编辑于 2023-12-12
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