如何使用littler的install2.r从bioconductor安装？

Question

我正在尝试使用https://cran.r-project.org/web/packages/littler/vignettes/littler-examples.html#install2r:_With_Cmdline_Parsing来安装一些包，在安装过程中我得到了错误dependency 'graph' is not available。这个软件包似乎可以从Bioconductor项目(https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/graph.html)获得，但我不知道如何使用install2.r安装它。

因此，具体来说，我如何使用install2.r安装bioconductor软件包

Answer 1

您不能这样做，因为BioConductor使用了不同的存储库结构。

但是因为这是一个经常出现的问题，所以我最近添加了一个您使用的辅助脚本installBioc.r。要使用它，首先要做的是

 install.r littler BiocManager

为了确保我们拥有最新的littler发行版以及我们需要的BioC包BiocManager。然后使用eg.

  /usr/local/lib/R/site-library/littler/examples/installBioc.r S4Vectors

它将关闭并安装BiocVersion、S4Vectors以及dependency BiocGenerics。