使用*.aligned.sorted.bam.featureCounts，但不使用*.ex.featureCounts或*.in.featureCounts

Question

任何人，

我玩过

$zUMIs-zUMIs.0.0.6/zUMIs-master.sh -f barcoderead_HEK.1mio.fq.gz -r cDNAread_HEK.1mio.fq.gz -n 1 -g /home/li/reference/hg38_chr22 -a /home/li/reference/hg38_chr22/GRCh38.84.chr22.gtf -c 1-6 -m 7-16 -l 50 -o /home/li/li01

在我的输出目录中：

我只有*.aligned.sorted.bam.featureCounts文件，但没有*.ex.featureCounts和*.in.featureCounts。

如果我把这两个文件放在我的目录中，它运行得很好。

我试着跟着https://github.com/sdparekh/zUMIs/issues/38。

“您的系统中似乎缺少"ln”命令。我们使用它来链接.ex和.in文件！“

我在Linux (Ubuntu)系统上工作。

$ sudo apt-get install ln
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
E: Unable to locate package ln

非常感谢您的建议和帮助！

最好的

小猪

Answer 1

我认为最好是问一些与生物信息学相关的关于生物之星的问题https://www.biostars.org/ :)

通常，ln必须安装在R中