使用RDkit的复合分类

Question

如何使用RDkit或其他库对化合物进行计算分类？例如，如何辨别一种化合物是卤化物、胺还是醇？对于这类任务，RDkit有内置的函数吗？

Answer 1

没有简单的方法可以做到这一点，但是有一些技巧可以用来对化合物进行分类。rdkit中有一个模块，它可以提供片段的数量，特别是当它是一个函数组时。请查看here。举个例子，假设你想要找出分子中的脂肪族-OH基团的数量。您只需调用以下函数即可完成此操作

from rdkit.Chem.Fragments import fr_Al_OH
fr_Al_OH(mol)

或者，下面将返回芳香-OH基团的数量：

from rdkit.Chem.Fragments import fr_Ar_OH
fr_Ar_OH(mol)

同样，还有83个以上的函数可用。它们中的一些对您的任务很有用。所以你可以迭代所有的83个函数，只要这个值大于或等于1，你就可以说这个分子有这个官能团。例如，如果fr_Al_OH(mol)返回值>= 1，则意味着该化合物是酒精。