netcdf4-python:读取变量存储参数

Question

我正在尝试手动将NetCDF文件的所有维度、变量和属性复制到新文件中。就像在copy netcdf file using python中一样，除了'fill_value‘或’chunksize‘这样的存储参数之外，它工作得很好。在ncdump -sch中，这些参数显示时带有前导下划线(_)：

    float var1(time, lat, lon) ;
        var1:_FillValue = NaNf ;
        var1:grid_mapping = "crs" ;
        var1:unit = "m" ;
        var1:_Storage = "chunked" ;
        var1:_ChunkSizes = 1, 14, 146 ;
        var1:_DeflateLevel = 9 ;
        var1:_Shuffle = "true" ;
        var1:_Endianness = "little" ;

在createVariable中，我可以为新变量设置这些参数，但是如何使用netcdf4-python模块从现有文件中获取像'fill_value‘或’chunksize‘这样的参数呢？读取这些参数的语法是什么？

Answer 1

有关块大小的信息，可以对变量使用chunking()方法。不幸的是，看起来您只能在_FillValue被设置为非默认值时才能访问它：

from netCDF4 import Dataset
import numpy as np

nc = Dataset('data.nc', 'w')
nc.createDimension('t', 10)
var = nc.createVariable('temp', 'f', ('t',), fill_value=80)
var[:] = np.arange(10)
nc.close()

nc_read = Dataset('data.nc')
temp = nc_read.variables['temp']
print(temp.chunking())
print(temp._FillValue)

所以现在看起来处理填充值的最简单的方法是：

fill = getattr(temp, '_FillValue', mydefaultvalue)

可能值得在GitHub上上游打开一个问题。

Answer 2

谢谢你，这真是太棒了！我现在已经解决了对未定义的_FillValue的处理，如下所示：

try: fillVal = variable._FillValue
except: fillVal = netCDF4.default_fillvals[str(variable.dtype.kind)+str(variable.dtype.itemsize)]

看起来有点复杂，但是对于default_fillvals的预期输入，dtype似乎没有输出格式方法