如何将行名分配给数字矩阵，以便它们可以显示在热图上？

Question

所以我正在尝试使用ComplexHeatmap package创建一个热图，我的数据的第一列是物种名称，例如“志贺氏菌”和接下来的8列以其样本id为标题，表示每个物种在样本中被观察到的次数(以数值表示)。

要创建一个热图，我需要一个数字矩阵，所以我像这样获取my_matrix <- as.matrix(my_data[,c(2:9)])，获取除第一个包含字符值的列之外的所有列，然后通过species_name <- as.data.frame(my_data$species_name)将物种名称存储为单独的数据帧，然后尝试使用rownames函数将物种名称分配回相应的行以显示在热图中，但显然这不起作用。简单的示例如下所示：

Heatmap(my_matrix, rownames(species_name), show_row_names = TRUE) 

我没有得到任何警告或错误，热图出现在绘图部分，但仍然没有分配行名，如下图所示，最后我的问题是如何正确分配它们？

我希望我的物种名称显示为行名，例如"Shigella" instead of "row 1", "Salmonella" instead of "row 2", etc.

Answer 1

你可以试试-

my_matrix <- as.matrix(my_data[,c(2:9)])
rownames(my_matrix) <- my_data$species_name
Heatmap(my_matrix, show_row_names = TRUE)