如何在R中创建全基因组读取密度图(针对细菌基因组)

Question

我有一个数据帧(pLog)，其中包含针对大肠杆菌基因组(4.6MB)进行的chip-seq实验的每个核苷酸的读取次数。我希望能够在X轴上绘制染色体位置，在Y轴上绘制读取次数。为了简单起见，我将数据放在100个基点的窗口中。这使得数据帧具有46,259行和2列。其中一列名为" position“，有一个代表染色体位置的数字(1,101,201，...)另一列被命名为"values“，并且包含在该bin上找到的读取次数，例如(210,511,315，...)。我一直在使用ggplot进行所有的分析，如果可能的话，我想把它用在这个图上。

我试着让图表看起来像这样：

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但我还没能画出来。

下面是我的数据的样子

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我试过了

ggplot(pLog,aes(position))+ 
geom_histogram(binwidth=50)
ggsave(file.jpg)

看起来是这样的:(

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非常感谢！

Answer 1

您不能使用geom_histogram()，请尝试使用geom_line：

pLog=data.frame(position=seq(1,100000,by=100),
value=rnbinom(10000,mu=100,size=20))
ggplot(pLog,aes(x=position,y=value))+geom_line(alpha=0.7,col="steelblue")

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最有可能的情况是，您需要尝试以获得所需的可视化效果