如何修复.Hub中的错误(“AnnotationHub”，集线器，缓存，代理，localHub，...)

Question

我正在使用R中的REMP包来查找重复元素中的甲基化。我偶然发现了函数initREMP，它给了我一个错误：

remparcel <- initREMP(arrayType = "EPIC", REtype = "Alu",  ncore = 1)
Start Alu annotation data initialization ...  (0 sec.)
Illumina platform: EPIC
Error in .Hub("AnnotationHub", hub, cache, proxy, localHub, ...) : 
  Local database does not exist.
  Repeat call with 'localHub=FALSE'

我从bioconductor安装了annotationhub包，并再次尝试该功能。尽管如此，错误仍然存在。

Answer 1

最后，我得到了你在代理服务器后面工作的answer.If，getAnnotationHub函数将无法与URL.Therefor建立连接，我们必须用它来设置代理

library(AnnotationHub) setAnnotationHubOption("PROXY","https://username:password@proxy:port")，然后尝试

AnnotationHub( hub=getAnnotationHubOption("URL"), cache=getAnnotationHubOption("CACHE"), proxy=getAnnotationHubOption("PROXY"), localHub=FALSE)