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seqtk—抽取随机序列

今天我们就来学习一个具体的需求:从FastQ文件随机抽取一定数量的reads 。...其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符来表示,常用于高通量测序数据的存储。最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的标准格式。...它由 Heng Li(李恒,SAMtools、BWA 等工具的作者)开发,广泛应用于序列数据预处理、格式转换、随机抽样等场景。 如何安装 安装非常简单,从Github下载压缩包,解压,编译即可。...# 随机抽取 10000 条 reads(设置随机种子 -s 避免重复) seqtk sample -s 123 SRR23698412_1.fastq.gz 10000 > SRR23698412...(-s 参数),确保配对的 reads 被同步抽取。

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    Java实现随机人名抽取

    - 使用数组、方法、循环等实现人名的随机抽取 ## 前言:         我们今天来写一个随机抽取用户名字的一个小程序,     首先我们思考这个需求他需要的条件,要抽取用户的名     字,...就要先有一个容器,来储存用户名字的数据,其次     要有随机的功能实现,因为要随机,所以还要有一个寻     找的功能,挨个寻找的功能需要循环来实现,再想一下     有寻找,找到了还继续往后找嘛...###### 1.要有一个储存用因为户数据的一个数据库         因为有些小伙伴刚入们没学过数据库,所以这里就     使用动态数组来代替数据库,实现数据库储存数据,查     找数据,打印数据的功能...break;          }          num = (int) (Math.random() * 3);       } //将数组下标设置成随机数,就可以实现人名的随机抽取      ...System.out.println("被抽取的人是" + name[num]);    } } ``` - 代码仅供参考

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    Linux文件随机抽取N行

    有时候需要从大文件中随机抽取N行出来进行模拟,但是用python或者别的语言感觉不太方便,linux下直接分割感觉会更快捷。...一般可以考虑以下的方法: 1. shuf shuf -n100 filename # 从文件中随机选取100行 2. sort sort -R filename | head -n100 -R参数是将文件随机顺序...'\t' '{print $2}' # 假如输出的内容只有一列 awk 'BEGIN{srand()} {print rand()"\t"$0}' filename 这一句话,strand()是设定随机数种子...,必须写在BEGIN中才能正常运行;rand()是产生0到1之间的随机数。...第一列是产生的随机数。sort -nk 1是根据第一列排序,运行后输出: ? 因为种子不一样,所以结果与上图不同。 最后选取想要的行数,然后输出除了第一列的内容就可以了。

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    创建角色随机名字(mysql抽取随机记录)和mysql游标的使用

    1、现在创建游戏角色的时候,基本上都是支持角色名字随机的,以前此功能在客户端用代码实现,然后向服务器请求并验证,后来发现有时候连续几次都失败,所以改成在服务器实现。...实现方法主要考虑使用mysql随机查询记录,在网上查了很多方案,然后用在了我们游戏中。 实现方案是,将所有随机名字都插入到一张表中,然后从中随机取一条当前角色表中没有出现过的名字。...randnum)) LIMIT 1; set returnvalue = 0; END 2、接运营的需求,有时候因为服务器维护,需要给所有玩家送一些东西,这时候涉及离线玩家,所以我们的方案是静态写数据库...因为对mysql没有深入研究过,在实践的过程中发现游标操作只能修改一条数据,后来查了很多资料,还是解决了问题,自己也学到了一点知识,修改后存储过程如下: DECLARE _cursor CURSOR FOR

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    Python随机抽取多个Excel的数据从而整合为一个新文件

    本文介绍基于Python语言,针对一个文件夹下大量的Excel表格文件,基于其中每一个文件,随机从其中选取一部分数据,并将全部文件中随机获取的数据合并为一个新的Excel表格文件的方法。   ...我们希望实现的,就是从每一个Excel表格文件中,随机选取10行数据(第1行数据肯定不能被选进去,因为其为列名;第1列数据也不希望被选进去,因为这个是表示时间的数据,我们后期不需要),并将这一文件夹中全部的...Excel表格文件中每一个随机选出的10行数据合并到一起,作为一个新的Excel表格文件。   ...然后,使用Pandas中的sample()函数随机抽取了该文件中的10行数据,并使用iloc[]函数删除了10行数据中的第1列(为了防止第1列表示时间的列被选中,因此需要删除)。...运行上述代码,我们即可获得数据合并后的文件,且第1列数据也已经被剔除了。   至此,大功告成。

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    数据恢复:AMDU数据抽取恢复

    用户进行存储维护和磁盘添加操作 2.维护后发现CRS无法启动 3.检查发现OCR盘损坏,ASM磁盘组受损 4.经用户反复确认,故障原因是因为误操作磁盘导致的ASM磁盘受损 5.为减少意外,客户请求在不更改配置等的情况下安全抽取数据...从Oracle 11g开始,Oracle提供了一个工具AMDU用于协助诊断,通过这个工具可以在磁盘组加载之前将ASM的元数据抽取出来,用于数据库诊断,这个工具可以向后兼容,引入到10g中。...AMDU的一个重要参数是extract,该参数可以用于从ASM磁盘组中抽取数据文件,以下是AMDU的帮助信息摘录: ? 这个选项可以用于直接从ASM磁盘组中抽取数据文件。...文件分析 由于磁盘组不能Mount,控制文件也无法访问,我们需要首先分析数据库的文件分布情况,进而通过文件的ASM存储序号来进行文件抽取。...根据如上的数据文件和日志文件信息,抽取对应的日志文件和数据文件,创建如下脚本: amdu -extract DG_DATA.282 amdu -extract DG_DATA.278 amdu -

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    零基础VB教程054期:随机抽取不重复的值

    随机抽取不重复 1、假设有个数组n(9) 有十个数,分别存放在n(0)至n(9)中 2、要从n数组中随机抽取一个数,存放到数组m中 3、从n中每次随机抽取一个,重复抽取10次,抽完 4、每次抽取到的值,...都是不同的 5、存储在n数组中的值都是不同的,需要保证每次随机抽取到的值都是不同的 需要考虑如何才能从n中每次随机抽取到不同的值????...1、从n数组中抽取不同的值的时候,只要保证每次抽取到不同的索引值即可 2、如何保证每次抽取到不同的索引?...其实只要考虑每次抽取一个数组索引的时候,每抽取一个,只要将这个值删除,是的数组缩短一个 重申一个关键词 Redim 重新声明,只用这个关键词声明,意味着要清空原来数组 Redim preserve来重新声明后

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    数据抽取的常见理论方法

    ---- 数据抽取是指从源数据源系统抽取需要的数据。实际应用中,数据源较多采用的是关系数据库。总体而言,数据抽取的常见方法有两大类,一是基于查询式的,一是基于日志的。...基于查询式的数据抽取 基于查询式的数据抽取,顾名思义,以从来源库来源表查询数据为主。总体又有几种:触发器方式,增量字段方式,时间戳方式等等。...触发器方式(又称快照式) 在要抽取的表上建立需要的触发器,一般要建立插入、修改、删除三个触发器,每当源表中的数据发生变化,就被相应的触发器将变化的数据写入一个临时表,抽取线程从临时表中抽取数据,临时表中抽取过的数据被标记或删除...当进行数据抽取时,通过比较上次抽取时记录的增量字段值来决定抽取哪些数据。严格意义上讲,增量字段要求必须递增且唯一 。...在源表上含有一个时间戳字段,系统中更新修改表数据的时候,同时修改增量字段的值。当进行数据抽取时,通过比较上次抽取时间与时间戳字段的值来决定抽取哪些数据。

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    原生JS | 随机抽取不重复的数组元素 —— 有没有更好的方法?

    HTML5学堂-码匠:从数组中随机抽取不重复的元素,构成新数组,拥有多种方法,来看看你用的方法性能如何? 效果的功能需求 从一个数组当中,随机抽取数个元素,构成新数组,要求这些元素不能重复。...(即随机获取不重复的数组元素) 相关说明:在此处依照“构思难度”和“性能”两方面出发,提供了四种不同的实现方法。...方法1:较为“传统”的实现方法 基本实现思路 从第二次随机抽取的元素开始,需要将抽取的元素与当前新数组的已抽取元素相比较,如果相同,则重新抽取,并再次执行比较的操作。...方法2:标记法 / 自定义属性法 基本实现思路 当获取新元素时,为该元素添加一个属性标记,再抽取一个元素之后,先判断是否有属性标记,如果已被标记,则说明该元素已被抽取,此时重新抽取。...第二,每次随机数的范围越来越小,数组长度越来越短。 也就是说,我们只要保证当前元素被末尾元素替代,并不断减小随机数范围,“数组长度”和“数组末尾的元素值”是可以忽略的。

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    使用kettle按天抽取数据

    需求背景:    因xx需求要导出数据,研发给到一个A JOIN B JOIN C + dependent query 的复杂查询。直接查询的话,特别慢(可能小时级别都出不来结果)。...分析了下这个查询中,如果在where条件中拼上个驱动表的索引列(例如主键列或者create_time列之类), 可以将join的数据集控制在一个很小的范围内。...1、生成一个按天的序列(可以参考这个方法 http://blog.csdn.net/neweastsun/article/details/43866599) 2、将day传到查询sql中,得到某一个的数据集...3、将step2的数据集写到一个临时的表里面 4、重复执行step2、step3 5、最后将临时表的数据导出 job如下图: 注意的是,中文乱码的问题解决方法: 1、修改数据源的选项,加上字符集设置

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    SQLServer CDC数据迁移和数据抽取功能介绍

    cdc.png 为了满足数据迁移和数据抽取的业务需要,使得有机会在数据库层面上直接实现增量抽取功能,ORACLE综合性能和场景需要,在数据库引擎层面直接集成了CDC功能,由于提供了类似API的功能接口,...变更数据捕获和更改跟踪均不要求在源中进行任何架构更改或使用触发器,所以比第三方工具具有一定的优势。...CDC是在数据库引擎中添加的功能,封装在数据库中,类似于API接口调用,不需要复杂的业务处理逻辑就可以实现DML和DDL的操作监控。 ④ 有一定时延性。...由于捕获进程从事务日志中提取更改数据,因此,向源表提交更改的时间与更改出现在其关联更改表中的时间之间存在内在的延迟。 虽然这种延迟通常很小,但务必记住,在捕获进程处理相关日志项之前无法使用更改数据。

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    Oracle 数据抽取的准备工作

    在进行 Oracle 数据抽取(例如基于 LogMiner 的变更数据捕获)时,需要先做好一系列环境和元数据准备工作,以确保后续抽取正确高效地进行。...提取表列元数据 在抽取数据之前,需要获取目标表的元数据信息,例如列名、数据类型、长度、精度、小数位、可否为空等。...检索这些信息的作用在于:在数据抽取或转储时,需要知道源表的结构才能正确解析和转换每一列的数据类型。...掌握这些键列很重要:在增量抽取时,通常需要根据主键列来区分新旧数据、合并数据;在没有主键的情况下,也可以使用唯一键作为替代,或在抽取程序层面生成伪主键。...正确使用 SCN 能够提高增量抽取的准确性,避免数据不一致。 以上各步骤和 SQL 查询的目的都是为了给 Oracle 数据抽取建立一个正确的前置条件。

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