一、下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/复制最新版本链接(64位)登录linux服务器cd ~/biosoftwget 链接二 、安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装成功可见:Thank you for installing Miniconda3!
miniconda 下载搜索miniconda 清华 右键复制下载链接安装miniconda在服务器使用 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 命令下载激活miniconda使用命令 source ~/.bashrcminiconda环境配置使用北外的镜像
Linux中安装和管理软件的教程总结1. Conda的介绍Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda2. 安装Miniconda通过搜索“miniconda 清华”来找到清华大学的Conda镜像网站,以便更快地下载。 使用uname -a确定服务器的位数(64/32),选择相应的Miniconda版本使用cd 路径转到想要安装程序的路径使用wget后接复制下来的下载链接,下载Miniconda安装脚本。 运行下载好的脚本bash Miniconda3-版本号-Linux-x86\_64.sh进行安装遵循提示完成安装,看到Thank you for installing XXX表示成功安装安装完成后,运行 conda环境:conda activate rna-seq在用户名root前面出现了(rna-seq)输入fastqc试试,如果出现一大片信息就可以使用了退出当前环境conda deactivate强调学习Linux
多本数据分析类的图书都是使用Conda作为环境的,这里也安装一下 官方说的很明白,你到底是想安装哪种环境 我觉得minicanda就符合我的要求,轻量+特性 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 这里我是win10,第一个 https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe 复制在迅雷里面进行下载就好 别的软件也行,点上面也可以 加路径了,这里说不推荐加 如果加了有毛病,你可以删除下面的路径复原~ 就是这样,装了这么多的东西 在cmd里面可以先测试一下是不是成功了 C:\Users\yunswj\miniconda3
Anaconda | Miniconda概述 Anaconda概述 Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版,支持 Linux, Mac, Windows系统,提供了包管理与环境管理的功能 Miniconda概述 Miniconda,顾名思义,它只包含最基本的内容—python与conda,以及相关的必须依赖项,对于空间要求严格的用户,Miniconda是一种选择。 Anaconda | Miniconda的优点 Anaconda的优点总结起来就八个字:省时省心、分析利器。 Miniconda安装 01 Miniconda官网 https://conda.io/miniconda.html 02 Miniconda开源镜像 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn /anaconda/miniconda/ 03 安装Miniconda 其他选项默认,PATH一定勾选,这样就不需要自己去配置windows环境变量了!!!
场景1:系统本身已经存在了Python2(大多数Linux系统都会自带),但是应用程序运行环境需要Python3,此时使用Miniconda可以在不直接升级系统本身自带的Python2的情况下使用Python3 /Miniconda-3.9.1-Linux-x86_64.sh $ bash Miniconda-3.9.1-Linux-x86_64.sh 根据提示信息一路安装完毕,最后会将miniconda添加到环境变量 # added by Miniconda 3.9.1 installer export PATH="/home/chench/miniconda/bin:$PATH" 说明: 在不同的Linux发行版上安装 安装完毕之后重新登陆系统,查看conda信息: $ conda info Current conda install: platform : linux-64 http://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64/ http://repo.continuum.io/pkgs/pro
生信星球学习笔记基于阿里云服务器召唤出Linux后,接下来我们需要给Linux上装备,本节主要介绍,如何在Linux中安装软件Linux如何安装软件conda 类似应用商店,需先把conda配置上,再在 “应用商店”中安装软件我们主要用的是miniconda如何安装miniconda先搜索资源百度或谷歌搜索“miniconda清华”找到Linux X64最新的miniconda,复制链接通过Linux下载 minicondacd biosoft -- 打开biosoftwget 下载链接注:wget 是Linux的下载命令此时得到的是sh 后缀的脚本,类似安装程序,需要继续安装卡在这里尝试输入 source https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --set show_channel_urls yesminiconda 搞定miniconda
/zipkin-server/target/zipkin-server-*exec.jar Windows下安装zipkin查看:window下载安装zipkin
今天也是记流水账的一天,下载安装了 conda ,了解了一下 conda 环境,今天的任务还挺轻松的,但是让我对linux服务器上的软件安装好像认识得更直观了一点点。 比如一个组每个同学有自己的账号,但是大家的目录都在课题组目录下,组里别的同学下载安装的软件我也能用,这是为什么呢,我们能调用到哪个层级的目录下的软件是取决于什么呀? ://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh--2022-05-11 17:50 -latest-Linux-x86_64.sh’Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 100%[============================== -latest-Linux-x86_64.sh’ saved [75660608/75660608]3.重要步骤之安装输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
三、安装 Miniconda访问 Miniconda 的官方下载页面(https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html ),选择适合您 Linux 系统的版本 (如 64 位的 Linux)。 在终端中使用以下命令下载安装脚本(以下以 Python 3.9 版本为例): wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0 -Linux-x86_64.sh赋予安装脚本执行权限: chmod +x Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh运行安装脚本: . /Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh按照提示进行安装,通常需要您同意许可协议、选择安装路径等。
这里推荐使用 Miniconda下载安装 Miniconda官方文档 - 下载 :https://docs.anaconda.com/miniconda/install/ 方式一:下载安装包安装包地址: https://www.anaconda.com/download/success 支持 Windows、macOS、Linux macOS 在下载 pkg 安装包后,双击安装来安装;安装成功后,将在终端 /Miniconda3-latest-MacOSX-arm64.sh -o ~/miniconda3/miniconda.shbash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u - /miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh -o ~/miniconda3/miniconda.shbash ~/miniconda3/miniconda.sh /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.shbash ~/miniconda3/miniconda.sh
1、Linux软件安装 step1、了解conda--“linux的应用商店” 图片星球 step2、下载conda miniconda是conda的精华版本,里面包含了conda、python和基础包 位最新版本(latest) 复制下载链接:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh 2、下载安装conda的脚本 下载到自己电脑上服务器上 1、登录服务器 2、cd到生物信息软件存放文件夹(我的是biosoft,没有可新建) 可以使用tab键补全 这样更加快捷、准确 3、 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh sh是脚本后缀 这个是用来下载miniconda安装包的脚本 step、3安装miniconda 1、Linux下的安装要运行这句代码(bash+安装脚本) bash Miniconda3-latest-Linux-x86
1 下载安装包1.1 下载 JDK 21官网:https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/JDK 都发展到 26 了,估计不少骨灰级程序员都在使用 我用的是 JDK 21选择 JDK 21,下载 Linux 版本下载后,就是一个 tar.gz 的压缩包1.2 下载 JDK 其它版本如果你要下载其他版本的 JDK,比如下载 JDK 17,页面上找不到 所以暂时就不删了如果你的服务器是第一个安装 JDK,那 /usr/local 目录下可能没有 java 这个目录,那没有就创建一个就行2.2 安装 JDK 21直接拖进来解压缩tar -zxvf jdk-21_linux-x64
本节概览: Linux下RNA-seq环境创建: Ubuntu子系统下载安装、Mniconda3与上游分析软件下载 R下RNA-seq环境创建 R与Rstudio下载安装、Bioconductor与 Linux环境设置 1.1 Linux系统的创建——Ubuntu 运行Linux系统一般使用服务器或者个人电脑的虚拟机(Virtualbox、VMware)和子系统,下面简单介绍Windows子系统的安装配置 ,详细说明请参阅Windows子系统WSL的体验与配置——Ubuntu-22.04 Ubuntu子系统的下载安装 首先在win10中搜索“ 启用或关闭Windows功能 ”,进入该程序,勾选“适用于Linux wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #wget -c https: //repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.
miniconda下载网址https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/bio08@ecm-cefa:~$ cd biosoftbio08 @ecm-cefa:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh进入biosoft目录并且下载安装与激活bio08@ecm-cefa:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装bio08@ecm-cefa
认识Bioconda conda是软件下载器,相当于App store 日常使用mini conda即可miniconda的下载 miniconda的下载 进入清华镜像网站,选择与服务器匹配的版本,复制链接后在服务器内粘贴运行 uname -a 可以查看服务器是多少位 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh (这是最新版64位miniconda的win链接) minnicoda的安装 安装失败,不需要再次下载安装包,从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86 出现跳Y的情况,按CTRL中止运行,不需要删除miniconda文件(rm -rf miniconda)解决跳Y问题后,继续回车 出现 Thank you安装完成结束 miniconda的激活 source ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息,说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install
在生信领域,应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。 2. Miniconda安装 将miniconda安装到biosoft文件夹 ls cd biosoft 搜索引擎搜索“miniconda清华” 进入miniconda清华镜像 找到最新版64位Linux版本 miniconda,复制下载链接 运行 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh 运行bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,期间停顿yes,进入协议点击q退出。 安装和配置Miniconda 激活miniconda source ~/.bashrc 输入命令conda检查是否激活 镜像设置 # 使用北外的镜像 conda config --add channels
Miniconda下载地址: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 查看当前python版本: 下载python3.7版本(不用直接找官网下载配环境变量了
生物软件安装有多种方式,可以直接使用源代码编译,也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件,还可以使用 docker 的方法。 1.1 安装 bioconda cd /ifs1/Software #下载安装: wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #默认目录/root/miniconda3 修改为/ifs1/Software/miniconda3 #by 但由于Linux 系统权限的问题,用户无法使用这个 conda 来安装软件。当自己安装 bioconda 之后,则有权限安装软件。 bwa /share/Software/miniconda3/bin/bwa #激活test环境 (/ifshares1/Software/miniconda3) xiehs 07:45:09 ~ $
Miniconda的下载安装1.下载wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.shLinux2.安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh可以按q跳过内容,遇见yes打“yes”3.配置source ~/.bashrc` 重启bashrc