将多Nexus文件转换为多个结点文件

Question

我有一个包含447个基因的Nexus文件，但我需要447个单独的Nexus文件(每个基因一个)有人知道怎么做吗？

编辑:我尝试使用bioPython，但是每个文件只支持一种对齐方式。

Answer 1

如果你所说的基因是指序列，那么我可以给你一个命题。可以将nexus文件另存为fasta文件，然后可以读取每个序列并将其保存到fasta文件(这更适合于保存序列)。以下是代码

import os
from Bio.Nexus.Nexus import Nexus
from Bio import SeqIO

if __name__ == '__main__':
    # Read the nexus file
    with open('test.nexus', 'r') as fh:
        N = Nexus()
        N.read(fh)
        N.export_fasta('seqs.fasta') # Export to temp .fasta file

    # Read all sequences
    seqs = [record for record in SeqIO.parse('seqs.fasta', 'fasta')]
    # Write every seq to "sequence_name".fasta file
    for seq in seqs:
        SeqIO.write(seq, handle = f'{seq.name}.fasta', format = 'fasta')
    # Remove unnecessary temp file.
    os.remove('seqs.fasta')

结果是包含单个序列的fasta文件。