Julia - AttributeError("'PyCall.jlwrap‘对象没有’encode‘属性“)

Question

我试图在julia内部使用来自python的mappy包，但是我得到了这个错误: AttributeError("'PyCall.jlwrap‘对象没有’encode‘属性“)。我不明白这个错误。

下面是我的代码：

using PyCall
using FASTX
using CodecZlib

py"""
import mappy as mp

def aligner(name,preset,threads):
    aligner = mp.Aligner(name,preset=preset,n_threads = threads)
    return aligner

def mappy(seq,aligner):
    try:
        line = next(aligner.map(seq))
        return False
    except StopIteration:
        return True
"""
aligner = py"aligner"("genome.idx","sr",4)
for record in FASTQ.Reader(GzipDecompressorStream(open("data_file.fastq.gz")))
    check = py"mappy"(sequence(record),aligner)
    
end
close(reader)

Answer 1

问题出在发送到mappy的数据类型上。序列(记录)不是字符串类型，因此无法处理数据。我不知道为什么返回的错误是这个奇怪的错误。更正后的代码应为：

for record in FASTQ.Reader(GzipDecompressorStream(open("data_file.fastq.gz")))
    seq = string(sequence(record))
    check = py"mappy"(seq,aligner)
    
end
close(reader)