当所有值都在R中数据帧的同一列中时，计算百分比

Question

我有以下数据框

x <- data.frame("treatment"= c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2), 
              "Time" = c(0, 30, 60, 180, 0, 30, 60, 180), 
              "cells_alive" = c(500, 470, 100, 20, 476, 310, 99, 2))

在这个实验中，我有两个处理，我测量了随着时间的推移活细胞的数量。时间0的细胞数量是该处理的初始细胞数量。我需要计算新列中每个时间的细胞存活百分比。因此，在处理1的情况下，它将是500/500,470/500,100/500等等。你知道怎么计算这个吗？

谢谢

Answer 1

require(tidyverse)

x %>% 
left_join(x %>% select(treatment, cells_alive) %>% 
group_by(treatment) %>% 
top_n(1) %>% 
ungroup(), by = "treatment") %>% 
mutate(cells_alive_per = cells_alive.x/cells_alive.y)

Answer 2

使用data.table

library(data.table)
setDT(x) #converting x to data.table 
x[,.(Time, value = cells_alive / cells_alive[which(Time == 0)]),treatment]

#output
   treatment Time       value
1:         1    0 1.000000000
2:         1   30 0.940000000
3:         1   60 0.200000000
4:         1  180 0.040000000
5:         2    0 1.000000000
6:         2   30 0.651260504
7:         2   60 0.207983193
8:         2  180 0.004201681

Answer 3

在发布了dplyr和data.table版本之后，为了完整起见，这里有一个不需要安装包的版本：

stack(tapply(x$cells_alive, x$treatment, function(ca) ca / ca[1] ))

这给了我们

> stack(tapply(x$cells_alive, x$treatment, function(ca) ca / ca[1] ))
       values ind
1 1.000000000   1
2 0.940000000   1
3 0.200000000   1
4 0.040000000   1
5 1.000000000   2
6 0.651260504   2
7 0.207983193   2
8 0.004201681   2