来自Bio.PDB.PDBList的retrieve_pdb_file创建.ent文件，而不是.pdb

Question

我正在使用Biopython将结构加载到我的代码中。然后，我通过PyRosetta将它们转换为姿势，因为我想将我的theo结构与PDB网站结构对齐。这是我的代码：

pdbl = PDBList()
native_pdb = pdbl.retrieve_pdb_file('%s' %protein, pdir='/my/directory/path/test_natives', file_format='pdb')
native_pose = pose_from_pdb(native_pdb)

但是retrieve_pdb_file会创建.ent文件，而不是pdb文件。我该如何解决这个问题？

或者，我如何加载已知的PDB结构，以便将它们与theo结构对齐并找到rmsd？

Answer 1

如果PyRosetta只接受扩展名为.pdb的文件，则简单重命名应执行以下操作：

from pathlib import Path

native_pose = Path(native_pose)
native_pose.rename(native_pose.with_suffix('.pdb'))