在if/then语句中使用shell变量时出现awk语法错误

Question

我试图让以下代码正常工作，但我一直在脚本的awk部分遇到语法错误。

简而言之，我想计算一个截止值，并将其作为浮点小数存储在一个数值变量中(例如，截止值)。我希望将此变量传递给awk脚本，我尝试了该脚本，但仍然遇到语法问题，出现以下错误：

    awk: syntax error at source line 3
       context is
           >>> <<<

下面是可能包含文件Spl-129-run10_xx.fa的前四行的示例序列：

>Spl-129_TTCAGTGG_80 CAGACATAGTCATCTATCAATACATaGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAAAAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGAACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCAGAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGA

>Spl-129_TGGGGACC_80 CAGACATAGTCATCTATCAATACATaGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAAAAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGAACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCAGAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGA

现在来看代码：

    for file in *fa; do
        name=`echo $file | cut -d'.' -f1`;
        awk 'BEGIN{RS=">"}NR>1{sub("\n","\t"); gsub("\n",""); print RS$0}' $file | tail -n+2 | sed 's/_/\t/g' >tmp;
        m=`cut -f3 tmp | sort -nr | head -n1`;
        cutoff=`echo "(-1.24*10^-21*$m^6)+(3.53*10^-17*$m^5)-(3.90*10^-13*$m^4)+(2.12*10^-9*$m^3)-(6.06*10^-6*$m^2)+(0.018*$m)+3.15" | bc`;
        echo "$name\t$cutoff";

        awk -v c="$cutoff" -v n="$name" '{ 
            if (c < 4) 
           awk '$3 > 2' tmp >n"_CUT.txt"; 

           else awk '$3 > c' tmp >n"_CUT.txt"; 
    }';
    done

预期输出应该是以制表符分隔的文件(例如，"Spl-129-run10_CUT.txt")，其示例格式为

>Spl-129 TGGGGACC 80 sequence

最后，我想利用上面计算的截断变量来过滤小于截止值的序列(使用第三个字段中的值作为比较)，条件是如果截止值小于4，则使用截止值2。

如果您能提供任何帮助，我们将不胜感激。谢谢!

Answer 1

awk sniplet有多个问题。特别是，在awk脚本中似乎存在对awk的不必要调用：

 awk -v c="$cutoff" -v n="$name" '{ 
            if (c < 4) 
           awk '$3 > 2' tmp >n"_CUT.txt"; 

           else awk '$3 > c' tmp >n"_CUT.txt"; 
    }';

如果没有额外的细节(和样本输入)，就很难提供一个有效的解决方案。考虑发布示例输入和输出。特别是，它不清楚应该如何从输入执行截断计算。