pygraphviz没有AGraph属性

Question

我正在尝试构建一个应用程序来在plotly中可视化一个网络。然而，我的pygraphviz安装似乎给我带来了麻烦。每次我尝试运行代码时，都会出现错误"AttributeError:模块'pygraphviz‘没有属性'AGraph'“

我正在使用Anaconda发行版，并尝试使用几种不同的渠道安装pygraphviz，但总是出现相同的错误。我最终手动下载了.whl文件，并使用pip安装它，如下所示：

howto install pygraphviz on windows 10 64bit

我运行的是一台装有python 3.4版的windows1064位计算机。下面是我尝试运行的一些代码的示例(从pygraphviz安装中的examples文件夹复制)：

from __future__ import absolute_import
from __future__ import unicode_literals
from __future__ import print_function
from __future__ import division

import pygraphviz as pgv

A=pgv.AGraph(directed=True,strict=True,rankdir='LR')

A.add_node(1,color='red') 
A.add_node(5,color='blue')

A.add_edge(1,2,color='green')
A.add_edge(2,3)
A.add_edge(1,3)
A.add_edge(3,4)
A.add_edge(3,5)
A.add_edge(3,6)
A.add_edge(4,6)

A.graph_attr['epsilon']='0.001'
print(A.string()) # print dot file to standard output
A.layout('dot') # layout with dot
A.draw('foo.ps') # write to file

这给出了错误"AttributeError:模块'pygraphviz‘没有属性'AGraph'“。任何帮助都将不胜感激！

Answer 1

在我的例子中，我不得不替换我的旧程序中的以下代码行(pygraphviz使用python 2.7)：

my_graph = graphviz.AGraph(id="my_graph", name="my_graph", file=self.fileName)

my_graph.layout(prog='dot')

my_graph.draw(path="my_graph3.svg", format="svg")

通过以下方式：

from graphviz import Source, render

my_graph = graphviz.Digraph(name="my_graph", engine='dot')
my_graph.src = Source(srcStr, filename=None, directory=None, format='svg', engine='dot', encoding='utf-8')
my_graph.src.render('dot', 'svg', 'my_graph3.svg',renderer='cairo', formatter='cairo')

srcStr是一个字符串，如下所示：

digraph "pet-shop" {
    graph [rankdir=LR]
    node [shape=plaintext]
    edge [arrowhead=vee arrowsize=2]
    parrot
    dead
    parrot -> dead
}

虽然我认为这会创建一个my_graph3.svg文件，但它实际上创建了一个文件夹svg，其中包含文件'dot.cairo.cairo.svg‘。

此外，它需要大量的试验和错误来获得这一点，所以如果它有帮助，我将其张贴出来。任何与改进参数相关的意见都将受到欢迎。