如何在awk中多次打印内容

Question

我有一个文件sample.txt，如下所示：

Sequence: chr18_gl000207_random

Repeat 1    

    Indices: 2822--2996  Score: 135
    Period size: 36  Copynumber: 4.8  Consensus size: 36
    Consensus pattern (36 bp):   
    TCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGCAGACTGT

Repeat 2

    Indices: 2736--3623  Score: 932
    Period size: 111  Copynumber: 8.1  Consensus size: 111
    Consensus pattern (111 bp):   
    TTGTGGCAGACTGTTCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGTTGCGGGTTCAGTAGAGGTGGTA
    GTGGTGGCTGTTGTGGTTGTAGCCTCAGTGGAAGTGCCTGCAGTTG

Repeat 3

    Indices: 3421--3496  Score: 89
    Period size: 39  Copynumber: 1.9  Consensus size: 39
    Consensus pattern (39 bp):   
    AGTGCTGACTGTTGTGGTGGCAGCCTCAGTAGAAGTGGT

我使用awk来提取与我相关的参数值，如下所示：

paste <(awk '/Indices/ {print $2}' sample.txt) <(awk '/Period size/ {print $3}' sample.txt) <(awk '/Copynumber/ {print $5}' sample.txt) <(awk '/Consensus pattern/ {getline; print $0}' sample.txt)

输出：

2822--2996      36      4.8     TCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGCAGACTGT
2736--3623      111     8.1     TTGTGGCAGACTGTTCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGTTGCGGGTTCAGTAGAGGTGGTA
3421--3496      39      1.9     AGTGCTGACTGTTGTGGTGGCAGCCTCAGTAGAAGTGGT

现在，我想将参数序列添加到每一行。

所需输出：

chr18_gl000207_random:2822--2996      36      4.8     TCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGCAGACTGT
chr18_gl000207_random:2736--3623      111     8.1     TTGTGGCAGACTGTTCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGTTGCGGGTTCAGTAGAGGTGGTA
chr18_gl000207_random:3421--3496      39      1.9     AGTGCTGACTGTTGTGGTGGCAGCCTCAGTAGAAGTGGT

我想对循环中的多个文件执行此操作，因此我需要一个可以处理不同重复次数的解决方案。

Answer 1

$ cat tst.awk
BEGIN { OFS="\t" }
$1 == "Sequence:" { seq = $2; next }
$1 == "Indices:"  { ind = $2; next }
$1 == "Period"    { per = $3; cpy = $5; next }
$1 == "Consensus" { isCon=1; next }
isCon { print seq":"ind, per, cpy, $1; isCon=0 }

$ awk -f tst.awk file
chr18_gl000207_random:2822--2996        36      4.8     TCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGCAGACTGT
chr18_gl000207_random:2736--3623        111     8.1     TTGTGGCAGACTGTTCAGTTGCAGTGCTGGCTGTTGTTGTGGTTGCGGGTTCAGTAGAGGTGGTA
chr18_gl000207_random:3421--3496        39      1.9     AGTGCTGACTGTTGTGGTGGCAGCCTCAGTAGAAGTGGT