R t-test 2组，3个重复，每个组有多个值进行比较

Question

我每组有三个样本(副本)。我想使用T检验来比较组之间的值(MappedReadsCPM)。但是，我有4000个值要进行顺序比较(由PeakNumber指定)。下面的代码行很接近，但它并没有告诉R只比较peak_1，然后只比较peak_2，依此类推。

    t.test(MappedReadsCPM~Group, data=subset(data2, Group %in% c("1", "2")))$p.value

我不想打印4000个p值-理想情况下，我可以将它们添加到数据帧中。

    pvalues <- t.test(MappedReadsCPM~Group, data=subset(data2, Group %in% c("1", "2")))$p.value

data2

PeakNumber Sample   Group   MappedReadsCPM
peak_1  A   1   43.53819
peak_2  A   1   49.20722
peak_3  A   1   38.54943
peak_4  A   1   99.09472
peak_1  B   2   105.21728
peak_2  B   2   42.63114
peak_3  B   2   78.00591
peak_4  B   2   74.37773
peak_1  C   2   509.30606
peak_2  C   2   101.36234
peak_3  C   2   25.17051
peak_4  C   2   32.8804
peak_1  D   1   35.37478
peak_2  D   1   89.11722
peak_3  D   1   112.24688
peak_4  D   1   386.40139
peak_1  E   3   631.07692
peak_2  E   3   162.58791
peak_3  E   3   46.93961
peak_4  E   3   56.69035
peak_1  F   2   38.7762
peak_2  F   2   261.45587
peak_3  F   2   43.99171
peak_4  F   2   72.11012
peak_1  G   1   118.5962
peak_2  G   1   250.1178
peak_3  G   1   84.35
peak_4  G   1   386.40139

Answer 1

您可以使用sapply遍历数据中的所有唯一峰值，并将数据子集到该特定峰值：

pvalues <- sapply(unique(data2$PeakNumber), function(peak){
  t.test(MappedReadsCPM~Group, data=subset(data2, Group %in% c("1", "2") & PeakNumber == peak))$p.value
})

Answer 2

在您的数据中，似乎不能为Group == 3运行测试。因此，我首先对数据进行子集，以仅保留组1和组2。

df_12 <- subset(df1, Group != 3)

现在通过PeakNumber执行split，然后对测试执行lapply。输出是测试结果的列表。

sp <- split(df_12, df_12$PeakNumber)

t_list <- lapply(sp, function(DF){
  t.test(MappedReadsCPM ~ Group, data = DF)
})

这将从上面的结果中提取p值。

pvals <- sapply(t_list, '[[', 'p.value')

pvals
#   peak_1    peak_2    peak_3    peak_4 
#0.4105493 0.9526529 0.3357703 0.1348856 

最后一次清理。

rm(df_12, sp)