10X技术的单细胞转录组每个样品最好是有3个fq文件,分别是I1,R1,R2,其中I1理论上也可以抛弃,但是呢,很多情况下,我们同一个样品会有多个R1,R2,因为测序的 时候的上机的安排:
就面临改名的问题...fastq.gz
D_S1_L001_R1_001.fastq.gz
D_S1_L001_R2_001.fastq.gz
这个时候假设我们的 A,B,C,D四个fq文件其实是同一个病人的10x,就需要改名...print(p)
new=paste0(x[1],'_S',s,'_L001_R1_001.fastq.gz')
paste0('mv ',raw," ", new)
})
可以看到,修改名字很成功...学徒专业
使用纯shell脚本完成这个改名操作:
touch {A..X}_S1_L001_R1_001.fastq.gz {A..X}_S1_L001_R2_001.fastq.gz
26个fq文件的样品...,对应的是6个病人,所以修改名字从S字符串开始递增即可。