在Sagemaker Jupyter NoteBook实例上安装RODBC或ODBC时出错

Question

我一直在尝试从Sagemaker Jupyter Notebook实例建立到Teradata的连接。我试着用R Studio的方式来做这件事。但是当我试图在实例中安装包时，我得到了一个非零的退出状态错误。

我已经尝试了以下安装方式：

remotes::install_github() 

或

devtools::install_github()

还有：

install.packages('odbc', repo="https://cran.rstudio.com/")

我对RODBC进行了同样的尝试，得到了同样的警告或错误。

关于如何解决这个问题，有什么建议吗？

提前谢谢。

更新:如果我运行这行代码：

devtools::install_github("r-dbi/odbc")`

我得到以下错误(这只是一个摘录)：

Error: Failed to install 'odbc' from GitHub:
  System command error, exit status: 1, stdout + stderr (last 10 lines):
E> ** testing if installed package can be loaded from temporary location
E> Error: package or namespace load failed for ‘odbc’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
E>  unable to load shared object '/tmp/RtmpBuMhbW/Rinst32846cdd20a9/00LOCK-odbc/00new/odbc/libs/odbc.so':
E>   libodbc.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
E> Error: loading failed
E> Execution halted
E> ERROR: loading failed
E> * removing ‘/tmp/RtmpBuMhbW/Rinst32846cdd20a9/odbc’
E>       -----------------------------------
E> ERROR: package installation failed
Traceback:

Answer 1

好吧，在阅读了几个小时的AWS/Sagemaker/Conda/R文档后，我得出了这样的结论:我不知道如何解释这些现象。

尽管如此，我还是找到了一个变通办法！

因此，我们知道如何通过Jupyter终端或直接从.ipynb文件中的单元安装包。尽管如此，如果您尝试在R内核中运行这些命令，就像在终端上或在Python内核中一样，您将会遇到错误。

此外，对于某些人来说，将其安装在终端上，甚至安装在Python内核上，可能只会让conda在不同的环境中安装该软件包。是的，原来您的Jupyter实例上有几个环境。

因此，正如我所说的，为了达到目的，您应该使用conda install命令，而不是pip、sudo或yum命令。

让你的生活更轻松。下面是你需要在你的R内核单元上运行的代码，如果，install.packages()和install_github()不工作，你需要直接将一个包安装到正确的环境中：

system(command = 'conda install -c r packageName --yes')

示例：

system(command = 'conda install -c r tidyverse --yes')

就是这样。在此之后，您可以调用library()并恢复您的R工作流。

希望这对大家有帮助！